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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1358 | |||||||||
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タイトル | Atypical AAA+ subunit packing creates an expanded cavity for disaggregation by the protein-remodeling factor Hsp104. | |||||||||
マップデータ | Yeast Hsp104 N728A 3D density map. ATPgammaS bound hexamer. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wendler P / Shorter J / Plisson C / Cashikar AG / Lindquist S / Saibil HR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2007 タイトル: Atypical AAA+ subunit packing creates an expanded cavity for disaggregation by the protein-remodeling factor Hsp104. 著者: Petra Wendler / James Shorter / Celia Plisson / Anil G Cashikar / Susan Lindquist / Helen R Saibil / 要旨: Hsp104, a yeast protein-remodeling factor of the AAA+ (ATPases associated with various cellular activities) superfamily, and its homologs in bacteria and plants mediate cell recovery after severe ...Hsp104, a yeast protein-remodeling factor of the AAA+ (ATPases associated with various cellular activities) superfamily, and its homologs in bacteria and plants mediate cell recovery after severe stress by disaggregating denatured proteins through a poorly understood mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy maps and domain fitting of Hsp104 hexamers, revealing an unusual arrangement of AAA+ modules with the prominent coiled-coil domain intercalated between the AAA+ domains. This packing results in a greatly expanded cavity, which is capped at either end by N- and C-terminal domains. The fitted structures as well as mutation of conserved coiled-coil arginines suggest that the coiled-coil domain plays a major role in the extraction of proteins from aggregates, providing conserved residues for key functions in ATP hydrolysis and potentially for substrate interaction. The large cavity could enable the uptake of polypeptide loops without a requirement for exposed N or C termini. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1358.map.gz | 301.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1358-v30.xml emd-1358.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1358.gif | 166.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1358 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1358 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1358_validation.pdf.gz | 194.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1358_full_validation.pdf.gz | 193.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1358_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1358 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1358 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1358.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Yeast Hsp104 N728A 3D density map. ATPgammaS bound hexamer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast Hsp104 N728A ATPgS
全体 | 名称: Yeast Hsp104 N728A ATPgS |
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要素 |
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-超分子 #1000: Yeast Hsp104 N728A ATPgS
超分子 | 名称: Yeast Hsp104 N728A ATPgS / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexamer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 612 KDa / 手法: Gel filtration Glutaraldehyde cross-linking |
-分子 #1: Hsp104 N728A
分子 | 名称: Hsp104 N728A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Heat Shock Protein 104 / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Yeast / 細胞中の位置: cytoplasm, nucleus |
分子量 | 実験値: 102 KDa / 理論値: 100 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pNOTAG |
-分子 #2: ATPgammaS
分子 | 名称: ATPgammaS / タイプ: ligand / ID: 2 / 組換発現: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 20 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 2mM ATPgS |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid- holey carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home made 手法: The grids were blotted for 2-3 sec and immediately plunged into liquid ethane |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 77 K / 最高: 85 K / 平均: 77 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected for at |
日付 | 2005年3月17日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 35 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: single tilt cryo / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: phase flipping, each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic, Spider / 使用した粒子像数: 7211 |
-原子モデル構築 1
詳細 | The domains were manually fitted as rigid bodies using Pymol. Automated fitting in Chimera optimised fit for NBD2. |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |