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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13440 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM helical reconstruction of E. coli TnsB in complex with right end fragment of Tn7 transposon | |||||||||
マップデータ | Sharpened and symmetrized | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Czarnocki-Cieciura M / Kaczmarska Z | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural basis of transposon end recognition explains central features of Tn7 transposition systems. 著者: Zuzanna Kaczmarska / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Karolina M Górecka-Minakowska / Robert J Wingo / Justyna Jackiewicz / Weronika Zajko / Jarosław T Poznański / Michał Rawski / Timothy ...著者: Zuzanna Kaczmarska / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Karolina M Górecka-Minakowska / Robert J Wingo / Justyna Jackiewicz / Weronika Zajko / Jarosław T Poznański / Michał Rawski / Timothy Grant / Joseph E Peters / Marcin Nowotny / 要旨: Tn7 is a bacterial transposon with relatives containing element-encoded CRISPR-Cas systems mediating RNA-guided transposon insertion. Here, we present the 2.7 Å cryoelectron microscopy structure of ...Tn7 is a bacterial transposon with relatives containing element-encoded CRISPR-Cas systems mediating RNA-guided transposon insertion. Here, we present the 2.7 Å cryoelectron microscopy structure of prototypic Tn7 transposase TnsB interacting with the transposon end DNA. When TnsB interacts across repeating binding sites, it adopts a beads-on-a-string architecture, where the DNA-binding and catalytic domains are arranged in a tiled and intertwined fashion. The DNA-binding domains form few base-specific contacts leading to a binding preference that requires multiple weakly conserved sites at the appropriate spacing to achieve DNA sequence specificity. TnsB binding imparts differences in the global structure of the protein-bound DNA ends dictated by the spacing or overlap of binding sites explaining functional differences in the left and right ends of the element. We propose a model of the strand-transfer complex in which the terminal TnsB molecule is rearranged so that its catalytic domain is in a position conducive to transposition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13440.map.gz | 104.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13440-v30.xml emd-13440.xml | 22.1 KB 22.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13440_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13440.png | 183.7 KB | ||
マスクデータ | emd_13440_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_13440_additional_1.map.gz emd_13440_half_map_1.map.gz emd_13440_half_map_2.map.gz | 250.5 MB 474.9 MB 474.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13440 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13440 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13440_validation.pdf.gz | 874.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13440_full_validation.pdf.gz | 874.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13440_validation.xml.gz | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13440_validation.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13440 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13440 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened and symmetrized | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13440_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Raw map
ファイル | emd_13440_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_13440_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_13440_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TnsB-DNA complex
全体 | 名称: TnsB-DNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: TnsB-DNA complex
超分子 | 名称: TnsB-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: TnsB from the canonical E. coli Tn7 element in complex with the right transposon end fragment |
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分子量 | 理論値: 43 KDa |
-超分子 #2: TnsB
超分子 | 名称: TnsB / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: TnsB from the canonical E. coli Tn7 element |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: Tn7 transposon right end fragment
超分子 | 名称: Tn7 transposon right end fragment / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: E. coli Tn7 transposon right end fragment |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Transposon Tn7 transposition protein TnsB
分子 | 名称: Transposon Tn7 transposition protein TnsB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SMWQINEVVL FDNDPYRILA IEDGQVVWMQ ISADKGVPQA RAELLLMQYL DEGRLVRTDD P YVHLDLEE PSVDSVSFQK REEDYRKILP IINSKDRFDP KVRSELVEHV VQEHKVTKAT VY KLLRRYW QRGQTPNALI PDYKNSGAPG ERRSATGTAK IGRAREYGKG ...文字列: SMWQINEVVL FDNDPYRILA IEDGQVVWMQ ISADKGVPQA RAELLLMQYL DEGRLVRTDD P YVHLDLEE PSVDSVSFQK REEDYRKILP IINSKDRFDP KVRSELVEHV VQEHKVTKAT VY KLLRRYW QRGQTPNALI PDYKNSGAPG ERRSATGTAK IGRAREYGKG EGTKVTPEIE RLF RLTIEK HLLNQKGTKT TVAYRRFVDL FAQYFPRIPQ EDYPTLRQFR YFYDREYPKA QRLK SRVKA GVYKKDVRPL SSTATSQALG PGSRYEIDAT IADIYLVDHH DRQKIIGRPT LYIVI DVFS RMITGFYIGF ENPSYVVAMQ AFVNACSDKT AICAQHDIEI SSSDWPCVGL PDVLLA DRG ELMSHQVEAL VSSFNVRVES APPRRGDAKG IVESTFRTLQ AEFKSFAPGI VEGSRIK SH GETDYRLDAS LSVFEFTQII LRTILFRNNH LVMDKYDRDA DFPTDLPSIP VQLWQWGM Q HRTGSLRAVE QEQLRVALLP RRKVSISSFG VNLWGLYYSG SEILREGWLQ RSTDIARPQ HLEAAYDPVL VDTIYLFPQV GSRVFWRCNL TERSRQFKGL SFWEVWDIQA QEKHNKANAK QDELTKRRE LEAFIQQTIQ KANKLTPSTT EPKSTRIKQI KTNKKEAVTS ERKKRAEHLK P SSSGDEAK VIPFNAVEAD DQEDYSLPTY VPELFQDPPE KDES |
-分子 #2: Right end fragment of Tn7 transposon chain 1
分子 | 名称: Right end fragment of Tn7 transposon chain 1 / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: CTAGTTTAAG ACTTTATTGT CATAGTTTAG ATCTATTTTG TTCAGTTTAA GACTTTATTG TCCGCCCACA |
-分子 #3: Right end fragment of Tn7 transposon chain 2
分子 | 名称: Right end fragment of Tn7 transposon chain 2 / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: TGTGGGCGGA CAATAAAGTC TTAAACTGAA CAAAATAGAT CTAAACTATG ACAATAAAGT CTTAAACTAG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 s blot time, -5 blot force.. | |||||||||
詳細 | Sample fixed with 0.05% glutaraldehyde and concentrated prior to vitrification; exact concentration cannot be estimated accurately. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |