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- EMDB-13044: La Crosse virus polymerase at replication early-elongation stage -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13044
タイトルLa Crosse virus polymerase at replication early-elongation stage
マップデータ
試料
  • 複合体: La Crosse virus polymerase at replication early-elongation stage
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
      • RNA: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*A)-3')
    • 複合体: La Crosse virus polymerase
      • タンパク質・ペプチド: La Crosse virus polymerase
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, orthobunyavirus / : / Virus, RNA-directed RNA polymerase L, thumb ring domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Arragain B / Durieux Trouilleton Q / Baudin F / Cusack S / Schoehn G / Malet H
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0024-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural snapshots of La Crosse virus polymerase reveal the mechanisms underlying Peribunyaviridae replication and transcription.
著者: Benoît Arragain / Quentin Durieux Trouilleton / Florence Baudin / Jan Provaznik / Nayara Azevedo / Stephen Cusack / Guy Schoehn / Hélène Malet /
要旨: Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse ...Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse virus polymerase and visualize its conformational dynamics by cryo-electron microscopy, unveiling the precise molecular mechanics underlying its essential activities. We find that replication initiation is coupled to distal duplex promoter formation, endonuclease movement, prime-and-realign loop extension and closure of the polymerase core that direct the template towards the active site. Transcription initiation depends on C-terminal region closure and endonuclease movements that prompt primer cleavage prior to primer entry in the active site. Product realignment after priming, observed in replication and transcription, is triggered by the prime-and-realign loop. Switch to elongation results in polymerase reorganization and core region opening to facilitate template-product duplex formation in the active site cavity. The uncovered detailed mechanics should be helpful for the future design of antivirals counteracting bunyaviral life threatening pathogens.
履歴
登録2021年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2022年3月2日-
現状2022年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0067
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0067
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oro
  • 表面レベル: 0.0067
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13044.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.145 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0067 / ムービー #1: 0.0067
最小 - 最大-0.019106513 - 0.05389482
平均 (標準偏差)9.439681e-05 (±0.0012452882)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 297.69998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1451.1451.145
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.700297.700297.700
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-0.0190.0540.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : La Crosse virus polymerase at replication early-elongation stage

全体名称: La Crosse virus polymerase at replication early-elongation stage
要素
  • 複合体: La Crosse virus polymerase at replication early-elongation stage
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
      • RNA: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*A)-3')
    • 複合体: La Crosse virus polymerase
      • タンパク質・ペプチド: La Crosse virus polymerase
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: La Crosse virus polymerase at replication early-elongation stage

超分子名称: La Crosse virus polymerase at replication early-elongation stage
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 293 KDa

+
超分子 #2: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)

+
超分子 #4: La Crosse virus polymerase

超分子名称: La Crosse virus polymerase / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #1: RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
タイプ: rna / ID: 1
詳細: 5prime vRNA of La Crosse M segment. Mutation of nucleotides G2, U3, A9 and C10 into C2, G3, C9 and G10
コピー数: 1
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
分子量理論値: 5.466325 KDa
配列文字列:
ACGAGUGUCG UACCAAG

+
分子 #2: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
分子量理論値: 7.882668 KDa
配列文字列:
UAUCUAUACU UGGUAGUACA CUACU

+
分子 #3: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
分子量理論値: 2.896774 KDa
配列文字列:
AGUAGUGUA

+
分子 #4: La Crosse virus polymerase

分子名称: La Crosse virus polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
分子量理論値: 264.751062 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDYQEYQQFL ARINTARDAC VAKDIDVDLL MARKDYFGRE LCKSLNIEYR NDVPFIDIIL DIRPEVDPLT IDAPHITPDN YLYINNVLY IIDYKVSVSN ESSVITYDKY YELTRDISDR LSIPIEIVII RIDPVSRDLH INSDRFKELY PTIVVDINFN Q FFDLKQLL ...文字列:
MDYQEYQQFL ARINTARDAC VAKDIDVDLL MARKDYFGRE LCKSLNIEYR NDVPFIDIIL DIRPEVDPLT IDAPHITPDN YLYINNVLY IIDYKVSVSN ESSVITYDKY YELTRDISDR LSIPIEIVII RIDPVSRDLH INSDRFKELY PTIVVDINFN Q FFDLKQLL YEKFGDDEEF LLKVAHGDFT LTAPWCKTGC PEFWKHPIYK EFKMSMPVPE RRLFEESVKF NAYESERWNT NL VKIREYT KKDYSEHISK SAKNIFLASG FYKQPNKNEI SEGWTLMVER VQDQREISKS LHDQKPSIHF IWGAHNPGNS NNA TFKLIL LSKSLQSIKG ISTYTEAFKS LGKMMDIGDK AIEYEEFCMS LKSKARSSWK QIMNKKLEPK QINNALVLWE QQFM INNDL IDKSEKLKLF KNFCGIGKHK QFKNKMLEDL EVSKPKILDF DDANMYLASL TMMEQSKKIL SKSNGLKPDN FILNE FGSR IKDANKETYD NMHKIFETGY WQCISDFSTL MKNILSVSQY NRHNTFRIAM CANNNVFAIV FPSADIKTKK ATVVYS IIV LHKEEENIFN PGCLHGTFKC MNGYISISRA IRLDKERCQR IVSSPGLFLT TCLLFKHDNP TLVMSDIMNF SIYTSLS IT KSVLSLTEPA RYMIMNSLAI SSNVKDYIAE KFSPYTKTLF SVYMTRLIKN ACFDAYDQRQ RVQLRDIYLS DYDITQKG I KDNRELTSIW FPGSVTLKEY LTQIYLPFYF NAKGLHEKHH VMVDLAKTIL EIECEQRENI KEIWSTNCTK QTVNLKILI HSLCKNLLAD TSRHNHLRNR IENRNNFRRS ITTISTFTSS KSCLKIGDFR KEKELQSVKQ KKILEVQSRK MRLANPMFVT DEQVCLEVG HCNYEMLRNA MPNYTDYIST KVFDRLYELL DKKVLTDKPV IEQIMDMMID HKKFYFTFFN KGQKTSKDRE I FVGEYEAK MCMYAVERIA KERCKLNPDE MISEPGDGKL KVLEQKSEQE IRFLVETTRQ KNREIDEAIE ALATEGSGWS HP QFEKGSG YESNLGKIEK LSLGKAKGLK MEINADMSKW SAQDVFYKYF WLIALDPILY PQEKERILYF MCNYMDKELI LPD ELLFNL LDQKVAYQND IIATMTNQLN SNTVLIKRNW LQGNFNYTSS YVHSCAMSVY KEILKEAITL LDGSILVNSL VHSD DNQTS ITIVQDKMEN DKIIDFAMKE FERACLTFGC QANMKKTYVT NCIKEFVSLF NLYGEPFSIY GRFLLTSVGD CAYIG PYED LASRISSAQT AIKHGCPPSL AWVSIAISHW MTSLTYNMLP GQSNDPIDYF PAENRKDIPI ELNGVLDAPL SMISTV GLE SGNLYFLIKL LSKYTPVMQK RESVVNQIAE VKNWKVEDLT DNEIFRLKIL RYLVLDAEMD PSDIMGETSD MRGRSIL TP RKFTTAGSLR KLYSFSKYQD RLSSPGGMVE LFTYLLEKPE LLVTKGEDMK DYMESVIFRY NSKRFKESLS IQNPAQLF I EQILFSHKPV IDFSGIRDKY INLHDSRALE KEPDILGKVT FTEAYRLLMR DLSSLELTND DIQVIYSYII LNDPMMITI ANTHILSIYG SPQRRMGMSC STMPEFRNLK LIHHSPALVL RAYSKNNPDI QGADPTEMAR DLVHLKEFVE NTNLEEKMKV RIAMNEAEK GQRDIVFELK EMTRFYQVCY EYVKSTEHKI KVFILPAKSY TTTDFCSLMQ GNLIKDKEWY TVHYLKQILS G GHKAIMQH NATSEQNIAF ECFKLITHFA DSFIDSLSRS AFLQLIIDEF SYKDVKVSKL YDIIKNGYNR TDFIPLLFRT GD LRQADLD KYDAMKSHER VTWNDWQTSR HLDMGSINLT ITGYNRSITI IGEDNKLTYA ELCLTRKTPE NITISGRKLL GSR HGLKFE NMSKIQTYPG NYYITYRKKD RHQFVYQIHS HESITRRNEE HMAIRTRIYN EITPVCVVNV AEVDGDQRIL IRSL DYLNN DIFSLSRIKV GLDEFATIKK AHFSKMVSFE GPPIKTGLLD LTELMKSQDL LNLNYDNIRN SNLISFSKLI CCEGS DNIN DGLEFLSDDP MNFTEGEAIH STPIFNIYYS KRGERHMTYR NAIKLLIERE TKIFEEAFTF SENGFISPEN LGCLEA VVS LIKLLKTNEW STVIDKCIHI CLIKNGMDHM YHSFDVPKCF MGNPITRDIN WVMFREFINS LPGTDIPPWN VMTENFK KK CIALINSKFE TQRDFSEFTK LMKKEGGRSN IEFD

+
分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
5.0 mMbeta-mercaptoethanol2-メルカプトエタノール
100.0 uMATPアデノシン三リン酸
100.0 uMGTP
100.0 uMUTP
5.0 mMMgCl2
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細1.3 uM LACV-LCItag_H34K were sequentially incubated for 1h at 4 degree with (i) 1.9 uM 5prime 1-17 BPm, (ii) 1.9 uM 3prime vRNA 1-25. LACV-LCItag_H34K bound to vRNAs was incubated with 100 uM ATP/GTP/UTP and 5mM MgCl2 for 4h at 30 degree

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 36000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2927 / 平均露光時間: 6.6 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1532345
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTP estimation
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 417757
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6z8k


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-2263
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 74.97
得られたモデル

PDB-7oro:
La Crosse virus polymerase at replication early-elongation stage

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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