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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13034 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the cellular negative regulator TFS4 bound to the archaeal RNA polymerase | |||||||||
マップデータ | Sharpened map from Autosharpen, Phenix v1.15.2 | |||||||||
試料 |
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キーワード | negative regulator / inhibitor / Archaea / Sso TFS4 / trancript cleavage factor / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / defense response to virus / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) / Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Pilotto S / Fouqueau T | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of RNA polymerase inhibition by viral and host factors. 著者: Simona Pilotto / Thomas Fouqueau / Natalya Lukoyanova / Carol Sheppard / Soizick Lucas-Staat / Luis Miguel Díaz-Santín / Dorota Matelska / David Prangishvili / Alan C M Cheung / Finn Werner / 要旨: RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution ...RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution structures of two such RNAP-inhibitor complexes that provide the structural bases underlying RNAP inhibition in archaea. The Acidianus two-tailed virus encodes the RIP factor that binds inside the DNA-binding channel of RNAP, inhibiting transcription by occlusion of binding sites for nucleic acid and the transcription initiation factor TFB. Infection with the Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus induces the expression of the host factor TFS4, which binds in the RNAP funnel similarly to eukaryotic transcript cleavage factors. However, TFS4 allosterically induces a widening of the DNA-binding channel which disrupts trigger loop and bridge helix motifs. Importantly, the conformational changes induced by TFS4 are closely related to inactivated states of RNAP in other domains of life indicating a deep evolutionary conservation of allosteric RNAP inhibition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13034.map.gz | 128.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13034-v30.xml emd-13034.xml | 40.6 KB 40.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13034_fsc.xml | 11.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13034.png | 121.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13034.cif.gz | 10.3 KB | ||
その他 | emd_13034_additional_1.map.gz emd_13034_half_map_1.map.gz emd_13034_half_map_2.map.gz | 10 MB 110.4 MB 110.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13034 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13034_validation.pdf.gz | 862.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13034_full_validation.pdf.gz | 862 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13034_validation.xml.gz | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13034_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13034 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 139.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map from Autosharpen, Phenix v1.15.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.085 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened map from postprocess, relion v3.0. The map...
ファイル | emd_13034_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map from postprocess, relion v3.0. The map was obtained from Multibody refinement and it corresponds to the smaller body with higher flexibility | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half1 map from 3D refinement, relion v3.0
ファイル | emd_13034_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half1 map from 3D refinement, relion v3.0 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2 map from 3D refinement, relion v3.0
ファイル | emd_13034_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half2 map from 3D refinement, relion v3.0 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : TFS4 bound to the RNA polymerase
+超分子 #1: TFS4 bound to the RNA polymerase
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit B
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit A''
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit D
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit E
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase, subunit F
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase, subunit G
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit H
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit K
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit L
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit N
+分子 #12: DNA-directed RNA polymerase subunit P
+分子 #13: Conserved protein
+分子 #14: DNA-directed RNA polymerase, subunit M (RpoM-2)
+分子 #15: MAGNESIUM ION
+分子 #16: ZINC ION
+分子 #17: FE3-S4 CLUSTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: the grid was coated with graphene oxide after to be glow discharged and before applying the sample | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 94 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||||||||
詳細 | the sample was applied twice on the grid before vetrification |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1760 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 45.2 e/Å2 詳細: images were collected as movie-stacks of 40 frames in super resolution mode |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |