+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13017 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RqcH DR variant bound to 50S-peptidyl-tRNA-RqcP RQC complex (rigid body refinement) | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Bacillus subtilis ribosomal large subunit in complex with peptidyl-tRNA, RqcP, and variant D97A/R98A RqcH. From RELION Refine3D, low-pass filtered to 5A. | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Crowe-McAuliffe C / Wilson DN | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, ドイツ, Estonia, 7件
| ||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: RqcH and RqcP catalyze processive poly-alanine synthesis in a reconstituted ribosome-associated quality control system. 著者: Hiraku Takada / Caillan Crowe-McAuliffe / Christine Polte / Zhanna Yu Sidorova / Victoriia Murina / Gemma C Atkinson / Andrey L Konevega / Zoya Ignatova / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk / 要旨: In the cell, stalled ribosomes are rescued through ribosome-associated protein quality-control (RQC) pathways. After splitting of the stalled ribosome, a C-terminal polyalanine 'tail' is added to the ...In the cell, stalled ribosomes are rescued through ribosome-associated protein quality-control (RQC) pathways. After splitting of the stalled ribosome, a C-terminal polyalanine 'tail' is added to the unfinished polypeptide attached to the tRNA on the 50S ribosomal subunit. In Bacillus subtilis, polyalanine tailing is catalyzed by the NEMF family protein RqcH, in cooperation with RqcP. However, the mechanistic details of this process remain unclear. Here we demonstrate that RqcH is responsible for tRNAAla selection during RQC elongation, whereas RqcP lacks any tRNA specificity. The ribosomal protein uL11 is crucial for RqcH, but not RqcP, recruitment to the 50S subunit, and B. subtilis lacking uL11 are RQC-deficient. Through mutational mapping, we identify critical residues within RqcH and RqcP that are important for interaction with the P-site tRNA and/or the 50S subunit. Additionally, we have reconstituted polyalanine-tailing in vitro and can demonstrate that RqcH and RqcP are necessary and sufficient for processivity in a minimal system. Moreover, the in vitro reconstituted system recapitulates our in vivo findings by reproducing the importance of conserved residues of RqcH and RqcP for functionality. Collectively, our findings provide mechanistic insight into the role of RqcH and RqcP in the bacterial RQC pathway. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13017.map.gz | 260 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-13017-v30.xml emd-13017.xml | 51.3 KB 51.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13017_fsc.xml | 14.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13017.png | 113.1 KB | ||
マスクデータ | emd_13017_msk_1.map | 282.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_13017_additional_1.map.gz emd_13017_half_map_1.map.gz emd_13017_half_map_2.map.gz | 225.2 MB 225.4 MB 225.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13017 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13017 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13017_validation.pdf.gz | 527 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_13017_full_validation.pdf.gz | 526.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13017_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13017_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13017 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13017 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7opeMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10726 (タイトル: Affinity-purified RqcH-DR-ribosome-associated quality control complexes from Bacillus subtilis Data size: 213.5 Data #1: Unaligned multiframe micrographs of RqcH-DR-mutant immunoprecipitation [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Bacillus subtilis ribosomal large subunit in complex with peptidyl-tRNA, RqcP, and variant D97A/R98A RqcH. From RELION Refine3D, low-pass filtered to 5A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13017_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Bacillus subtilis ribosomal large subunit in complex with...
ファイル | emd_13017_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Bacillus subtilis ribosomal large subunit in complex with peptidyl-tRNA, RqcP, and variant D97A/R98A RqcH. From RELION Refine3D. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map from RELION Refine3D.
ファイル | emd_13017_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map from RELION Refine3D. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map from RELION Refine3D.
ファイル | emd_13017_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map from RELION Refine3D. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : RQC complex consisting of 50S large ribosomal subunit, peptidyl-t...
+超分子 #1: RQC complex consisting of 50S large ribosomal subunit, peptidyl-t...
+分子 #1: 23S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #22: tRNA-Ala-UGC
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L11
+分子 #9: 50S ribosomal protein L10
+分子 #10: 50S ribosomal protein L13
+分子 #11: 50S ribosomal protein L14
+分子 #12: 50S ribosomal protein L15
+分子 #13: 50S ribosomal protein L16
+分子 #14: 50S ribosomal protein L17
+分子 #15: 50S ribosomal protein L18
+分子 #16: 50S ribosomal protein L19
+分子 #17: 50S ribosomal protein L20
+分子 #18: 50S ribosomal protein L21
+分子 #19: 50S ribosomal protein L22
+分子 #20: 50S ribosomal protein L23
+分子 #21: 50S ribosomal protein L24
+分子 #23: 50S ribosomal protein L27
+分子 #24: 50S ribosomal protein L28
+分子 #25: 50S ribosomal protein L29
+分子 #26: 50S ribosomal protein L30
+分子 #27: 50S ribosomal protein L32
+分子 #28: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #29: 50S ribosomal protein L34
+分子 #30: 50S ribosomal protein L35
+分子 #31: 50S ribosomal protein L36
+分子 #32: Uncharacterized protein YabO
+分子 #33: Rqc2 homolog RqcH
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2510 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 34.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |