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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12736 | |||||||||
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タイトル | Ribosomal methyltransferase KsgA bound to small ribosomal subunit | |||||||||
マップデータ | KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S | |||||||||
試料 |
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キーワード | Methyltransferase KsgA / 30S / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding ...16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Stephan NC / Ries AB | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Structural basis of successive adenosine modifications by the conserved ribosomal methyltransferase KsgA. 著者: Niklas C Stephan / Anne B Ries / Daniel Boehringer / Nenad Ban / 要旨: Biogenesis of ribosomal subunits involves enzymatic modifications of rRNA that fine-tune functionally important regions. The universally conserved prokaryotic dimethyltransferase KsgA sequentially ...Biogenesis of ribosomal subunits involves enzymatic modifications of rRNA that fine-tune functionally important regions. The universally conserved prokaryotic dimethyltransferase KsgA sequentially modifies two universally conserved adenosine residues in helix 45 of the small ribosomal subunit rRNA, which is in proximity of the decoding site. Here we present the cryo-EM structure of Escherichia coli KsgA bound to an E. coli 30S at a resolution of 3.1 Å. The high-resolution structure reveals how KsgA recognizes immature rRNA and binds helix 45 in a conformation where one of the substrate nucleotides is flipped-out into the active site. We suggest that successive processing of two adjacent nucleotides involves base-flipping of the rRNA, which allows modification of the second substrate nucleotide without dissociation of the enzyme. Since KsgA is homologous to the essential eukaryotic methyltransferase Dim1 involved in 40S maturation, these results have also implications for understanding eukaryotic ribosome maturation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12736.map.gz | 10.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12736-v30.xml emd-12736.xml | 28.1 KB 28.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12736_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12736.png | 106.7 KB | ||
マスクデータ | emd_12736_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12736.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_12736_half_map_1.map.gz emd_12736_half_map_2.map.gz | 97.9 MB 97.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12736 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12736 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12736_validation.pdf.gz | 630.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12736_full_validation.pdf.gz | 629.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12736_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12736_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12736 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12736 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12736.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12736_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12736_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12736_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S
+超分子 #1: KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S
+分子 #1: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
+分子 #3: 30S ribosomal protein S2
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform
+分子 #7: 30S ribosomal protein S8
+分子 #8: 30S ribosomal protein S11
+分子 #9: 30S ribosomal protein S12
+分子 #10: 30S ribosomal protein S15
+分子 #11: 30S ribosomal protein S16
+分子 #12: 30S ribosomal protein S17
+分子 #13: 30S ribosomal protein S18
+分子 #14: 30S ribosomal protein S20
+分子 #15: 30S ribosomal protein S21
+分子 #2: 16S rRNA
+分子 #16: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |