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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12659 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (partially open conformation) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() nucleoid / chromosome condensation / acyl carrier activity / chromosome segregation / DNA replication / sequence-specific DNA binding / cell cycle / cell division / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription ...nucleoid / chromosome condensation / acyl carrier activity / chromosome segregation / DNA replication / sequence-specific DNA binding / cell cycle / cell division / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
![]() | Buermann F / Lowe J | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of MukBEF reveals DNA loop entrapment at chromosomal unloading sites. 著者: Frank Bürmann / Louise F H Funke / Jason W Chin / Jan Löwe / ![]() 要旨: The ring-like structural maintenance of chromosomes (SMC) complex MukBEF folds the genome of Escherichia coli and related bacteria into large loops, presumably by active DNA loop extrusion. MukBEF ...The ring-like structural maintenance of chromosomes (SMC) complex MukBEF folds the genome of Escherichia coli and related bacteria into large loops, presumably by active DNA loop extrusion. MukBEF activity within the replication terminus macrodomain is suppressed by the sequence-specific unloader MatP. Here, we present the complete atomic structure of MukBEF in complex with MatP and DNA as determined by electron cryomicroscopy (cryo-EM). The complex binds two distinct DNA double helices corresponding to the arms of a plectonemic loop. MatP-bound DNA threads through the MukBEF ring, while the second DNA is clamped by the kleisin MukF, MukE, and the MukB ATPase heads. Combinatorial cysteine cross-linking confirms this topology of DNA loop entrapment in vivo. Our findings illuminate how a class of near-ubiquitous DNA organizers with important roles in genome maintenance interacts with the bacterial chromosome. #1: ![]() タイトル: DNA entrapment revealed by the structure of bacterial condensin MukBEF 著者: Buermann F / Funke LFH / Chin JW / Lowe J | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 96.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.9 KB 27.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 37.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 122.7 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 114.3 MB 96.7 MB 96.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 502.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 502 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7nyzMC ![]() 7nywC ![]() 7nyxC ![]() 7nyyC ![]() 7nz0C ![]() 7nz2C ![]() 7nz3C ![]() 7nz4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 8.5 TB Data #1: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 2 [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 3, grid 1 [micrographs - multiframe] Data #4: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 3, grid 2 [micrographs - multiframe] Data #5: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 3, grid 3 [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.45358 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_12659_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_12659_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_12659_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Complex of MukBEF, AcpP, MatP and DNA
+超分子 #1: Complex of MukBEF, AcpP, MatP and DNA
+超分子 #2: Complex of MukBEFand MatP
+超分子 #3: Acyl carrier protein
+超分子 #4: DNA
+分子 #1: Chromosome partition protein MukB
+分子 #2: Chromosome partition protein MukF
+分子 #3: Chromosome partition protein MukE
+分子 #4: Acyl carrier protein
+分子 #5: Macrodomain Ter protein
+分子 #6: matS2 DNA 80 b, oligo FBA769
+分子 #7: matS2 DNA 80 b, oligo FBA770
+分子 #8: DNA 80 b
+分子 #9: MAGNESIUM ION
+分子 #10: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #11: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.3 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41109 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |