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万見
- EMDB-12604: Cryo-EM structure of the mycolic acid transporter MmpL3 from M. t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12604
タイトルCryo-EM structure of the mycolic acid transporter MmpL3 from M. tuberculosis
マップデータsharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Mycolic acid transporter MmpL3
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose monomycolate exporter MmpL3
  • リガンド: 2-decyl-2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}dodecyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylglycerol binding / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell tip / lipopolysaccharide transport / mycolic acid biosynthetic process / cardiolipin binding / cell septum / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding ...phosphatidylglycerol binding / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell tip / lipopolysaccharide transport / mycolic acid biosynthetic process / cardiolipin binding / cell septum / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding / peptidoglycan-based cell wall / regulation of membrane potential / cell wall organization / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Trehalose monomycolate RND transporter MmpL3 / Trehalose monomycolate exporter MmpL3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Adams O / Deme JC / Parker JL / Lea SM / Newstead S
資金援助 英国, 6件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust201536 英国
Wellcome Trust215519 英国
Wellcome Trust219531 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021043/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)S021264 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011224/1 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure and resistance landscape of M. tuberculosis MmpL3: An emergent therapeutic target.
著者: Oliver Adams / Justin C Deme / Joanne L Parker / / Philip W Fowler / Susan M Lea / Simon Newstead /
要旨: Tuberculosis (TB) is the leading cause of death from a single infectious agent and in 2019 an estimated 10 million people worldwide contracted the disease. Although treatments for TB exist, continual ...Tuberculosis (TB) is the leading cause of death from a single infectious agent and in 2019 an estimated 10 million people worldwide contracted the disease. Although treatments for TB exist, continual emergence of drug-resistant variants necessitates urgent development of novel antituberculars. An important new target is the lipid transporter MmpL3, which is required for construction of the unique cell envelope that shields Mycobacterium tuberculosis (Mtb) from the immune system. However, a structural understanding of the mutations in Mtb MmpL3 that confer resistance to the many preclinical leads is lacking, hampering efforts to circumvent resistance mechanisms. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of Mtb MmpL3 and use it to comprehensively analyze the mutational landscape of drug resistance. Our data provide a rational explanation for resistance variants local to the central drug binding site, and also highlight a potential alternative route to resistance operating within the periplasmic domain.
履歴
登録2021年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2022年12月21日-
現状2022年12月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nvh
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7nvh
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12604.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12604.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.8948402 - 3.5054762
平均 (標準偏差)0.0004909449 (±0.06703866)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.240266.240266.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.8953.5050.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12604_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_12604_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_12604_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_12604_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycolic acid transporter MmpL3

全体名称: Mycolic acid transporter MmpL3
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Mycolic acid transporter MmpL3
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose monomycolate exporter MmpL3
  • リガンド: 2-decyl-2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}dodecyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside

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超分子 #1: Mycolic acid transporter MmpL3

超分子名称: Mycolic acid transporter MmpL3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: Trehalose monomycolate exporter MmpL3

分子名称: Trehalose monomycolate exporter MmpL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 82.525609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFAWWGRTVY RYRFIVIGVM VALCLGGGVF GLSLGKHVTQ SGFYDDGSQS VQASVLGDQV YGRDRSGHIV AIFQAPAGKT VDDPAWSKK VVDELNRFQQ DHPDQVLGWA GYLRASQATG MATADKKYTF VSIPLKGDDD DTILNNYKAI APDLQRLDGG T VKLAGLQP ...文字列:
MFAWWGRTVY RYRFIVIGVM VALCLGGGVF GLSLGKHVTQ SGFYDDGSQS VQASVLGDQV YGRDRSGHIV AIFQAPAGKT VDDPAWSKK VVDELNRFQQ DHPDQVLGWA GYLRASQATG MATADKKYTF VSIPLKGDDD DTILNNYKAI APDLQRLDGG T VKLAGLQP VAEALTGTIA TDQRRMEVLA LPLVAVVLFF VFGGVIAAGL PVMVGGLCIA GALGIMRFLA IFGPVHYFAQ PV VSLIGLG IAIDYGLFIV SRFREEIAEG YDTETAVRRT VITAGRTVTF SAVLIVASAI GLLLFPQGFL KSLTYATIAS VML SAILSI TVLPACLGIL GKHVDALGVR TLFRVPFLAN WKISAAYLNW LADRLQRTKT REEVEAGFWG KLVNRVMKRP VLFA APIVI IMILLIIPVG KLSLGGISEK YLPPTNSVRQ AQEEFDKLFP GYRTNPLTLV IQTSNHQPVT DAQIADIRSK AMAIG GFIE PDNDPANMWQ ERAYAVGASK DPSVRVLQNG LINPADASKK LTELRAITPP KGITVLVGGT PALELDSIHG LFAKMP LMV VILLTTTIVL MFLAFGSVVL PIKATLMSAL TLGSTMGILT WIFVDGHFSK WLNFTPTPLT APVIGLIIAL VFGLSTD YE VFLVSRMVEA RERGMSTQEA IRIGTAATGR IITAAALIVA VVAGAFVFSD LVMMKYLAFG LMAALLLDAT VVRMFLVP S VMKLLGDDCW WAPRWARRLQ TRIGLGEIHL PDGSENLYFQ

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分子 #2: 2-decyl-2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy...

分子名称: 2-decyl-2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}dodecyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: AV0
分子量理論値: 1.005188 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 414082
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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