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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12604 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mycolic acid transporter MmpL3 from M. tuberculosis | |||||||||||||||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | TRANSPORTER / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatidylglycerol binding / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell tip / lipopolysaccharide transport / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding ...phosphatidylglycerol binding / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell tip / lipopolysaccharide transport / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding / peptidoglycan-based cell wall / regulation of membrane potential / membrane => GO:0016020 / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Adams O / Deme JC | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure and resistance landscape of M. tuberculosis MmpL3: An emergent therapeutic target. 著者: Oliver Adams / Justin C Deme / Joanne L Parker / / Philip W Fowler / Susan M Lea / Simon Newstead / 要旨: Tuberculosis (TB) is the leading cause of death from a single infectious agent and in 2019 an estimated 10 million people worldwide contracted the disease. Although treatments for TB exist, continual ...Tuberculosis (TB) is the leading cause of death from a single infectious agent and in 2019 an estimated 10 million people worldwide contracted the disease. Although treatments for TB exist, continual emergence of drug-resistant variants necessitates urgent development of novel antituberculars. An important new target is the lipid transporter MmpL3, which is required for construction of the unique cell envelope that shields Mycobacterium tuberculosis (Mtb) from the immune system. However, a structural understanding of the mutations in Mtb MmpL3 that confer resistance to the many preclinical leads is lacking, hampering efforts to circumvent resistance mechanisms. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of Mtb MmpL3 and use it to comprehensively analyze the mutational landscape of drug resistance. Our data provide a rational explanation for resistance variants local to the central drug binding site, and also highlight a potential alternative route to resistance operating within the periplasmic domain. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12604.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12604-v30.xml emd-12604.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12604_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12604.png | 135.7 KB | ||
マスクデータ | emd_12604_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12604.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_12604_additional_1.map.gz emd_12604_half_map_1.map.gz emd_12604_half_map_2.map.gz | 62.6 MB 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12604 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12604 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12604_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12604_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12604_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12604_validation.cif.gz | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12604 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12604 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12604.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12604_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_12604_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_12604_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_12604_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mycolic acid transporter MmpL3
全体 | 名称: Mycolic acid transporter MmpL3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycolic acid transporter MmpL3
超分子 | 名称: Mycolic acid transporter MmpL3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
-分子 #1: Trehalose monomycolate exporter MmpL3
分子 | 名称: Trehalose monomycolate exporter MmpL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 82.525609 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFAWWGRTVY RYRFIVIGVM VALCLGGGVF GLSLGKHVTQ SGFYDDGSQS VQASVLGDQV YGRDRSGHIV AIFQAPAGKT VDDPAWSKK VVDELNRFQQ DHPDQVLGWA GYLRASQATG MATADKKYTF VSIPLKGDDD DTILNNYKAI APDLQRLDGG T VKLAGLQP ...文字列: MFAWWGRTVY RYRFIVIGVM VALCLGGGVF GLSLGKHVTQ SGFYDDGSQS VQASVLGDQV YGRDRSGHIV AIFQAPAGKT VDDPAWSKK VVDELNRFQQ DHPDQVLGWA GYLRASQATG MATADKKYTF VSIPLKGDDD DTILNNYKAI APDLQRLDGG T VKLAGLQP VAEALTGTIA TDQRRMEVLA LPLVAVVLFF VFGGVIAAGL PVMVGGLCIA GALGIMRFLA IFGPVHYFAQ PV VSLIGLG IAIDYGLFIV SRFREEIAEG YDTETAVRRT VITAGRTVTF SAVLIVASAI GLLLFPQGFL KSLTYATIAS VML SAILSI TVLPACLGIL GKHVDALGVR TLFRVPFLAN WKISAAYLNW LADRLQRTKT REEVEAGFWG KLVNRVMKRP VLFA APIVI IMILLIIPVG KLSLGGISEK YLPPTNSVRQ AQEEFDKLFP GYRTNPLTLV IQTSNHQPVT DAQIADIRSK AMAIG GFIE PDNDPANMWQ ERAYAVGASK DPSVRVLQNG LINPADASKK LTELRAITPP KGITVLVGGT PALELDSIHG LFAKMP LMV VILLTTTIVL MFLAFGSVVL PIKATLMSAL TLGSTMGILT WIFVDGHFSK WLNFTPTPLT APVIGLIIAL VFGLSTD YE VFLVSRMVEA RERGMSTQEA IRIGTAATGR IITAAALIVA VVAGAFVFSD LVMMKYLAFG LMAALLLDAT VVRMFLVP S VMKLLGDDCW WAPRWARRLQ TRIGLGEIHL PDGSENLYFQ UniProtKB: Trehalose monomycolate exporter MmpL3 |
-分子 #2: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
分子 | 名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: AV0 |
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分子量 | 理論値: 1.005188 KDa |
Chemical component information | ChemComp-AV0: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |