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- EMDB-12600: Structure of the Toxoplasma gondii kinase Ron13, kinase-dead mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12600
タイトルStructure of the Toxoplasma gondii kinase Ron13, kinase-dead mutant
マップデータRon13 cryo-EM map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Secretory pathway kinase Ron13
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase domain-containing protein
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / protein kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.125 Å
データ登録者Korkhov VM / Mehta V
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030B_166678 スイス
Swiss National Science Foundation310030_185325 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insights into an atypical secretory pathway kinase crucial for Toxoplasma gondii invasion.
著者: Gaëlle Lentini / Rouaa Ben Chaabene / Oscar Vadas / Chandra Ramakrishnan / Budhaditya Mukherjee / Ved Mehta / Matteo Lunghi / Jonas Grossmann / Bohumil Maco / Rémy Visentin / Adrian B Hehl ...著者: Gaëlle Lentini / Rouaa Ben Chaabene / Oscar Vadas / Chandra Ramakrishnan / Budhaditya Mukherjee / Ved Mehta / Matteo Lunghi / Jonas Grossmann / Bohumil Maco / Rémy Visentin / Adrian B Hehl / Volodymyr M Korkhov / Dominique Soldati-Favre /
要旨: Active host cell invasion by the obligate intracellular apicomplexan parasites relies on the formation of a moving junction, which connects parasite and host cell plasma membranes during entry. ...Active host cell invasion by the obligate intracellular apicomplexan parasites relies on the formation of a moving junction, which connects parasite and host cell plasma membranes during entry. Invading Toxoplasma gondii tachyzoites secrete their rhoptry content and insert a complex of RON proteins on the cytoplasmic side of the host cell membrane providing an anchor to which the parasite tethers. Here we show that a rhoptry-resident kinase RON13 is a key virulence factor that plays a crucial role in host cell entry. Cryo-EM, kinase assays, phosphoproteomics and cellular analyses reveal that RON13 is a secretory pathway kinase of atypical structure that phosphorylates rhoptry proteins including the components of the RON complex. Ultimately, RON13 kinase activity controls host cell invasion by anchoring the moving junction at the parasite-host cell interface.
履歴
登録2021年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月26日-
マップ公開2021年5月26日-
更新2021年7月7日-
現状2021年7月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nur
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12600.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12600.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ron13 cryo-EM map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8544 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.024 / ムービー #1: 0.024
最小 - 最大-0.08203783 - 0.13599563
平均 (標準偏差)0.00011052869 (±0.002803429)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 256.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.85440.85440.8544
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.320256.320256.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0820.1360.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Secretory pathway kinase Ron13

全体名称: Secretory pathway kinase Ron13
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Secretory pathway kinase Ron13
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase domain-containing protein

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超分子 #1: Secretory pathway kinase Ron13

超分子名称: Secretory pathway kinase Ron13 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBac

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分子 #1: Protein kinase domain-containing protein

分子名称: Protein kinase domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1
分子量理論値: 126.41968 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GAGTTGGKKD DQALSFLGDT KSASELNPPR LVCPDKPPTL PPREEQVRKA YALPLCELPW DDLGPMLGSG TFGRVYPLRR PACTEVTKG FVGRKFAVKI FWLKRKGMMN LFDTISQGGT PSAEQTDPGT IAAIKSEIRS LPTSSSAFRD MVRIADPTVD V EKIKGMAD ...文字列:
GAGTTGGKKD DQALSFLGDT KSASELNPPR LVCPDKPPTL PPREEQVRKA YALPLCELPW DDLGPMLGSG TFGRVYPLRR PACTEVTKG FVGRKFAVKI FWLKRKGMMN LFDTISQGGT PSAEQTDPGT IAAIKSEIRS LPTSSSAFRD MVRIADPTVD V EKIKGMAD SLTVETIMKE AKTLRTVINT NGFYTEVGET GTIFTQMEKF VQAHRPEIWS TLSKASQEAQ ASKYAEIGLA DN HWSLPLA RVLVKDKNDV KHWALLIELF DGDLQPKTDK TGYSLDGWNA KSGGNVVLRE IFSSREALIG LTSKLVKPFV VMQ NLYSLG HFAIKPPNLL YKYFPGEKGR ASRLSVAAGD FGMAGLLHGD MILRGTLAFM APEMERVSGG LVAKPSYDVY ALAL TLASF WTAATELRDH YPWVEKCIKP TLKKMKDAPE FTFLRFASKT GPKLYEADTI YALSTCFAVG GKVEKLYHTG MPLLI RLKL SQMADPEPLA RVSMRHARFV FKAYAMLDKL LRAPQSEANA ETREEQLKQL QSLHIVQFLL FYLRMEPLTA ARDNTQ SYR RLARALLDFA RLDPVYQAAT ETVQPLPYEF FTEQKDWQNV KVEVSGSEVD ETIRKLRTSL TRDRSLSEDS WADLVDI MF GVSLDGLREV VTRVVYSRKT FLLEEKIGNA VKEAVAATYK FDPNTQLIAE DAPDRLFEVV RTDLGLSYPD DSELGRFL V HRVSKSHTAW ATVDRLARQA LRLALRREER TRQVYEQLLS GEKPSSESEK AFFDSVFSAV SVVSEANYFG LFWDFPSAG LFGVPPEEMQ AYVRKTHLAF VGKMWPVETQ KKILEAAVRV TVRGLNASLP ASLVDVYATV FAALPTKAPV SPPFLYGLER EEYSSLLFD AKLPEFKEMV AFWATRHELN IAVQTAVGKI PDATNLSDED IEKQLEGMLP AHLRSPSPAR FGWPPEAVAD N IRLFIREA KDELALHGPD MVHNRIRVNG RSKPPRRAAF LFHEIFRKAI AFKKDISVLQ FNQFFTDILK QSFDPQCRRF IA EVKKRVK SAPAEYVRVA DTEAVAPLFE GEGKDILKLV AVDPAARASD PEPNNCFLWT QAFLDDKTIV VSTGSSGSSG HHH HHHHHH H

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 5 mM Tris pH 7.5 / 200 mM NaCl / 0.5 mM EDTA / 3 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 47.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.125 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 320723
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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