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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12568 | |||||||||
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タイトル | 55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRRF (pre) and tRNA(P/E) | |||||||||
マップデータ | map filtered to 4.6A instead of FSC weighting in Relion | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / ribosome disassembly / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / organelle membrane / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / RNA processing / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / double-stranded RNA binding / ribosome biogenesis / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cell cycle / cytosolic large ribosomal subunit / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / synapse / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / Pig (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kummer E / Schubert K / Ban N | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural basis of translation termination, rescue, and recycling in mammalian mitochondria. 著者: Eva Kummer / Katharina Noel Schubert / Tanja Schoenhut / Alain Scaiola / Nenad Ban / 要旨: The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as ...The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as a screening tool to identify mitochondrial translation termination mechanisms and to describe them in molecular detail. We show how mitochondrial release factor 1a releases the nascent chain from the ribosome when it encounters the canonical stop codons UAA and UAG. Furthermore, we define how the peptidyl-tRNA hydrolase ICT1 acts as a rescue factor on mitoribosomes that have stalled on truncated messages to recover them for protein synthesis. Finally, we present structural models detailing the process of mitochondrial ribosome recycling to explain how a dedicated elongation factor, mitochondrial EFG2 (mtEFG2), has specialized for cooperation with the mitochondrial ribosome recycling factor to dissociate the mitoribosomal subunits at the end of the translation process. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12568.map.gz | 393.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12568-v30.xml emd-12568.xml | 121 KB 121 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12568.png | 63 KB | ||
マスクデータ | emd_12568_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_12568_additional_1.map.gz emd_12568_additional_2.map.gz emd_12568_additional_3.map.gz emd_12568_half_map_1.map.gz emd_12568_half_map_2.map.gz | 48.4 MB 639.8 MB 337.8 MB 340 MB 340.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12568 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12568 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12568_validation.pdf.gz | 588.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12568_full_validation.pdf.gz | 587.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12568_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12568_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12568 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12568 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map filtered to 4.6A instead of FSC weighting in Relion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12568_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: masked postprocessed map (map filtered to 4.6A instead...
ファイル | emd_12568_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | masked postprocessed map (map filtered to 4.6A instead of FSC weighting in Relion) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 5x supersampled map (map filtered to 4.6A instead...
ファイル | emd_12568_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 5x supersampled map (map filtered to 4.6A instead of FSC weighting in Relion) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: full map from 3D gold-standard refinement
ファイル | emd_12568_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | full map from 3D gold-standard refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12568_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12568_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRRF (pre) and tRNA(P/E)
+超分子 #1: 55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRRF (pre) and tRNA(P/E)
+超分子 #2: 55S mammalian mitochondrial ribosome
+超分子 #3: Ribosome-recycling factor, mitochondrial
+分子 #1: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
+分子 #2: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
+分子 #3: Mitochondrial ribosomal protein L47
+分子 #4: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
+分子 #5: Mitochondrial ribosomal protein L55
+分子 #6: bL32m
+分子 #7: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
+分子 #9: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
+分子 #10: Ribosomal_L2_C domain-containing protein
+分子 #11: ICT1
+分子 #12: Mitochondrial ribosomal protein L4
+分子 #13: Ribosome-recycling factor, mitochondrial
+分子 #14: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
+分子 #15: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial isoform a
+分子 #16: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial isoform a
+分子 #17: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
+分子 #18: uL14m
+分子 #19: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
+分子 #20: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
+分子 #21: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
+分子 #22: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1
+分子 #23: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
+分子 #24: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial isoform 1
+分子 #25: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial isoform d
+分子 #26: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
+分子 #27: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
+分子 #28: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial isoform X1
+分子 #29: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
+分子 #30: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
+分子 #31: TGS domain-containing protein
+分子 #32: Mitochondrial ribosomal protein L40
+分子 #33: Mitochondrial ribosomal protein L41
+分子 #34: mL42
+分子 #35: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial isoform X2
+分子 #36: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
+分子 #37: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
+分子 #38: Mitochondrial ribosomal protein L45
+分子 #39: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
+分子 #40: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
+分子 #41: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
+分子 #42: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
+分子 #43: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
+分子 #44: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
+分子 #45: mL53
+分子 #46: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
+分子 #47: Mitochondrial ribosomal protein L57
+分子 #48: Mitochondrial ribosomal protein L58
+分子 #49: 39S ribosomal protein L59, mitochondrial
+分子 #50: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
+分子 #51: Mitochondrial ribosomal protein S18A
+分子 #53: Ribosomal protein
+分子 #57: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
+分子 #58: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
+分子 #59: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2
+分子 #60: Mitochondrial ribosomal protein S6
+分子 #61: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
+分子 #62: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
+分子 #63: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
+分子 #64: Mitochondrial ribosomal protein S11
+分子 #65: Mitoribosomal protein us12m, mrps12
+分子 #66: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
+分子 #67: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
+分子 #68: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
+分子 #69: uS17m
+分子 #70: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1
+分子 #71: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
+分子 #72: unknown
+分子 #73: Mitochondrial ribosomal protein S22
+分子 #74: Mitochondrial ribosomal protein S23
+分子 #75: Interferon alpha-inducible protein 6
+分子 #76: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
+分子 #77: Mitochondrial ribosomal protein S27
+分子 #78: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
+分子 #79: Death associated protein 3
+分子 #80: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
+分子 #81: Mitochondrial ribosomal protein S33
+分子 #82: Mitochondrial ribosomal protein S34
+分子 #83: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1
+分子 #84: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
+分子 #85: Aurora kinase A interacting protein 1
+分子 #86: Pentatricopeptide repeat domain 3,Pentatricopeptide repeat domain...
+分子 #87: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
+分子 #88: Mitochondrial ribosomal protein L12
+分子 #8: CP tRNAPhe
+分子 #52: 12S rRNA
+分子 #54: tRNA (P/E)
+分子 #55: mRNA
+分子 #56: 16S rRNA
+分子 #89: MAGNESIUM ION
+分子 #90: ZINC ION
+分子 #91: SPERMINE
+分子 #92: GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
+分子 #93: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #94: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15545 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |