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- EMDB-12536: Tomogram of mutant huntingtin containing organelle resembles auto... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12536
タイトルTomogram of mutant huntingtin containing organelle resembles autolysosome in 6-month-old zQ175 mice
マップデータTomogram of mHTT containing inclusion in 6 month old zQ175 mice.
試料
  • 組織: Mutant huntingtin containing organelle in hippocampal CA1 neuron from zQ175 knock-in mice.
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Zhou Y / Saibil HR
資金援助 英国, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust106249/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust079605/2/06/2 英国
The CHDI Foundation 米国
UK Dementia Research Institute 英国
引用ジャーナル: Acta Neuropathol Commun / 年: 2021
タイトル: Correlative light and electron microscopy suggests that mutant huntingtin dysregulates the endolysosomal pathway in presymptomatic Huntington's disease.
著者: Ya Zhou / Thomas R Peskett / Christian Landles / John B Warner / Kirupa Sathasivam / Edward J Smith / Shu Chen / Ronald Wetzel / Hilal A Lashuel / Gillian P Bates / Helen R Saibil /
要旨: Huntington's disease (HD) is a late onset, inherited neurodegenerative disorder for which early pathogenic events remain poorly understood. Here we show that mutant exon 1 HTT proteins are recruited ...Huntington's disease (HD) is a late onset, inherited neurodegenerative disorder for which early pathogenic events remain poorly understood. Here we show that mutant exon 1 HTT proteins are recruited to a subset of cytoplasmic aggregates in the cell bodies of neurons in brain sections from presymptomatic HD, but not wild-type, mice. This occurred in a disease stage and polyglutamine-length dependent manner. We successfully adapted a high-resolution correlative light and electron microscopy methodology, originally developed for mammalian and yeast cells, to allow us to correlate light microscopy and electron microscopy images on the same brain section within an accuracy of 100 nm. Using this approach, we identified these recruitment sites as single membrane bound, vesicle-rich endolysosomal organelles, specifically as (1) multivesicular bodies (MVBs), or amphisomes and (2) autolysosomes or residual bodies. The organelles were often found in close-proximity to phagophore-like structures. Immunogold labeling localized mutant HTT to non-fibrillar, electron lucent structures within the lumen of these organelles. In presymptomatic HD, the recruitment organelles were predominantly MVBs/amphisomes, whereas in late-stage HD, there were more autolysosomes or residual bodies. Electron tomograms indicated the fusion of small vesicles with the vacuole within the lumen, suggesting that MVBs develop into residual bodies. We found that markers of MVB-related exocytosis were depleted in presymptomatic mice and throughout the disease course. This suggests that endolysosomal homeostasis has moved away from exocytosis toward lysosome fusion and degradation, in response to the need to clear the chronically aggregating mutant HTT protein, and that this occurs at an early stage in HD pathogenesis.
履歴
登録2021年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2021年5月5日-
現状2021年5月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_12536.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomogram of mHTT containing inclusion in 6 month old zQ175 mice.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.441 Å
密度
最小 - 最大-68.0 - 70.0
平均 (標準偏差)-6.733449 (±9.072116)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-14460
サイズ32323070506
Spacing30703232506
セルA: 13633.87 Å / B: 14353.312 Å / C: 2247.146 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z4.4414.4414.441
M x/y/z30703232506
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z13633.87014353.3122247.146
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-144-5060
NC/NR/NS30703232506
D min/max/mean-68.00070.000-6.733

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mutant huntingtin containing organelle in hippocampal CA1 neuron ...

全体名称: Mutant huntingtin containing organelle in hippocampal CA1 neuron from zQ175 knock-in mice.
要素
  • 組織: Mutant huntingtin containing organelle in hippocampal CA1 neuron from zQ175 knock-in mice.

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超分子 #1: Mutant huntingtin containing organelle in hippocampal CA1 neuron ...

超分子名称: Mutant huntingtin containing organelle in hippocampal CA1 neuron from zQ175 knock-in mice.
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cytoplasmic inclusion sites identified by correlative fluorescence/EM on freeze substituted brain sections.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6J / 器官: Brain / 組織: hippocampus CA1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: MilliQ water was used.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate
糖包埋材質: Lowicryl HM20
詳細: High pressure frozen samples were freeze substituted in a Leica AFS
詳細Brain slices were high pressure frozen and freeze substituted
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is HPM100. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM HPM100', ...詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is HPM100. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT2', 'BAL-TEC HPM 010'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectantBSA
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica EM UC7 / ウルトラミクロトーム - 温度: 20 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 300 nm
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 19.38 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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