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- EMDB-12188: Structure of DNA origami signpost from cryo-ET and subvolume averaging -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12188
タイトルStructure of DNA origami signpost from cryo-ET and subvolume averaging
マップデータaverage
試料
  • 複合体: Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure
    • DNA: x 238種
キーワードOrigami (折り紙) / Nanostructure (ナノ構造体) / Signpost / SPOT / DNA (デオキシリボ核酸)
生物種Escherichia virus M13 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.44 Å
データ登録者Silvester E / Vollmer B
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R017875/1 英国
Wellcome Trust107806/A/15/Z 英国
引用ジャーナル: Cell / : 2021
タイトル: DNA origami signposts for identifying proteins on cell membranes by electron cryotomography.
著者: Emma Silvester / Benjamin Vollmer / Vojtěch Pražák / Daven Vasishtan / Emily A Machala / Catheryne Whittle / Susan Black / Jonathan Bath / Andrew J Turberfield / Kay Grünewald / Lindsay A Baker /
要旨: Electron cryotomography (cryoET), an electron cryomicroscopy (cryoEM) modality, has changed our understanding of biological function by revealing the native molecular details of membranes, viruses, ...Electron cryotomography (cryoET), an electron cryomicroscopy (cryoEM) modality, has changed our understanding of biological function by revealing the native molecular details of membranes, viruses, and cells. However, identification of individual molecules within tomograms from cryoET is challenging because of sample crowding and low signal-to-noise ratios. Here, we present a tagging strategy for cryoET that precisely identifies individual protein complexes in tomograms without relying on metal clusters. Our method makes use of DNA origami to produce "molecular signposts" that target molecules of interest, here via fluorescent fusion proteins, providing a platform generally applicable to biological surfaces. We demonstrate the specificity of signpost origami tags (SPOTs) in vitro as well as their suitability for cryoET of membrane vesicles, enveloped viruses, and the exterior of intact mammalian cells.
履歴
登録2021年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月14日-
マップ公開2021年4月14日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.219
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.219
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bho
  • 表面レベル: 0.219
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12188.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 432.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈average
ボクセルのサイズX=Y=Z: 16.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.219 / ムービー #1: 0.219
最小 - 最大-5.8173404 - 5.3875756
平均 (標準偏差)-0.7893686 (±0.6144399)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 783.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z16.3216.3216.32
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z783.360783.360783.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-5.8175.388-0.789

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure

全体名称: Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure
要素
  • 複合体: Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNA scaffold
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
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    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
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    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
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    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
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    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
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    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸
    • DNA: DNAデオキシリボ核酸

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超分子 #1: Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure

超分子名称: Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: DNA scaffold with DNA oligos as staples
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)

+
分子 #1: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 17.493326 KDa
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+
分子 #2: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 9.535171 KDa
配列文字列:
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+
分子 #3: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 7.080585 KDa
配列文字列:
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+
分子 #4: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 8.603578 KDa
配列文字列:
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+
分子 #5: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 12.941319 KDa
配列文字列:
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+
分子 #6: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 8.005195 KDa
配列文字列:
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+
分子 #7: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 11.353344 KDa
配列文字列:
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+
分子 #8: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 7.422825 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)

+
分子 #9: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 5.904841 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)

+
分子 #10: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 7.108615 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DG)(DG)

+
分子 #11: DNA scaffold

分子名称: DNA scaffold / タイプ: dna / ID: 11 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 2.2362425 MDa
配列文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG) (DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DC) (DG)(DG)(DC)(DG)(DC) ...文字列:
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分子 #12: DNA

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分子 #13: DNA

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分子 #14: DNA

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分子 #15: DNA

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分子 #16: DNA

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分子 #17: DNA

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分子 #18: DNA

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分子 #19: DNA

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分子 #20: DNA

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分子 #21: DNA

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分子 #23: DNA

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分子 #24: DNA

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分子 #25: DNA

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分子 #26: DNA

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分子 #27: DNA

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分子 #28: DNA

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分子 #29: DNA

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分子 #30: DNA

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分子 #31: DNA

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分子 #32: DNA

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分子 #33: DNA

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分子 #34: DNA

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分子 #35: DNA

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分子 #36: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 36 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #37: DNA

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分子 #38: DNA

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分子 #39: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 39 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子量理論値: 10.506789 KDa
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+
分子 #40: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 40 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 6.494248 KDa
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分子 #41: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 41 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子量理論値: 14.167142 KDa
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+
分子 #42: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 42 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 6.528221 KDa
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+
分子 #43: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 43 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 14.103091 KDa
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+
分子 #44: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 44 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 9.275009 KDa
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分子 #45: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 45 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 7.083601 KDa
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分子 #46: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 46 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 5.516579 KDa
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分子 #47: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 47 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 12.90435 KDa
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分子 #48: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 48 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 10.093514 KDa
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分子 #49: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 49 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 13.233516 KDa
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+
分子 #50: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 50 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #51: DNA

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分子 #52: DNA

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分子 #53: DNA

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分子 #54: DNA

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分子 #55: DNA

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分子 #56: DNA

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分子 #57: DNA

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分子 #58: DNA

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分子 #59: DNA

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分子 #60: DNA

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分子 #61: DNA

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分子 #62: DNA

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分子 #63: DNA

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分子 #64: DNA

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分子 #65: DNA

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分子 #66: DNA

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分子 #67: DNA

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分子 #68: DNA

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分子 #71: DNA

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分子 #72: DNA

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分子 #73: DNA

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分子 #76: DNA

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分子 #78: DNA

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分子 #80: DNA

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分子 #81: DNA

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分子 #82: DNA

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+
分子 #83: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 83 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 12.955378 KDa
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+
分子 #84: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 84 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子量理論値: 12.223852 KDa
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+
分子 #85: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 85 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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+
分子 #86: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 86 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 6.189014 KDa
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分子 #87: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 87 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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+
分子 #88: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 88 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 9.627197 KDa
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+
分子 #89: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 89 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子量理論値: 9.319055 KDa
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分子 #90: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 90 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子量理論値: 7.309723 KDa
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分子 #91: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 91 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 7.393791 KDa
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分子 #92: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 92 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 6.520248 KDa
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分子 #93: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 93 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 15.0757 KDa
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分子 #94: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 94 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 18.312771 KDa
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+
分子 #95: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 95 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 13.164511 KDa
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+
分子 #96: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 96 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 5.776743 KDa
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(DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)

+
分子 #97: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 97 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 9.257968 KDa
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(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DA)

+
分子 #98: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 98 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 12.35299 KDa
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+
分子 #99: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 99 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 9.281992 KDa
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+
分子 #100: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 100 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 5.7968 KDa
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+
分子 #101: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 101 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 7.04056 KDa
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分子 #102: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 102 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 10.313655 KDa
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+
分子 #103: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 103 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 8.598568 KDa
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分子 #104: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 104 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #105: DNA

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分子 #106: DNA

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分子 #107: DNA

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分子 #108: DNA

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分子 #109: DNA

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分子 #110: DNA

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分子 #111: DNA

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分子 #112: DNA

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分子 #113: DNA

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分子 #114: DNA

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分子 #115: DNA

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分子 #116: DNA

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分子 #117: DNA

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分子 #118: DNA

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分子 #119: DNA

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分子 #120: DNA

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分子 #121: DNA

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分子 #123: DNA

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分子 #124: DNA

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分子 #126: DNA

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分子 #127: DNA

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分子 #128: DNA

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分子 #129: DNA

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分子 #130: DNA

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分子 #131: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 131 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #132: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 132 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #133: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 133 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #134: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 134 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #135: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 135 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #136: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 136 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #137: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 137 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子量理論値: 10.808056 KDa
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分子 #138: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 138 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #139: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 139 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #140: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 140 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #141: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 141 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #142: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 142 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #143: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 143 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 13.427625 KDa
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分子 #144: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 144 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 7.140574 KDa
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分子 #145: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 145 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 17.786482 KDa
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分子 #146: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 146 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 7.39582 KDa
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分子 #147: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 147 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 10.693874 KDa
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分子 #148: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 148 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 9.609222 KDa
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分子 #149: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 149 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #150: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 150 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #151: DNA

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分子 #153: DNA

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分子 #156: DNA

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分子 #157: DNA

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分子 #159: DNA

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分子 #162: DNA

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分子 #163: DNA

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分子 #167: DNA

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分子 #168: DNA

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分子 #170: DNA

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分子 #172: DNA

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分子 #175: DNA

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分子 #176: DNA

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分子 #177: DNA

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分子 #178: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 178 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #179: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 179 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #180: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 180 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #181: DNA

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分子 #182: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 182 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #183: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 183 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #184: DNA

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分子 #185: DNA

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分子 #186: DNA

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分子 #187: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 187 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #188: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 188 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #189: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 189 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #190: DNA

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分子 #191: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 191 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #192: DNA

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分子 #193: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 193 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #194: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 194 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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分子 #195: DNA

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分子量理論値: 8.662617 KDa
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分子 #196: DNA

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分子 #197: DNA

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分子 #198: DNA

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分子 #199: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 199 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 200 / コピー数: 1 / 分類: DNA
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+
分子 #201: DNA

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由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #202: DNA

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+
分子 #203: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 203 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #204: DNA

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分子 #205: DNA

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由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #206: DNA

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分子 #207: DNA

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分子 #208: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 208 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #209: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 209 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #210: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 210 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #211: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 211 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 12.933347 KDa
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+
分子 #212: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 212 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #213: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 213 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #214: DNA

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由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #215: DNA

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分子 #216: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 216 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #217: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 217 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #218: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 218 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #219: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 219 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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+
分子 #220: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 220 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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分子 #221: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 221 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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+
分子 #222: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 222 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
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+
分子 #223: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 223 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 12.668174 KDa
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+
分子 #224: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 224 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 5.492607 KDa
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+
分子 #225: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 225 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 6.850496 KDa
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+
分子 #226: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 226 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 10.525858 KDa
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+
分子 #227: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 227 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 8.919747 KDa
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+
分子 #228: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 228 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 12.346993 KDa
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+
分子 #229: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 229 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 6.499293 KDa
配列文字列:
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+
分子 #230: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 230 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 15.118754 KDa
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+
分子 #231: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 231 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 9.604177 KDa
配列文字列:
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+
分子 #232: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 232 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 7.012529 KDa
配列文字列:
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+
分子 #233: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 233 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 6.519261 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA)

+
分子 #234: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 234 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 5.90285 KDa
配列文字列:
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+
分子 #235: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 235 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 5.516632 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)

+
分子 #236: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 236 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 6.421184 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)

+
分子 #237: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 237 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 6.960565 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC) (DA)(DT)(DA)

+
分子 #238: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 238 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 18.165717 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA) (DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DA) ...文字列:
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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 54 / 使用した粒子像数: 694 / 手法: Manual selction / ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.13.0) / 使用したサブトモグラム数: 694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る