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- EMDB-12165: Structure of the Integrator cleavage module with INTS4/9/11 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12165
タイトルStructure of the Integrator cleavage module with INTS4/9/11
マップデータ
試料
  • 複合体: Heterotrimeric cleavage module of the Integrator complex
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Unknown
キーワードNuclease / Integrator / 3'-end processing / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / blood microparticle / nucleolus ...snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / blood microparticle / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain ...Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEAT repeats / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Pfleiderer MM / Galej WP
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of the catalytic core of the Integrator complex.
著者: Moritz M Pfleiderer / Wojciech P Galej /
要旨: The Integrator is a specialized 3' end-processing complex involved in cleavage and transcription termination of a subset of nascent RNA polymerase II transcripts, including small nuclear RNAs (snRNAs) ...The Integrator is a specialized 3' end-processing complex involved in cleavage and transcription termination of a subset of nascent RNA polymerase II transcripts, including small nuclear RNAs (snRNAs). We provide evidence of the modular nature of the Integrator complex by biochemically characterizing its two subcomplexes, INTS5/8 and INTS10/13/14. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we determined a 3.5-Å-resolution structure of the INTS4/9/11 ternary complex, which constitutes Integrator's catalytic core. Our structure reveals the spatial organization of the catalytic nuclease INTS11, bound to its catalytically impaired homolog INTS9 via several interdependent interfaces. INTS4, a helical repeat protein, plays a key role in stabilizing nuclease domains and other components. In this assembly, all three proteins form a composite electropositive groove, suggesting a putative RNA binding path within the complex. Comparison with other 3' end-processing machineries points to distinct features and a unique architecture of the Integrator's catalytic module.
履歴
登録2021年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bfp
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7bfp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12165.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12165.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0186 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.06619282 - 0.093836114
平均 (標準偏差)0.0000028168486 (±0.0026706725)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 288.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z348348348
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z288.840288.840288.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS348348348
D min/max/mean-0.0660.0940.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12165_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12165_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12165_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heterotrimeric cleavage module of the Integrator complex

全体名称: Heterotrimeric cleavage module of the Integrator complex
要素
  • 複合体: Heterotrimeric cleavage module of the Integrator complex
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Unknown

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超分子 #1: Heterotrimeric cleavage module of the Integrator complex

超分子名称: Heterotrimeric cleavage module of the Integrator complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 257 kDa/nm

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分子 #1: Integrator complex subunit 9

分子名称: Integrator complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.891219 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP ...文字列:
MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP LKDAVEVSTW RRCYTMQEVN SALSKIQLVG YSQKIELFGA VQVTPLSSGY ALGSSNWIIQ SHYEKVSYVS GS SLLTTHP QPMDQASLKN SDVLVLTGLT QIPTANPDGM VGEFCSNLAL TVRNGGNVLV PCYPSGVIYD LLECLYQYID SAG LSSVPL YFISPVANSS LEFSQIFAEW LCHNKQSKVY LPEPPFPHAE LIQTNKLKHY PSIHGDFSND FRQPCVVFTG HPSL RFGDV VHFMELWGKS SLNTVIFTEP DFSYLEALAP YQPLAMKCIY CPIDTRLNFI QVSKLLKEVQ PLHVVCPEQY TQPPP AQSH RMDLMIDCQP PAMSYRRAEV LALPFKRRYE KIEIMPELAD SLVPMEIKPG ISLATVSAVL HTKDNKHLLQ PPPRPA QPT SGKKRKRVSD DVPDCKVLKP LLSGSIPVEQ FVQTLEKHGF SDIKVEDTAK GHIVLLQEAE TLIQIEEDST HIICDND EM LRVRLRDLVL KFLQKF

UniProtKB: Integrator complex subunit 9

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分子 #2: Integrator complex subunit 4

分子名称: Integrator complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 110.164773 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHHHP PSGADPMAAH LKKRVYEEFT KVVQPQEEIA TKKLRLTKPS KSAALHIDLC KATSPADALQ YLLQFARKPV EAESVEGVV RILLEHYYKE NDPSVRLKIA SLLGLLSKTA GFSPDCIMDD AINILQNEKS HQVLAQLLDT LLAIGTKLPE N QAIQMRLV ...文字列:
MHHHHHHHHP PSGADPMAAH LKKRVYEEFT KVVQPQEEIA TKKLRLTKPS KSAALHIDLC KATSPADALQ YLLQFARKPV EAESVEGVV RILLEHYYKE NDPSVRLKIA SLLGLLSKTA GFSPDCIMDD AINILQNEKS HQVLAQLLDT LLAIGTKLPE N QAIQMRLV DVACKHLTDT SHGVRNKCLQ LLGNLGSLEK SVTKDAEGLA ARDVQKIIGD YFSDQDPRVR TAAIKAMLQL HE RGLKLHQ TIYNQACKLL SDDYEQVRSA AVQLIWVVSQ LYPESIVPIP SSNEEIRLVD DAFGKICHMV SDGSWVVRVQ AAK LLGSME QVSSHFLEQT LDKKLMSDLR RKRTAHERAK ELYSSGEFSS GRKWGDDAPK EEVDTGAVNL IESGACGAFV HGLE DEMYE VRIAAVEALC MLAQSSPSFA EKCLDFLVDM FNDEIEEVRL QSIHTMRKIS NNITLREDQL DTVLAVLEDS SRDIR EALH ELLCCTNVST KEGIHLALVE LLKNLTKYPT DRDSIWKCLK FLGSRHPTLV LPLVPELLST HPFFDTAEPD MDDPAY IAV LVLIFNAAKT CPTMPALFSD HTFRHYAYLR DSLSHLVPAL RLPGRKLVSS AVSPSIIPQE DPSQQFLQQS LERVYSL QH LDPQGAQELL EFTIRDLQRL GELQSELAGV ADFSATYLRC QLLLIKALQE KLWNVAAPLY LKQSDLASAA AKQIMEET Y KMEFMYSGVE NKQVVIIHHM RLQAKALQLI VTARTTRGLD PLFGMCEKFL QEVDFFQRYF IADLPHLQDS FVDKLLDLM PRLMTSKPAE VVKILQTMLR QSAFLHLPLP EQIHKASATI IEPAGESDNP LRFTSGLVVA LDVDATLEHV QDPQNTVKVQ VLYPDGQAQ MIHPKPADFR NPGPGRHRLI TQVYLSHTAW TEACQVEVRL LLAYNSSARI PKCPWMEGGE MSPQVETSIE G TIPFSKPV KVYIMPKPAR R

UniProtKB: Integrator complex subunit 4

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分子 #3: Integrator complex subunit 11

分子名称: Integrator complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.690008 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPPP SGADPMPEIR VTPLGAGQDV GRSCILVSIA GKNVMLDCGM HMGFNDDRR FPDFSYITQN GRLTDFLDCV IISHFHLDHC GALPYFSEMV GYDGPIYMTH PTQAICPILL EDYRKIAVDK K GEANFFTS ...文字列:
MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPPP SGADPMPEIR VTPLGAGQDV GRSCILVSIA GKNVMLDCGM HMGFNDDRR FPDFSYITQN GRLTDFLDCV IISHFHLDHC GALPYFSEMV GYDGPIYMTH PTQAICPILL EDYRKIAVDK K GEANFFTS QMIKDCMKKV VAVHLHQTVQ VDDELEIKAY YAGHVLGAAM FQIKVGSESV VYTGDYNMTP DRHLGAAWID KC RPNLLIT ESTYATTIRD SKRCRERDFL KKVHETVERG GKVLIPVFAL GRAQELCILL ETFWERMNLK VPIYFSTGLT EKA NHYYKL FIPWTNQKIR KTFVQRNMFE FKHIKAFDRA FADNPGPMVV FATPGMLHAG QSLQIFRKWA GNEKNMVIMP GYCV QGTVG HKILSGQRKL EMEGRQVLEV KMQVEYMSFS AHADAKGIMQ LVGQAEPESV LLVHGEAKKM EFLKQKIEQE LRVNC YMPA NGETVTLLTS PSIPVGISLG LLKREMAQGL LPEAKKPRLL HGTLIMKDSN FRLVSSEQAL KELGLAEHQL RFTCRV HLH DTRKEQETAL RVYSHLKSVL KDHCVQHLPD GSVTVESVLL QAAAPSEDPG TKVLLVSWTY QDEELGSFLT SLLKKGL PQ APS

UniProtKB: Integrator complex subunit 11

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分子 #4: Unknown

分子名称: Unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.08179 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 150 mM KCl, 20 mM HEPES-KOH pH 7.8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 19268 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9124445
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26358
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7bfp:
Structure of the Integrator cleavage module with INTS4/9/11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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