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万見
- EMDB-12149: Immature HIV-1 Gag partial hexamer with 3 Gag subunits missing, o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12149
タイトルImmature HIV-1 Gag partial hexamer with 3 Gag subunits missing, obtained by wedge-masked difference map PCA classification
マップデータImmature HIV-1 Gag partial hexamer with 3 Gag subunits missing, obtained by wedge-masked difference map PCA classification
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.2 Å
データ登録者Tan AWK / Pak AJ / Morado DR / Voth GA / Briggs JAG
資金援助 英国, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32-AI150477 米国
National Science Foundation (NSF, United States)ACI-1548562 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI150492 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Immature HIV-1 assembles from Gag dimers leaving partial hexamers at lattice edges as potential substrates for proteolytic maturation.
著者: Aaron Tan / Alexander J Pak / Dustin R Morado / Gregory A Voth / John A G Briggs /
要旨: The CA (capsid) domain of immature HIV-1 Gag and the adjacent spacer peptide 1 (SP1) play a key role in viral assembly by forming a lattice of CA hexamers, which adapts to viral envelope curvature by ...The CA (capsid) domain of immature HIV-1 Gag and the adjacent spacer peptide 1 (SP1) play a key role in viral assembly by forming a lattice of CA hexamers, which adapts to viral envelope curvature by incorporating small lattice defects and a large gap at the site of budding. This lattice is stabilized by intrahexameric and interhexameric CA-CA interactions, which are important in regulating viral assembly and maturation. We applied subtomogram averaging and classification to determine the oligomerization state of CA at lattice edges and found that CA forms partial hexamers. These structures reveal the network of interactions formed by CA-SP1 at the lattice edge. We also performed atomistic molecular dynamics simulations of CA-CA interactions stabilizing the immature lattice and partial CA-SP1 helical bundles. Free energy calculations reveal increased propensity for helix-to-coil transitions in partial hexamers compared to complete six-helix bundles. Taken together, these results suggest that the CA dimer is the basic unit of lattice assembly, partial hexamers exist at lattice edges, these are in a helix-coil dynamic equilibrium, and partial helical bundles are more likely to unfold, representing potential sites for HIV-1 maturation initiation.
履歴
登録2020年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月13日-
マップ公開2021年1月13日-
更新2021年1月20日-
現状2021年1月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12149.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Immature HIV-1 Gag partial hexamer with 3 Gag subunits missing, obtained by wedge-masked difference map PCA classification
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 345.6 Å		2.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 345.6 Å		2.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.05 / ムービー #1: 1.05
最小 - 最大-6.028276 - 5.282971
平均 (標準偏差)0.020696495 (±0.62006485)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.72.72.7
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.600345.600345.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-6.0285.2830.021

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA glow discharge current
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.65 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: TOM Toolbox / 使用したサブトモグラム数: 3290
抽出トモグラム数: 74 / 使用した粒子像数: 57134 / ソフトウェア - 名称: TOM Toolbox
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND, CTFPHASEFLIP)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: TOM Toolbox

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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