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万見
- EMDB-12141: Cryo-EM structure of the proton coupled folate transporter at pH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12141
タイトルCryo-EM structure of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound to pemetrexed
マップデータglobally sharpened map from cryosparc local non-uniform refinement
試料
  • 複合体: Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound to pemetrexed
    • 複合体: proton-coupled folate transporter
      • タンパク質・ペプチド: Proton-coupled folate transporter
    • 複合体: nanobody
      • タンパク質・ペプチド: nanobody
  • リガンド: 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID
キーワードtransporter folate proton symporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


folic acid:proton symporter activity / Metabolism of folate and pterines / Heme signaling / Iron uptake and transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folate import across plasma membrane / folic acid binding / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / basolateral plasma membrane ...folic acid:proton symporter activity / Metabolism of folate and pterines / Heme signaling / Iron uptake and transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folate import across plasma membrane / folic acid binding / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / endosome / endosome membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton-coupled folate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Parker JL / Deme JC / Lea SM / Newstead S
資金援助 英国, 10件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust210536 英国
Wolfson FoundationWL160052 英国
Wellcome Trust209194 英国
Wellcome Trust100298 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L000253/1 英国
Wellcome Trust219531 英国
Wellcome Trust215519 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M011984/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021043/1 英国
Wellcome Trust203741 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of antifolate recognition and transport by PCFT.
著者: Joanne L Parker / Justin C Deme / Gabriel Kuteyi / Zhiyi Wu / Jiandong Huo / I David Goldman / Raymond J Owens / Philip C Biggin / Susan M Lea / Simon Newstead /
要旨: Folates (also known as vitamin B9) have a critical role in cellular metabolism as the starting point in the synthesis of nucleic acids, amino acids and the universal methylating agent S- ...Folates (also known as vitamin B9) have a critical role in cellular metabolism as the starting point in the synthesis of nucleic acids, amino acids and the universal methylating agent S-adenylsmethionine. Folate deficiency is associated with a number of developmental, immune and neurological disorders. Mammals cannot synthesize folates de novo; several systems have therefore evolved to take up folates from the diet and distribute them within the body. The proton-coupled folate transporter (PCFT) (also known as SLC46A1) mediates folate uptake across the intestinal brush border membrane and the choroid plexus, and is an important route for the delivery of antifolate drugs in cancer chemotherapy. How PCFT recognizes folates or antifolate agents is currently unclear. Here we present cryo-electron microscopy structures of PCFT in a substrate-free state and in complex with a new-generation antifolate drug (pemetrexed). Our results provide a structural basis for understanding antifolate recognition and provide insights into the pH-regulated mechanism of folate transport mediated by PCFT.
履歴
登録2020年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bc7
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7bc7
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12141.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈globally sharpened map from cryosparc local non-uniform refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-1.503218 - 3.0273948
平均 (標準偏差)0.00033311525 (±0.0534738)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.240266.240266.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.5033.0270.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12141_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map from cryosparc local non-uniform refinement

ファイルemd_12141_additional_1.map
注釈unsharpened map from cryosparc local non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A from cryosparc local non-uniform refinement

ファイルemd_12141_half_map_1.map
注釈half map A from cryosparc local non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B from cryosparc local non-uniform refinement

ファイルemd_12141_half_map_2.map
注釈half map B from cryosparc local non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound ...

全体名称: Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound to pemetrexed
要素
  • 複合体: Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound to pemetrexed
    • 複合体: proton-coupled folate transporter
      • タンパク質・ペプチド: Proton-coupled folate transporter
    • 複合体: nanobody
      • タンパク質・ペプチド: nanobody
  • リガンド: 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID

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超分子 #1: Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound ...

超分子名称: Complex of the proton coupled folate transporter at pH 6.0 bound to pemetrexed
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 59.331 KDa

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超分子 #2: proton-coupled folate transporter

超分子名称: proton-coupled folate transporter / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 46.399 KDa

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超分子 #3: nanobody

超分子名称: nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 12.932 KDa

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分子 #1: Proton-coupled folate transporter

分子名称: Proton-coupled folate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 51.36657 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAAPSDPPTA ATPPAPPPPA RRCLPAPSVE PLLFLATLAL GLQVPLATQY LWDRLGAERG YVGPNASSPH GCGNGSGAVD PLREEVEAL VAHWNLCINL GGFFVGLFSV TLFGPWSDSV GRRPVLVLPA VGMAVQAAVY LLVMYLRLHV AYLLLGRIIS G LLGDYNLI ...文字列:
MAAPSDPPTA ATPPAPPPPA RRCLPAPSVE PLLFLATLAL GLQVPLATQY LWDRLGAERG YVGPNASSPH GCGNGSGAVD PLREEVEAL VAHWNLCINL GGFFVGLFSV TLFGPWSDSV GRRPVLVLPA VGMAVQAAVY LLVMYLRLHV AYLLLGRIIS G LLGDYNLI LAGCFASVAD SSNQRTRTFR VAILEACLGV AGMVASVGGG QWRKAEGYIN PFWLVLAASL AAALYAALCL QE TVKQRRA AKLLTLQHYK AVYKLYTAPE DLSSRRKLAL YSLAFFLLVT VHFGTKDLYV LYELGSPLCW ASDLIGYGSA ASY LAYLSS LGGLRLLQLC LEDTWVAEIG LISNIAGLVV ISLATTTPLM FTGYGIMFLS MAATPVIRAK LSKLVSETEQ GALF ASVAC VEGLCSLVAT GVFNSLYPST LHFMRGFPFL FGAILLLIPA AIMGWIEIQD SNLQYSHFSD ASSSPADGGE NLYFQ

UniProtKB: Proton-coupled folate transporter

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分子 #2: nanobody

分子名称: nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.460006 KDa
配列文字列:
GPSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF TFSRYWMYWV RQAPGKGPEW LSHMNPSGSD IKYTDSVKGR FTISRDNAKN TLYLQMNSL KPDDTAVYYC VADRRALGSP EYWGQGTQVT VSSA

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分子 #3: 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-Y...

分子名称: 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: LYA
分子量理論値: 427.411 Da
Chemical component information

ChemComp-LYA:
2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID / ペメトレキセド / 薬剤, 化学療法薬*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 341318
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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