[日本語] English
万見
- EMDB-11892: Structure of native royal jelly filaments -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11892
タイトルStructure of native royal jelly filaments
マップデータnative royal jelly filament
試料
  • 複合体: native royal jelly filaments
    • タンパク質・ペプチド: Major royal jelly protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Apisimin
  • リガンド: (3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SULFATE ION
機能・相同性
機能・相同性情報


caste determination, influence by environmental factors / defense response to fungus / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Major royal jelly protein/protein yellow / Major royal jelly protein / Six-bladed beta-propeller, TolB-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Major royal jelly protein 1 / Apisimin
類似検索 - 構成要素
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / Honeybee (セイヨウミツバチ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Mattei S / Ban A / Picenoni A / Leibundgut M / Glockshuber R / Boehringer D
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 793-2017European Union
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000008/2018-LEuropean Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of native glycolipoprotein filaments in honeybee royal jelly.
著者: Simone Mattei / Arvid Ban / Armin Picenoni / Marc Leibundgut / Rudi Glockshuber / Daniel Boehringer /
要旨: Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that ...Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that include the glycosylated major royal jelly protein 1 (MRJP1), the small protein apisimin and insect lipids. Using cryo-electron microscopy we reveal the architecture and the composition of RJ filaments, in which the MRJP1 forms the outer shell of the assembly, surrounding stacked apisimin tetramers harbouring tightly packed lipids in the centre. The structural data rationalize the pH-dependent disassembly of RJ filaments in the gut of the larvae.
履歴
登録2020年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2020年12月30日-
現状2020年12月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7asd
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7asd
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11892.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈native royal jelly filament
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.19467 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.03491768 - 0.08494006
平均 (標準偏差)-1.6316179e-05 (±0.0033898372)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 430.08118 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.19466944444441.19466944444441.1946694444444
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.081430.081430.081
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0350.085-0.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_11892_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: native royal jelly filament

ファイルemd_11892_half_map_1.map
注釈native royal jelly filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: native royal jelly filament

ファイルemd_11892_half_map_2.map
注釈native royal jelly filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : native royal jelly filaments

全体名称: native royal jelly filaments
要素
  • 複合体: native royal jelly filaments
    • タンパク質・ペプチド: Major royal jelly protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Apisimin
  • リガンド: (3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SULFATE ION

-
超分子 #1: native royal jelly filaments

超分子名称: native royal jelly filaments / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

-
分子 #1: Major royal jelly protein 1

分子名称: Major royal jelly protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Honeybee (セイヨウミツバチ)
分子量理論値: 48.934898 KDa
配列文字列: MTRLFMLVCL GIVCQGTTGN ILRGESLNKS LPILHEWKFF DYDFGSDERR QDAILSGEYD YKNNYPSDID QWHDKIFVTM LRYNGVPSS LNVISKKVGD GGPLLQPYPD WSFAKYDDCS GIVSASKLAI DKCDRLWVLD SGLVNNTQPM CSPKLLTFDL T TSQLLKQV ...文字列:
MTRLFMLVCL GIVCQGTTGN ILRGESLNKS LPILHEWKFF DYDFGSDERR QDAILSGEYD YKNNYPSDID QWHDKIFVTM LRYNGVPSS LNVISKKVGD GGPLLQPYPD WSFAKYDDCS GIVSASKLAI DKCDRLWVLD SGLVNNTQPM CSPKLLTFDL T TSQLLKQV EIPHDVAVNA TTGKGRLSSL AVQSLDCNTN SDTMVYIADE KGEGLIVYHN SDDSFHRLTS NTFDYDPKFT KM TIDGESY TAQDGISGMA LSPMTNNLYY SPVASTSLYY VNTEQFRTSD YQQNDIHYEG VQNILDTQSS AKVVSKSGVL FFG LVGDSA LGCWNEHRTL ERHNIRTVAQ SDETLQMIAS MKIKEALPHV PIFDRYINRE YILVLSNKMQ KMVNNDFNFD DVNF RIMNA NVNELILNTR CENPDNDRTP FKISIHL

-
分子 #2: Apisimin

分子名称: Apisimin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Honeybee (セイヨウミツバチ)
分子量理論値: 7.949325 KDa
配列文字列:
MSKIVAVVVL AAFCVAMLVS DVSAKTSISV KGESNVDVVS QINSLVSSIV SGANVSAVLL AQTLVNILQI LIDANVFA

-
分子 #5: (3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol

分子名称: (3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 16 / 式: 94R
分子量理論値: 398.664 Da
Chemical component information

ChemComp-94R:
(3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol / 24-メチレンコレステロ-ル

-
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
分子 #7: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 82.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 119050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 54.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 64 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 240483
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylindrical density
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る