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- EMDB-11585: Cryo-EM structure of S.cerevisiae cohesin-Scc2-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11585
タイトルCryo-EM structure of S.cerevisiae cohesin-Scc2-DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of cohesin, Scc2, ATP and DNA
    • 複合体: Complex of cohesin and Scc2
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein 2
    • 複合体: double strand DNA
      • DNA: DNA (34-MER)
      • DNA: DNA (34-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードSMC / cohesin / DNA / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / tRNA gene clustering / meiotic cohesin complex / cohesin loader activity / establishment of meiotic sister chromatid cohesion ...SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / tRNA gene clustering / meiotic cohesin complex / cohesin loader activity / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / DNA secondary structure binding / mitotic cohesin complex / cohesin complex / rDNA chromatin condensation / establishment of protein localization to chromatin / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / synaptonemal complex assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / meiotic sister chromatid cohesion / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / protein acetylation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / protein localization to chromatin / condensed nuclear chromosome / double-strand break repair / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / cell division / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sister chromatid cohesion C-terminal domain / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Smc1, ATP-binding cassette domain / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein ...Sister chromatid cohesion C-terminal domain / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Smc1, ATP-binding cassette domain / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural maintenance of chromosomes protein 1 / Structural maintenance of chromosomes protein 3 / Sister chromatid cohesion protein 2 / Sister chromatid cohesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lee B-G / Gonzalez Llamazares A
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105184326 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Transport of DNA within cohesin involves clamping on top of engaged heads by Scc2 and entrapment within the ring by Scc3.
著者: James E Collier / Byung-Gil Lee / Maurici Brunet Roig / Stanislav Yatskevich / Naomi J Petela / Jean Metson / Menelaos Voulgaris / Andres Gonzalez Llamazares / Jan Löwe / Kim A Nasmyth /
要旨: In addition to extruding DNA loops, cohesin entraps within its SMC-kleisin ring (S-K) individual DNAs during G1 and sister DNAs during S-phase. All three activities require related hook-shaped ...In addition to extruding DNA loops, cohesin entraps within its SMC-kleisin ring (S-K) individual DNAs during G1 and sister DNAs during S-phase. All three activities require related hook-shaped proteins called Scc2 and Scc3. Using thiol-specific crosslinking we provide rigorous proof of entrapment activity in vitro. Scc2 alone promotes entrapment of DNAs in the E-S and E-K compartments, between ATP-bound engaged heads and the SMC hinge and associated kleisin, respectively. This does not require ATP hydrolysis nor is it accompanied by entrapment within S-K rings, which is a slower process requiring Scc3. Cryo-EM reveals that DNAs transported into E-S/E-K compartments are 'clamped' in a sub-compartment created by Scc2's association with engaged heads whose coiled coils are folded around their elbow. We suggest that clamping may be a recurrent feature of cohesin complexes active in loop extrusion and that this conformation precedes the S-K entrapment required for sister chromatid cohesion.
履歴
登録2020年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zz6
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11585.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11585.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.087005906 - 0.17313385
平均 (標準偏差)0.0001588921 (±0.0025428992)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.400342.400342.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0870.1730.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11585_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_11585_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11585_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of cohesin, Scc2, ATP and DNA

全体名称: Complex of cohesin, Scc2, ATP and DNA
要素
  • 複合体: Complex of cohesin, Scc2, ATP and DNA
    • 複合体: Complex of cohesin and Scc2
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein 2
    • 複合体: double strand DNA
      • DNA: DNA (34-MER)
      • DNA: DNA (34-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Complex of cohesin, Scc2, ATP and DNA

超分子名称: Complex of cohesin, Scc2, ATP and DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
分子量理論値: 485 KDa

+
超分子 #2: Complex of cohesin and Scc2

超分子名称: Complex of cohesin and Scc2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
超分子 #3: double strand DNA

超分子名称: double strand DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural mainte...

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044- ...詳細: 2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 40.8545 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GRLVGLELSN FKSYRGVTKV GFGESNFTSI IGPNGSGKSN MMDAISFVLG VRSNHLRSNI LKDLIYRGVL SNPQSAYVKA FYQKGNKLV ELMRIISRNG DTSYKIDGKT VSYKDYSIFL ENENILIKAK NFLVFQGDVE QIAAQSPVEL SRMFEEVSGS I QYKKEYEE ...文字列:
GRLVGLELSN FKSYRGVTKV GFGESNFTSI IGPNGSGKSN MMDAISFVLG VRSNHLRSNI LKDLIYRGVL SNPQSAYVKA FYQKGNKLV ELMRIISRNG DTSYKIDGKT VSYKDYSIFL ENENILIKAK NFLVFQGDVE QIAAQSPVEL SRMFEEVSGS I QYKKEYEE LKEKIEKLSK SAEEKKILNQ FLKIKKKRKE LFEKTFDYVS DHLDAIYREL TKNPNSNVEL AGGNASLTIE DE DEPFNAG IKYHATPPLK RFKDMEYLSG GEKTVAALAL LFAINSYQPS PFFVLDQVDA ALDITNVQRI AAYIRRHRNP DLQ FIVISL KNTMFEKSDA LVGVYRQQQE NSSKIITLDL SNYA

UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 1, Structural maintenance of chromosomes protein 1, Structural maintenance of chromosomes protein 1

+
分子 #2: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural mainte...

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: 0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, ...詳細: 0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 48.295016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPYIKRVIIK GFKTYRNETI IDNFSPHQNV IIGSNGSGKS NFFAAIRFVL SDDYSNLKRE ERQGLIHQGS GGSVMSASVE IVFHDPDHS MILPSGVLSR GDDEVTIRRT VGLKKDDYQL NDRNVTKGDI VRMLETAGFS MNNPYNIVPQ GKIVALTNAK D KERLQLLE ...文字列:
GPYIKRVIIK GFKTYRNETI IDNFSPHQNV IIGSNGSGKS NFFAAIRFVL SDDYSNLKRE ERQGLIHQGS GGSVMSASVE IVFHDPDHS MILPSGVLSR GDDEVTIRRT VGLKKDDYQL NDRNVTKGDI VRMLETAGFS MNNPYNIVPQ GKIVALTNAK D KERLQLLE DVVGAKSFEV KLKASLKKME ETEQKKIQIN KEMGELNSKL SEMEQERKEL EKYNELERNR KRAFENFKKF NE RRKDLAE RASELDESKD SIQDLIVKLK QQKVNAVDST FQKVSENFEA VFERLVPRGT AKLIIHRYTG VSISVSFNSK QNE QLHVEQ LSGGQKTVCA IALILAIQMV DPASFYLFDQ IDAALDKQYR TAVATLLKEL SKNAQFICTT FRTDMLQVAD KFFR VKYEN KISTVIEVNR EEAIGFIR

UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 3, Structural maintenance of chromosomes protein 3, Structural maintenance of chromosomes protein 3

+
分子 #3: Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion pro...

分子名称: Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: 67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, ...詳細: 67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.123593 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
TLRTSGELLQ GIVRVYSKQA TFLLTDIKDT LTKISMLVIF TDVLKSITKR EASRGFFDIL SLATEGCIGL SQTEAFGNIK IDA

UniProtKB: Sister chromatid cohesion protein 1, Sister chromatid cohesion protein 1, Sister chromatid cohesion protein 1

+
分子 #4: Sister chromatid cohesion protein 2

分子名称: Sister chromatid cohesion protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 171.310625 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYPGKDKNI PGRIIEALED LPLSYLVPKD GLAALVNAPM RVSLPFDKTI FTSADDGRDV NINVLGTANS TTSSIKNEAE KERLVFKRP SNFTSSANSV DYVPTNFLEG LSPLAQSVLS THKGLNDSIN IEKKSEIVSR PEAKHKLESV TSNAGNLSFN D NSSNKKTK ...文字列:
MSYPGKDKNI PGRIIEALED LPLSYLVPKD GLAALVNAPM RVSLPFDKTI FTSADDGRDV NINVLGTANS TTSSIKNEAE KERLVFKRP SNFTSSANSV DYVPTNFLEG LSPLAQSVLS THKGLNDSIN IEKKSEIVSR PEAKHKLESV TSNAGNLSFN D NSSNKKTK TSTGVTMTQA NLAEQYLNDL KNILDIVGFD QNSAEIGNIE YWLQLPNKKF VLTTNCLTKL QMTIKNITDN PQ LSNSIEI TWLLRLLDVM VCNIKFSKSS LKMGLDDSML RYIALLSTIV LFNIFLLGKN DSNLHRESYI MEPVNFLSDL IES LKILTI EYGSLKIEFD TFQEALELLP KYIRNGPFLD DNVTAKLVYI FSDLLMNNDI EATTNIQFQS FWDNVKRISS DILV SLFGS FDQQRGFIIE ELLSHIEKLP TKRIQKKLRK VGNQNIYITD FTFTLMSMLE NINCYSFCNQ MKDIAPENID LLKNE YKKQ EEFLFNIVEH INDTILERFF KNPSALRYVI DNFVQDLLLL ISSPQWPVTE KILSSLLKRL LSVYSPSMQV SANIET ICL QLIGNIGSTI FDIKCSTRDH EDNNLIKMIN YPETLPHFFK SFEECIAYNE TIKCRRSATR FLWNLRLGTI LILEEYT KD AKEQIITVDN ELKKILEQIK DGGLGPELEN READFSTIKL DYFSILHAFE LLNLYDPYLK LILSLLAKDK IKLRSTAI K CLSMLASKDK VILSNPMVKE TIHRRLNDSS ASVKDAILDL VSINSSYFEF YQQINNNYND DSIMVRKHVL RINEKMYDE TNDIVTKVYV IARILMKIED EEDNIIDMAR LILLNRWILK VHEVLDQPEK LKEISSSVLL VMSRVAIMNE KCSQLFDLFL NFYLLNKEA HSKEAYDKIT HVLTILTDFL VQKIVELNSD DTNEKNSIVD KQNFLNLLAK FADSTVSFLT KDHITALYPY M VSDEKSDF HYYILQVFRC TFEKLANFKQ KFLYDLETTL LSRLPKMNVR EIDEAMPLIW SVATHRHDTA RVAKACSSCL SH LHPYINK ANNEEAAIVV DGKLQRLIYL STGFARFCFP KPSNDKIAFL QEGETLYEHI TKCLLVLSKD KITHVIRRVA VKN LTKLCG NHPKLFNSRH VLHLLDKEFQ SDQLDIKLVI LESLYDLFLL EERKSVRNTG VNSTLSSNSI LKKKLLKTNR VEFA NDGVC SALATRFLDN ILQLCLLRDL KNSLVAIRLL KLILKFGYTN PSHSIPTVIA LFASTSQYIR HVAYELLEDL FEKYE TLVF SSLSRGVTKA IHYSIHTDEK YYYKHDHFLS LLEKLCGTGK KNGPKFFKVL KRIMQSYLDD ITDLTSTNSS VQKSIF VLC TNISNITFVS QYDLVSLLKT IDLTTDRLKE VIMDEIGDNV SSLSVSEEKL SGIILIQLSL QDLGTYLLHL YGLRDDV LL LDIVEESELK NKQLPAKKPD ISKFSAQLEN IEQYSSNGKL LTYFRKHVKD T

UniProtKB: Sister chromatid cohesion protein 2

+
分子 #5: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.604072 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #6: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.297598 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 588164
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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