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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11404 | |||||||||
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タイトル | Native putative AMPA-type ionotropic glutamate receptor, de novo | |||||||||
マップデータ | Averaged density map. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.673847 Å | |||||||||
データ登録者 | Martinez A / Lucic V | |||||||||
資金援助 | European Union, スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Trans-synaptic assemblies link synaptic vesicles and neuroreceptors. 著者: Antonio Martinez-Sanchez / Ulrike Laugks / Zdravko Kochovski / Christos Papantoniou / Luca Zinzula / Wolfgang Baumeister / Vladan Lučić / 要旨: Synaptic transmission is characterized by fast, tightly coupled processes and complex signaling pathways that require a precise protein organization, such as the previously reported nanodomain ...Synaptic transmission is characterized by fast, tightly coupled processes and complex signaling pathways that require a precise protein organization, such as the previously reported nanodomain colocalization of pre- and postsynaptic proteins. Here, we used cryo-electron tomography to visualize synaptic complexes together with their native environment comprising interacting proteins and lipids on a 2- to 4-nm scale. Using template-free detection and classification, we showed that tripartite trans-synaptic assemblies (subcolumns) link synaptic vesicles to postsynaptic receptors and established that a particular displacement between directly interacting complexes characterizes subcolumns. Furthermore, we obtained de novo average structures of ionotropic glutamate receptors in their physiological composition, embedded in plasma membrane. These data support the hypothesis that synaptic function is carried by precisely organized trans-synaptic units. It provides a framework for further exploration of synaptic and other large molecular assemblies that link different cells or cellular regions and may require weak or transient interactions to exert their function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11404.map.gz | 965.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11404-v30.xml emd-11404.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11404_fsc.xml | 2.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11404.png | 24 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11404 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11404 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11404_validation.pdf.gz | 239.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11404_full_validation.pdf.gz | 238.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11404_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11404 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11404 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11404.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Averaged density map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Native putative AMPA-type ionotropic glutamate receptor imaged at...
全体 | 名称: Native putative AMPA-type ionotropic glutamate receptor imaged at excitatory neocortical rodent synapses |
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要素 |
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-超分子 #1: Native putative AMPA-type ionotropic glutamate receptor imaged at...
超分子 | 名称: Native putative AMPA-type ionotropic glutamate receptor imaged at excitatory neocortical rodent synapses タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Postsynaptic complexes were detected by Morse density tracing and classified by Affinity propagation (both implemented in PySeg) to obtain putative AMPA receptor particles |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: brain / 組織: neocortex / Organelle: excitatory synapse / 細胞中の位置: postsynaptic |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: HEPES-buffered saline 詳細: 140 mM NaCl, 5 mM KCl, 5 mM NaHCO3, 1.2 mM Na2HPO4, 1 mM MgCl2, 10 mM glucose, and 10 mM Hepes |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 100 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 300 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
詳細 | Neocortical synaptosomal fraction |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.66 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |