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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11106 | |||||||||
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タイトル | Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle (PV3 SC8) from a mammalian expression system. | |||||||||
マップデータ | MRC map filtered after local resolution in RELION. Recommended contour level 0.07 after inspection in Chimera. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Capsid protein / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bahar MW / Porta C | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2021 タイトル: Mammalian expression of virus-like particles as a proof of principle for next generation polio vaccines. 著者: Mohammad W Bahar / Claudine Porta / Helen Fox / Andrew J Macadam / Elizabeth E Fry / David I Stuart / 要旨: Global vaccination programs using live-attenuated oral and inactivated polio vaccine (OPV and IPV) have almost eradicated poliovirus (PV) but these vaccines or their production pose significant risk ...Global vaccination programs using live-attenuated oral and inactivated polio vaccine (OPV and IPV) have almost eradicated poliovirus (PV) but these vaccines or their production pose significant risk in a polio-free world. Recombinant PV virus-like particles (VLPs), lacking the viral genome, represent safe next-generation vaccines, however their production requires optimisation. Here we present an efficient mammalian expression strategy producing good yields of wild-type PV VLPs for all three serotypes and a thermostabilised variant for PV3. Whilst the wild-type VLPs were predominantly in the non-native C-antigenic form, the thermostabilised PV3 VLPs adopted the native D-antigenic conformation eliciting neutralising antibody titres equivalent to the current IPV and were indistinguishable from natural empty particles by cryo-electron microscopy with a similar stabilising lipidic pocket-factor in the VP1 β-barrel. This factor may not be available in alternative expression systems, which may require synthetic pocket-binding factors. VLPs equivalent to these mammalian expressed thermostabilized particles, represent safer non-infectious vaccine candidates for the post-eradication era. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11106.map.gz | 49.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11106-v30.xml emd-11106.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11106_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11106.png | 331.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11106.cif.gz | 7.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11106 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11106_validation.pdf.gz | 705.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11106_full_validation.pdf.gz | 705 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11106_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11106_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11106 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11106.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | MRC map filtered after local resolution in RELION. Recommended contour level 0.07 after inspection in Chimera. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human poliovirus 3
全体 | 名称: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human poliovirus 3
超分子 | 名称: Human poliovirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of PV3 (strain Saukett). NCBI-ID: 12086 / 生物種: Human poliovirus 3 / Sci species strain: Saukett / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 5.85 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Virus shell 1 / 直径: 310.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid proteins, VP1
分子 | 名称: Capsid proteins, VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) |
分子量 | 理論値: 33.562785 KDa |
組換発現 | 生物種: mammal environmental sample (環境試料) |
配列 | 文字列: GIEDLITEVA QGALTLSLPK QQDSLPDTKA SGPAHSKEVP ALTAVETGAT NPLVPSDTVQ TRHVIQRRSR SESTIESFFA RGACVAIIE VDNEEPTTRA QKLFAMWRIT YKDTVQLRRK LEFFTYSRFD MELTFVVTAN FTNTNNGHAL NQVYQIMYIP P GAPTPKSW ...文字列: GIEDLITEVA QGALTLSLPK QQDSLPDTKA SGPAHSKEVP ALTAVETGAT NPLVPSDTVQ TRHVIQRRSR SESTIESFFA RGACVAIIE VDNEEPTTRA QKLFAMWRIT YKDTVQLRRK LEFFTYSRFD MELTFVVTAN FTNTNNGHAL NQVYQIMYIP P GAPTPKSW DDYTWQTSSN PSIFYTYGAA PARISVPYVG LANAYSHFYD GFAKVPLKTD ANDQIGDSLY SAMTVDDFGV LA IRVVNDH NPTKVTSKVR IYMKPKHVRV WCPRPPRAVP YYGPGVDYKD NLNPLSEKGL TTY UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Capsid proteins, VP0
分子 | 名称: Capsid proteins, VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Sequence is given for the VP0 polypeptide. Mutations are numbered according to sequence numbering for mature polypeptides VP2 and VP4. コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) |
分子量 | 理論値: 37.623023 KDa |
組換発現 | 生物種: mammal environmental sample (環境試料) |
配列 | 文字列: MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYKDSASNA ASKQDYSQDP SKFTEPLKDV LIKTAPALNS PNVEACGYSD RVLQLTIGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE FIRDDEANPV DQPTEPDVAT CRFYTLDTVM WGKESKGWWW KLPDALRDMG L FGQNMYYH ...文字列: MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYKDSASNA ASKQDYSQDP SKFTEPLKDV LIKTAPALNS PNVEACGYSD RVLQLTIGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE FIRDDEANPV DQPTEPDVAT CRFYTLDTVM WGKESKGWWW KLPDALRDMG L FGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAIPE YCLAGDSDKQ RYTSYANANP GEKGGKFYSQ FNRDTAVTSP KR EFCPVDY LLGCGVLLGN AFVYPHQIIN LRTNNSATIV LPYVNAMAID SMVKHNNWGI AILPLSPLDF AQESSVEIPI TVT IAPMCS EFNGLRNVTA PKFQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Capsid proteins, VP3
分子 | 名称: Capsid proteins, VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.3151 KDa |
組換発現 | 生物種: mammal environmental sample (環境試料) |
配列 | 文字列: GLPVLNTPGS NQYLTSDNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLENT KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCFSLSP ASDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV ...文字列: GLPVLNTPGS NQYLTSDNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLENT KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCFSLSP ASDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV PWISNVTYRQ TTQDSFTEGG YISMFYQTRI VVPLSTPKSM SMLGFVSACN DFSVRLLRDT THISQSALPQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: SPHINGOSINE
分子 | 名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SPH |
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分子量 | 理論値: 299.492 Da |
Chemical component information | ChemComp-SPH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7 / 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: The specific type of grid used was Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon AGS187-4 from Agar Scientific. | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Double blotting with 4 ul of sample, followed by 4 second blot, before plunging.. | ||||||
詳細 | Recombinantly expressed VLP of PV3. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1465 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 160000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera, and the refined in real space using Phenix_real.space.refine. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-6z6w: |