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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10625 | |||||||||
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タイトル | Cin8 motor domain (short loop 8) bound to microtubules | |||||||||
マップデータ | Cin8 motor domain (short loop 8) bound to microtubules | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Siegler N / Singh SK / Zalk R / Debs GE / Sindelar CV / Gheber L / Zarivach R | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cin8 motor domain (short loop 8) bound to microtubules 著者: Siegler N / Singh SK / Zalk R / Debs GE / Sindelar CV / Gheber L | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10625.map.gz | 51.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10625-v30.xml emd-10625.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10625.png | 132.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10625 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10625 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10625_validation.pdf.gz | 268 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10625_full_validation.pdf.gz | 267.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10625_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10625 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10625 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cin8 motor domain (short loop 8) bound to microtubules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN
全体 | 名称: ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN |
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要素 |
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-超分子 #1: ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN
超分子 | 名称: ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: ADDED 0.1 mM AMP-PNP, 10 micromolar Taxol |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Cin8, microtubules
分子 | 名称: Cin8, microtubules / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPAENQNTGQ DRSSNSISKN GNSQVGCHTV PNEELNITVA VRCRGRNERE ISMKSSVVVN VPDITGSKEI SINTTGDTGI TAQMNAKRYT VDKVFGPGAS QDLIFDEVAG PLFQDFIKGY NCTVLVYGMT STGKTYTMTG DEKLYNGELS DAAGIIPRVL LKLFDTLELQ ...文字列: MPAENQNTGQ DRSSNSISKN GNSQVGCHTV PNEELNITVA VRCRGRNERE ISMKSSVVVN VPDITGSKEI SINTTGDTGI TAQMNAKRYT VDKVFGPGAS QDLIFDEVAG PLFQDFIKGY NCTVLVYGMT STGKTYTMTG DEKLYNGELS DAAGIIPRVL LKLFDTLELQ QNDYVVKCSF IELYNEELKD LLDSNSNGSS NTGFDGQFMK KLRIFDNNNN NSSIYIQNLQ EFHITNAMEG LNLLQKGLKH RQVASTKMND FSSRSHTIFT ITLYKKHQDE LFRISKMNLV DLAGSENINR SGALNQRAKE AGSINQSLLT LGRVINALVD KSGHIPFRES KLTRLLQDSL GGNTKTALIA TISPAKVTSE ETCSTLEYAS KAKNIKNKPQ LGSFIMKDIL LEHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 82.18 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -0.53 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C14 (14回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47551 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) |
Segment selection | 選択した数: 47551 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 詳細: Number of particles seleced for reconstruction |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |