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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1026 | |||||||||
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タイトル | Microscopic evidence for a minus-end-directed power stroke in the kinesin motor ncd. | |||||||||
マップデータ | helical reconstruction of microtubule motor complex AMPPNP state | |||||||||
試料 |
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生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 | |||||||||
データ登録者 | Wendt TG | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2002 タイトル: Microscopic evidence for a minus-end-directed power stroke in the kinesin motor ncd. 著者: Thomas G Wendt / Niels Volkmann / Georgios Skiniotis / Kenneth N Goldie / Jens Müller / Eckhard Mandelkow / Andreas Hoenger / 要旨: We used cryo-electron microscopy and image reconstruction to investigate the structure and microtubule-binding configurations of dimeric non-claret disjunctional (ncd) motor domains under various ...We used cryo-electron microscopy and image reconstruction to investigate the structure and microtubule-binding configurations of dimeric non-claret disjunctional (ncd) motor domains under various nucleotide conditions, and applied molecular docking using ncd's dimeric X-ray structure to generate a mechanistic model for force transduction. To visualize the alpha-helical coiled-coil neck better, we engineered an SH3 domain to the N-terminal end of our ncd construct (296-700). Ncd exhibits strikingly different nucleotide-dependent three-dimensional conformations and microtubule-binding patterns from those of conventional kinesin. In the absence of nucleotide, the neck adapts a configuration close to that found in the X-ray structure with stable interactions between the neck and motor core domain. Minus-end-directed movement is based mainly on two key events: (i) the stable neck-core interactions in ncd generate a binding geometry between motor and microtubule which places the motor ahead of its cargo in the minus-end direction; and (ii) after the uptake of ATP, the two heads rearrange their position relative to each other in a way that promotes a swing of the neck in the minus-end direction. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1026.map.gz | 602.2 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1026-v30.xml emd-1026.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1026.gif | 35.3 KB | ||
Filedesc layerLines | emd_1026_ll.cif.gz | 12 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1026 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1026 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1026_validation.pdf.gz | 262.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1026_full_validation.pdf.gz | 261.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1026_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1026 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1026 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | helical reconstruction of microtubule motor complex AMPPNP state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.53 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state
全体 | 名称: Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state |
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要素 |
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-超分子 #1000: Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state
超分子 | 名称: Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dimer / Number unique components: 2 |
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-分子 #1: Ncd296 dimer
分子 | 名称: Ncd296 dimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 別称: fly |
分子量 | 実験値: 92 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: tubulin dimer
分子 | 名称: tubulin dimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: alpha beta tubulin 詳細: bovine tubulin was purchased from Cytoskeleton Inc. (Denver,CO) 集合状態: polymer of alpha beta dimers / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 別称: fly |
分子量 | 実験値: 100 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: 80mM PIPES, 2mM MgCl2, 2mM AMPPNP |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: plunge-frozen in liquid ethane |
グリッド | 詳細: quantifoil holey grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: standard guillotine. vitrification carried out at room temperature |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG/ST |
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温度 | 平均: 93 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 150K mag |
詳細 | low dose imaging |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 21 µm / 実像数: 14 / Od range: 0.9 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 160 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | 257 subunits per 137 helical turns |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: PHOELIX 詳細: final map was calculated from 25 datasets of near and far sides |