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万見
- EMDB-10109: Structure of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10109
タイトルStructure of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima
マップデータMap from Relion3 Refine3D after postprocessing using the deposited mask and automatic filtering/sharpening, and sharpened with LocScale
試料
  • 複合体: Map of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima
    • タンパク質・ペプチド: Beta-galactosidase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水
キーワードBETA-GALACTOSIDASE / CARBOHYDRATE (炭水化物) / GLUCOSYL HYDROLASE / THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ) / TRANSGLYCOSYLATION / IMMOBILIZATION / CRYOEM (低温電子顕微鏡法) / GRAPHENE-OXIDE / GALACTOOLIGOSACCHARIDES / HYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 ...Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (テルモトガ・マリティマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者Miguez-Amil S / Jimenez-Ortega E
引用ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2020
タイトル: The cryo-EM Structure of β-Galactosidase: Quaternary Structure Guides Protein Engineering.
著者: Samuel Míguez Amil / Elena Jiménez-Ortega / Mercedes Ramírez-Escudero / David Talens-Perales / Julia Marín-Navarro / Julio Polaina / Julia Sanz-Aparicio / Rafael Fernandez-Leiro /
要旨: Lactose intolerance is a common digestive disorder that affects a large proportion of the adult human population. The severity of the symptoms is highly variable, depending on the susceptibility to ...Lactose intolerance is a common digestive disorder that affects a large proportion of the adult human population. The severity of the symptoms is highly variable, depending on the susceptibility to the sugar and the amount digested. For that reason, enzymes that can be used for the production of lactose-free milk and milk derivatives have acquired singular biotechnological importance. One such case is β-galactosidase (TmLac). Here, we report the cryo-EM structure of TmLac at 2.0 Å resolution. The protein features a newly solved domain at its C-terminus, characteristic of the genus , which promotes a peculiar octameric arrangement. We have assessed the constraints imposed by the quaternary protein structure on the construction of hybrid versions of this GH2 enzyme. Carbohydrate binding modules (CBM) from the CBM2 and CBM9 families have been added at either the amino or carboxy terminus, and the structural and functional effects of such modifications have been analyzed. The results provide a basis for the rational design of hybrid enzymes that can be efficiently attached to different solid supports.
履歴
登録2019年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2020年3月18日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6s6z
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6s6z
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10109.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map from Relion3 Refine3D after postprocessing using the deposited mask and automatic filtering/sharpening, and sharpened with LocScale
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.67 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.21666068 - 1.0043567
平均 (標準偏差)0.0063757556 (±0.041183587)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 343.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.670.670.67
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z343.040343.040343.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.2171.0040.006

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10109_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 from Relion3

ファイルemd_10109_half_map_1.map
注釈Half map 2 from Relion3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 from Relion3

ファイルemd_10109_half_map_2.map
注釈Half map 2 from Relion3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Map of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima

全体名称: Map of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima
要素
  • 複合体: Map of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima
    • タンパク質・ペプチド: Beta-galactosidase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Map of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima

超分子名称: Map of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Map from Relion3: Refined 3D after postprocessing using the deposited mask and automatic filtering/sharpening. Sharpened by LocScale
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima MSB8 (テルモトガ・マリティマ)
分子量理論値: 1.02 MDa

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分子 #1: Beta-galactosidase

分子名称: Beta-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: beta-galactosidase
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima MSB8 (テルモトガ・マリティマ)
分子量理論値: 127.653539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PYEWENPQLV SEGTEKSHAS FIPYLDPFSG EWEYPEEFIS LNGNWRFLFA KNPFEVPEDF FSEKFDDSNW DEIEVPSNWE MKGYGKPIY TNVVYPFEPN PPFVPKDDNP TGVYRRWIEI PEDWFKKEIF LHFEGVRSFF YLWVNGKKIG FSKDSCTPAE F RLTDVLRP ...文字列:
PYEWENPQLV SEGTEKSHAS FIPYLDPFSG EWEYPEEFIS LNGNWRFLFA KNPFEVPEDF FSEKFDDSNW DEIEVPSNWE MKGYGKPIY TNVVYPFEPN PPFVPKDDNP TGVYRRWIEI PEDWFKKEIF LHFEGVRSFF YLWVNGKKIG FSKDSCTPAE F RLTDVLRP GKNLITVEVL KWSDGSYLED QDMWWFAGIY RDVYLYALPK FHIRDVFVRT DLDENYRNGK IFLDVEMRNL GE EEEKDLE VTLITPDGDE KTLVKETVKP EDRVLSFAFD VKDPKKWSAE TPHLYVLKLK LGEDEKKVNF GFRKIEIKDG TLL FNGKPL YIKGVNRHEF DPDRGHAVTV ERMIQDIKLM KQHNINTVRT SHYPNQTKWY DLCDYFGLYV IDEANIESHG IDWD PEVTL ANRWEWEKAH FDRIKRMVER DKNHPSIIFW SLGNEAGDGV NFEKAALWIK KRDNTRLIHY EGTTRRGESY YVDVF SLMY PKMDILLEYA SKKREKPFIM CEYAHAMGNS VGNLKDYWDV IEKYPYLHGG CIWDWVDQGI RKKDENGREF WAYGGD FGD TPNDGNFCIN GVVLPDRTPE PELYEVKKVY QNVKIRQVSK DTYEVENRYL FTNLEMFDGA WKIRKDGEVI EEKTFKI FA EPGEKRLLKI PLPEMDDSEY FLEISFSLSE DTPWAEKGHV VAWEQFLLKA PAFEKKSISD GVSLREDGKH LTVEAKDT V YVFSKLTGLL EQILHRRKKI LKSPVVPNFW RVPTDNDIGN RMPQRLAIWK RASKERKLFK MHWKKEENRV SVHSVFQLP GNSWVYTTYT VFGNGDVLVD LSLIPAEDVP EIPRIGFQFT VPEEFGTVEW YGRGPHETYW DRKESGLFAR YRKAVGEMMH RYVRPQETG NRSDVRWFAL SDGETKLFVS GMPQIDFSVW PFSMEDLERV QHISELPERD FVTVNVDFRQ MGLGGDDSWG A MPHLEYRL LPKPYRFSFR MRISEEIPSW RVLAAIPETL HVEMSSEDVI REGDTLRVKF SLLNDTPLSK EKQVVLFVDG NE YSVRRVV IPPFKKEELV FKVEGLKKGE HLIHTNLNTR KTIYVR

UniProtKB: Beta-galactosidase

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1384 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaH2PO4Sodium Phosphate Buffer
50.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloryde
2.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitolジチオトレイトール
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 30.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.4 µm / 倍率（補正後）: 20895 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3600 / 平均露光時間: 25.0 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 229079
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: SGD in relion3.0
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: Standard CTF correction inside RELION's reconstruction
使用した粒子像数: 154632
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6s6z:
Structure of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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