+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10058 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Nucleosome-CHD4 complex structure (single CHD4 copy) | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | Complex / ATPase / chromatin / nucleosome / CHD family / TRANSCRIPTION | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cerebellar granule cell to Purkinje cell synapse / terminal button organization / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / NGF-stimulated transcription / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of synapse assembly / site of DNA damage / RNA Polymerase I Transcription Initiation ...cerebellar granule cell to Purkinje cell synapse / terminal button organization / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / NGF-stimulated transcription / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of synapse assembly / site of DNA damage / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Regulation of PTEN gene transcription / helicase activity / transcription coregulator binding / HDACs deacetylate histones / double-strand break repair via homologous recombination / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / nucleosome / nucleosome assembly / histone binding / DNA helicase / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Farnung L / Ochmann M | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Nucleosome-CHD4 chromatin remodeler structure maps human disease mutations. 著者: Lucas Farnung / Moritz Ochmann / Patrick Cramer / 要旨: Chromatin remodeling plays important roles in gene regulation during development, differentiation and in disease. The chromatin remodeling enzyme CHD4 is a component of the NuRD and ChAHP complexes ...Chromatin remodeling plays important roles in gene regulation during development, differentiation and in disease. The chromatin remodeling enzyme CHD4 is a component of the NuRD and ChAHP complexes that are involved in gene repression. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of CHD4 engaged with a nucleosome core particle in the presence of the non-hydrolysable ATP analogue AMP-PNP at an overall resolution of 3.1 Å. The ATPase motor of CHD4 binds and distorts nucleosomal DNA at superhelical location (SHL) +2, supporting the 'twist defect' model of chromatin remodeling. CHD4 does not induce unwrapping of terminal DNA, in contrast to its homologue Chd1, which functions in gene activation. Our structure also maps CHD4 mutations that are associated with human cancer or the intellectual disability disorder Sifrim-Hitz-Weiss syndrome. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10058.map.gz | 96.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10058-v30.xml emd-10058.xml | 28.7 KB 28.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10058_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10058.png | 40.8 KB | ||
マスクデータ | emd_10058_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10058.cif.gz | 7.8 KB | ||
その他 | emd_10058_additional.map.gz emd_10058_half_map_1.map.gz emd_10058_half_map_2.map.gz | 80.7 MB 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10058 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10058 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10058_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10058_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10058_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10058_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10058 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10058 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ryrMC 6ryuC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10411 (タイトル: Single Particle Cryo-EM Reconstructions of NCP-CHD4 complexes Data size: 721.2 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of NCP-CHD4 Dataset 1 [micrographs - multiframe] Data #2: Averaged and aligned micrographs Dataset 1 [micrographs - single frame] Data #3: Unaligned multi-frame micrographs of NCP-CHD4 Dataset 2 [micrographs - multiframe] Data #4: Averaged and aligned micrographs NCP-CHD4 Dataset 2 [micrographs - single frame] Data #5: Unaligned multi-frame micrographs of NCP-CHD4 Dataset 3 [micrographs - multiframe] Data #6: Averaged and aligned micrographs Dataset 3 [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10058.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10058_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_10058_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10058_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10058_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Nucleosome-CHD4 complex
+超分子 #1: Nucleosome-CHD4 complex
+超分子 #2: Nucleosome
+超分子 #3: DNA
+超分子 #4: CHD4
+分子 #1: Histone H3.2
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A type 1
+分子 #4: Histone H2B 1.1
+分子 #7: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4,Chromodomain-helicase...
+分子 #5: DNA (149-MER)
+分子 #6: DNA (149-MER)
+分子 #8: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
+分子 #9: MAGNESIUM ION
+分子 #10: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |