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- EMDB-0882: cryo-EM structure of TRPV3 in lipid nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0882
タイトルcryo-EM structure of TRPV3 in lipid nanodisc
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: TRPV3
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
キーワードTRP channel / TRPV family / TRPV3 / nanodisc / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hair cycle / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / lysosome / receptor complex / membrane ...negative regulation of hair cycle / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / lysosome / receptor complex / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shimada H / Kusakizako T
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: The structure of lipid nanodisc-reconstituted TRPV3 reveals the gating mechanism.
著者: Hiroto Shimada / Tsukasa Kusakizako / T H Dung Nguyen / Tomohiro Nishizawa / Tomoya Hino / Makoto Tominaga / Osamu Nureki /
要旨: Transient receptor potential vanilloid subfamily member 3 (TRPV3) is a temperature-sensitive cation channel. Previous cryo-EM analyses of TRPV3 in detergent micelles or amphipol proposed that the ...Transient receptor potential vanilloid subfamily member 3 (TRPV3) is a temperature-sensitive cation channel. Previous cryo-EM analyses of TRPV3 in detergent micelles or amphipol proposed that the lower gate opens by α-to-π helical transitions of the nearby S6 helix. However, it remains unclear how physiological lipids are involved in the TRPV3 activation. Here we determined the apo state structure of mouse (Mus musculus) TRPV3 in a lipid nanodisc at 3.3 Å resolution. The structure revealed that lipids bound to the pore domain stabilize the selectivity filter in the narrow state, suggesting that the selectivity filter of TRPV3 affects cation permeation. When the lower gate is closed in nanodisc-reconstituted TRPV3, the S6 helix adopts the π-helical conformation without agonist- or heat-sensitization, potentially stabilized by putative intra-subunit hydrogen bonds and lipid binding. Our findings provide insights into the lipid-associated gating mechanism of TRPV3.
履歴
登録2019年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月24日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lgp
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0882.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.45 Å/pix.
x 160 pix.
= 232. Å		1.45 Å/pix.
x 160 pix.
= 232. Å		1.45 Å/pix.
x 160 pix.
= 232. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.23704885 - 0.44331542
平均 (標準偏差)0.0011602396 (±0.015125863)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 232.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z232.000232.000232.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.2370.4430.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0882_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_0882_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_0882_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRPV3

全体名称: TRPV3
要素
  • 細胞器官・細胞要素: TRPV3
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

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超分子 #1: TRPV3

超分子名称: TRPV3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 73.949867 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RLKKRIFAAV SEGCVEELRE LLQDLQDLCR RRRGLDVPDF LMHKLTASDT GKTCLMKALL NINPNTKEIV RILLAFAEEN DILDRFINA EYTEEAYEGQ TALNIAIERR QGDITAVLIA AGADVNAHAK GVFFNPKYQH EGFYFGETPL ALAACTNQPE I VQLLMENE ...文字列:
RLKKRIFAAV SEGCVEELRE LLQDLQDLCR RRRGLDVPDF LMHKLTASDT GKTCLMKALL NINPNTKEIV RILLAFAEEN DILDRFINA EYTEEAYEGQ TALNIAIERR QGDITAVLIA AGADVNAHAK GVFFNPKYQH EGFYFGETPL ALAACTNQPE I VQLLMENE QTDITSQDSR GNNILHALVT VAEDFKTQND FVKRMYDMIL LRSGNWELET MRNNDGLTPL QLAAKMGKAE IL KYILSRE IKEKPLRSLS RKFTDWAYGP VSSSLYDLTN VDTTTDNSVL EIIVYNTNID NRHEMLTLEP LHTLLHTKWK KFA KYMFFL SFCFYFFYNI TLTLVSYYRP REDEDLPHPL ALTHKMSWLQ LLGRMFVLIW ATCISVKEGI AIFLLRPSDL QSIL SDAWF HFVFFVQAVL VILSVFLYLF AYKEYLACLV LAMALGWANM LYYTRGFQSM GMYSVMIQKV ILHDVLKFLF VYILF LLGF GVALASLIEK CSKDKKDCSS YGSFSDAVLE LFKLTIGLGD LNIQQNSTYP ILFLFLLITY VILTFVLLLN MLIALM GET VENVSKESER IWRLQRARTI LEFEKMLPEW LRSRFRMGEL CKVADEDFRL CLRINEVKWT EWKTHVSFLN EDPGPI

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

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分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #3: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#2 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6dvw

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 106947
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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