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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0748 | |||||||||
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タイトル | 298 K cryoEM structure of Sso-KARI in complex with Mg2+, NADH and CPD | |||||||||
![]() | Sso-KARI dodecameric enzyme in complex with Mg2 , NADH and CPD, and cryoEM sample was prepared at 298 K. | |||||||||
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![]() | Complex / ISOMERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
![]() | Chen CY / Chang YC / Lin BL / Huang CH / Tsai MD | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Temperature-Resolved Cryo-EM Uncovers Structural Bases of Temperature-Dependent Enzyme Functions. 著者: Chin-Yu Chen / Yuan-Chih Chang / Bo-Lin Lin / Chun-Hsiang Huang / Ming-Daw Tsai / ![]() 要旨: Protein functions are temperature-dependent, but protein structures are usually solved at a single (often low) temperature because of limitations on the conditions of crystal growth or protein ...Protein functions are temperature-dependent, but protein structures are usually solved at a single (often low) temperature because of limitations on the conditions of crystal growth or protein vitrification. Here we demonstrate the feasibility of solving cryo-EM structures of proteins vitrified at high temperatures, solve 12 structures of an archaeal ketol-acid reductoisomerase (KARI) vitrified at 4-70 °C, and show that structures of both the Mg form (KARI:2Mg) and its ternary complex (KARI:2Mg:NADH:inhibitor) are temperature-dependent in correlation with the temperature dependence of enzyme activity. Furthermore, structural analyses led to dissection of the induced-fit mechanism into ligand-induced and temperature-induced effects and to capture of temperature-resolved intermediates of the temperature-induced conformational change. The results also suggest that it is preferable to solve cryo-EM structures of protein complexes at functional temperatures. These studies should greatly expand the landscapes of protein structure-function relationships and enhance the mechanistic analysis of enzymatic functions. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 154 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 226.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6kpjMC ![]() 0740C ![]() 0742C ![]() 0743C ![]() 0746C ![]() 0747C ![]() 0749C ![]() 0750C ![]() 0751C ![]() 0752C ![]() 0753C ![]() 0754C ![]() 6kouC ![]() 6kpaC ![]() 6kpeC ![]() 6kphC ![]() 6kpiC ![]() 6kpkC ![]() 6kq4C ![]() 6kq8C ![]() 6kqjC ![]() 6kqkC ![]() 6kqoC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sso-KARI dodecameric enzyme in complex with Mg2 , NADH and CPD, and cryoEM sample was prepared at 298 K. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : KARI-Mg2+/NADH/CPD complex
全体 | 名称: KARI-Mg2+/NADH/CPD complex |
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要素 |
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-超分子 #1: KARI-Mg2+/NADH/CPD complex
超分子 | 名称: KARI-Mg2+/NADH/CPD complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Ketol-acid reductoisomerase
分子 | 名称: Ketol-acid reductoisomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 37.229855 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDKTVLDANL DPLKGKTIGV IGYGNQGRVQ ATIMRENGLN VIVGNVKDKY YELAKKEGFE VYEIDEAVRR SDVALLLIPD EVMKEVYEK KIAPVLQGKK EFVLDFASGY NVAFGLIRPP KSVDTIMVAP RMVGEGIMDL HKQGKGYPVL LGVKQDASGK A WDYAKAIA ...文字列: MDKTVLDANL DPLKGKTIGV IGYGNQGRVQ ATIMRENGLN VIVGNVKDKY YELAKKEGFE VYEIDEAVRR SDVALLLIPD EVMKEVYEK KIAPVLQGKK EFVLDFASGY NVAFGLIRPP KSVDTIMVAP RMVGEGIMDL HKQGKGYPVL LGVKQDASGK A WDYAKAIA KGIGAIPGGI AVISSFEEEA LLDLMSEHTW VPILFGAIKA CYDIAVKEYG VSPEAALLEF YASGELAEIA RL IAEEGIF NQMVHHSTTS QYGTLTRMFK YYDVVRRIVE NEAKYIWDGS FAKEWSLEQQ AGYPVFYRLW ELATQSEMAK AEK ELYKLL GRKVKND UniProtKB: ketol-acid reductoisomerase |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: NAI |
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分子量 | 理論値: 665.441 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAI: |
-分子 #4: cyclopropane-1,1-dicarboxylic acid
分子 | 名称: cyclopropane-1,1-dicarboxylic acid / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: 9TY |
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分子量 | 理論値: 130.099 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-9TY: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |