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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0640 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Csm-crRNA-target RNA ternary complex in complex with AMPPNP in type III-A CRISPR-Cas system | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | cryo-EM structure / Csm-crRNA-target RNA ternary complex in complex with AMPPNP / Type III CRISPR-Cas systerm / IMMUNE SYSTEM / immune system-rna complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermococcus onnurineus (古細菌) / Thermococcus onnurineus (strain NA1) (古細菌) / Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Jia N / Patel DJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019 タイトル: Second Messenger cA Formation within the Composite Csm1 Palm Pocket of Type III-A CRISPR-Cas Csm Complex and Its Release Path. 著者: Ning Jia / Roger Jones / George Sukenick / Dinshaw J Patel / 要旨: Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair ...Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair of Palm domain pockets of the Csm1 subunit. The generated cA second messenger in turn targets the CARF domain of trans-acting RNase Csm6, triggering its HEPN domain-based RNase activity. We have undertaken cryo-EM studies on multi-subunit Thermococcus onnurineus Csm effector ternary complexes, as well as X-ray studies on Csm1-Csm4 cassette, both bound to substrate (AMPPNP), intermediates (pppA), and products (cA), to decipher mechanistic aspects of cA formation and release. A network of intermolecular hydrogen bond alignments accounts for the observed adenosine specificity, with ligand positioning dictating formation of linear pppA intermediates and subsequent cA formation by cyclization. We combine our structural results with published functional studies to highlight mechanistic insights into the role of the Csm effector complex in mediating the cA signaling pathway. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0640.map.gz | 4.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0640-v30.xml emd-0640.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0640_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0640.png | 85.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0640.cif.gz | 6.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0640 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0640 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6o7eMC 0641C 0642C 6o73C 6o74C 6o75C 6o78C 6o79C 6o7bC 6o7dC 6o7hC 6o7iC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0640.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.089 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Csm-crRNA-target RNA complex
+超分子 #1: Csm-crRNA-target RNA complex
+分子 #1: Csm1
+分子 #2: Csm2
+分子 #3: Csm3
+分子 #4: Csm4
+分子 #7: Csm5
+分子 #5: RNA (38-MER)
+分子 #6: RNA (40-MER)
+分子 #8: ZINC ION
+分子 #9: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
+分子 #10: MANGANESE (II) ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.8 / 構成要素 - 式: Tris / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.8, 250 mM NaCl, 2 mM DTT |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.35 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |