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万見
- EMDB-0631: Structure of the TRPM8 cold receptor by single particle electron ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0631
タイトルStructure of the TRPM8 cold receptor by single particle electron cryo-microscopy, ligand-free state
マップデータTRPM8 cold receptor, apo state
試料
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion Channel / TRPM8
生物種Parus major (シジュウカラ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Diver MM / Cheng Y / Julius D
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35NS105038 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM098672 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10OD021741 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural insights into TRPM8 inhibition and desensitization.
著者: Melinda M Diver / Yifan Cheng / David Julius /
要旨: The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) ion channel is the primary detector of environmental cold and an important target for treating pathological cold hypersensitivity. Here, we ...The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) ion channel is the primary detector of environmental cold and an important target for treating pathological cold hypersensitivity. Here, we present cryo-electron microscopy structures of TRPM8 in ligand-free, antagonist-bound, or calcium-bound forms, revealing how robust conformational changes give rise to two nonconducting states, closed and desensitized. We describe a malleable ligand-binding pocket that accommodates drugs of diverse chemical structures, and we delineate the ion permeation pathway, including the contribution of lipids to pore architecture. Furthermore, we show that direct calcium binding mediates stimulus-evoked desensitization, clarifying this important mechanism of sensory adaptation. We observe large rearrangements within the S4-S5 linker that reposition the S1-S4 and pore domains relative to the TRP helix, leading us to propose a distinct model for modulation of TRPM8 and possibly other TRP channels.
履歴
登録2019年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月10日-
マップ公開2019年9月18日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6o6a
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0631.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TRPM8 cold receptor, apo state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 338.88 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 338.88 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 338.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.12500818 - 0.16042659
平均 (標準偏差)0.000092147566 (±0.004395858)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 338.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z338.880338.880338.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1250.1600.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

全体名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
要素
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

超分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Parus major (シジュウカラ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Parus major (シジュウカラ)
分子量理論値: 126.989797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GAMGSRHRRN GNFESSRLLY SSMSRSIDVA CSDADLANFI QENFKKRECV FFTKDTKSMG NLCKCGYPEN QHIEGTQVNT TEKWNYKKH TKELPTDAFG DIQFENLGKR GKYIRLSCDT DSETLYDLMT QHWHLKTPNL VISVTGGAKN FALKPRMRKI F SRLIYIAQ ...文字列:
GAMGSRHRRN GNFESSRLLY SSMSRSIDVA CSDADLANFI QENFKKRECV FFTKDTKSMG NLCKCGYPEN QHIEGTQVNT TEKWNYKKH TKELPTDAFG DIQFENLGKR GKYIRLSCDT DSETLYDLMT QHWHLKTPNL VISVTGGAKN FALKPRMRKI F SRLIYIAQ SKGAWIFTGG THYGLMKYIG EVVRDNTISR SSEENVVAIG IAAWGMISNR ETLIRTADSD GSFLARYIMD DL KRDPLYC LDNNHTHLLL VDNGTHGHPT TEAKVRTQLE KYISERVIPE SNYGGKIPIV CFAQGGGKET LKSINVAIKS KIP CVVVEG SGRIADVIAS LVEAEGTLAS SCVKESLLRF LPRTISRLSE EETESWIKWI KEVLESPHLL TVIKIEEAGD EIVS NAISF ALYKAFSTNE HDRDNWNGQL KLLLEWNQLD LASDEIFTND RNWESADLQD VMFTALVKDR PKFVRLFLEN GLNLR KFLT TEVLRELYTN NFSSLVFKNL QIAKNSYNDA LLTFVWKMVE DFRRGFKRDY KNSKDEMEIQ LSEECPITRH PLQALF IWS VLQNKKELSK VIWEQTRGCT LAALGASKLL KSMAKVKNDI NAAGESEELA NEYETRAVEL FTECYSNDED LAEQLLT YS CEAWGGSNCL ELAVEARDQQ FIAQPGVQNF LSKQWYGEIS RDTKNWKIIM CLFFFPLIGC GFISFRKKPV EKSKKLFL Y YVSFFTSPFV VFSWNVIFYI AFLLLFAYVL LMDFQKEPTA LEIILYVLVF VLLCDEVRQW YMNGSKYFSD LWNVMDTLA IFYFIAGIVF RLHSDESSWY SGRVIFCLDY IVFTLRLIHI FTVSRNLGPK IIMLQRMMID VFFFLFLFAV WMVAFGVARQ GILRKNEHR WEWIFRSVIY EPYLAMFGQY PDDIDGTTYN FDRCTFSGNE SKPLCVELDA NNQPRFPEWI TIPLVCIYML S TNILLVNL LVAMFGYTVG SVQENNDQVW KFQRFFLVQE YCSRLTIPFP FVIFAYIFMV MRKCFKCCCN KESKEPSICC SR NEDNEIL AWEAVMKENY LVKINTKAND SSEEMVHRFR QLDAKLSDLK GLLKEISSKI K

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 22500
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 18802
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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