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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0497 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of CFA/I pili | |||||||||
マップデータ | em-volume_P1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) / CFA/I pili / helical reconstruction / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | Fimbrial major subunit, CS1-type / CS1 type fimbrial major subunit / pilus / CFA/I fimbrial subunit B 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌) / ESCHERICHIA COLI ETEC O78:H12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng W / Andersson M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of the CFA/I pilus rod. 著者: Weili Zheng / Magnus Andersson / Narges Mortezaei / Esther Bullitt / Edward Egelman / 要旨: Enterotoxigenic (ETEC) are common agents of diarrhea for travelers and a major cause of mortality in children in developing countries. To attach to intestinal cells ETEC express colonization ...Enterotoxigenic (ETEC) are common agents of diarrhea for travelers and a major cause of mortality in children in developing countries. To attach to intestinal cells ETEC express colonization factors, among them CFA/I, which are the most prevalent factors and are the archetypical representative of class 5 pili. The helical quaternary structure of CFA/I can be unwound under tensile force and it has been shown that this mechanical property helps bacteria to withstand shear forces from fluid motion. We report in this work the CFA/I pilus structure at 4.3 Å resolution from electron cryomicroscopy (cryo-EM) data, and report details of the donor strand complementation. The CfaB pilins modeled into the cryo-EM map allow us to identify the buried surface area between subunits, and these regions are correlated to quaternary structural stability in class 5 and chaperone-usher pili. In addition, from the model built using the EM structure we also predicted that residue 13 (proline) of the N-terminal β-strand could have a major impact on the filament's structural stability. Therefore, we used optical tweezers to measure and compare the stability of the quaternary structure of wild type CFA/I and a point-mutated CFA/I with a propensity for unwinding. We found that pili with this mutated CFA/I require a lower force to unwind, supporting our hypothesis that Pro13 is important for structural stability. The high-resolution CFA/I pilus structure presented in this work and the analysis of structural stability will be useful for the development of novel antimicrobial drugs that target adhesion pili needed for initial attachment and sustained adhesion of ETEC. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0497.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0497-v30.xml emd-0497.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0497.png | 169.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0497.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0497 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0497_validation.pdf.gz | 458.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0497_full_validation.pdf.gz | 458.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0497_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0497_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0497 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6nrvMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10267 (タイトル: Cryo-EM reconstruction of CFA/I pili / Data size: 183.2 Data #1: motion-corrected micrographs of CFA/I pili [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | em-volume_P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) CFA/I pili
全体 | 名称: Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) CFA/I pili |
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要素 |
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-超分子 #1: Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) CFA/I pili
超分子 | 名称: Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) CFA/I pili / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌) |
-分子 #1: CFA/I fimbrial subunit B
分子 | 名称: CFA/I fimbrial subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ESCHERICHIA COLI ETEC O78:H12 (大腸菌) / 株: E7473 |
分子量 | 理論値: 14.968839 KDa |
配列 | 文字列: VEKNITVTAS VDPAIDLLQA DGNALPSAVK LAYSPASKTF ESYRVMTQVH TNDATKKVIV KLADTPQLTD VLNSTVQMPI SVSWGGQVL STTAKEFEAA ALGYSASGVN GVSSSQELVI SAAPKTAGTA PTAGNYSGVV SLVMTLG UniProtKB: CFA/I fimbrial subunit B |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.6 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 113.3 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 97295 |
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Segment selection | 選択した数: 117011 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 |
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: Featureless cylinder |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |