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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0443 | ||||||||||||
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タイトル | Vps4 with Cyclic Peptide Bound in the Central Pore | ||||||||||||
マップデータ | Vps4 with Cyclic Peptide Bound in the Central Pore | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Vps4 / ESCRT (ESCRT) / Vta1 / AAA ATPase / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN-PEPTIDE complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ESCRT IV complex / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / protein retention in Golgi apparatus / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / midbody abscission ...ESCRT IV complex / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / protein retention in Golgi apparatus / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / midbody abscission / vacuole organization / multivesicular body sorting pathway / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / multivesicular body assembly / reticulophagy / nucleus organization / endosomal transport / ATPase complex / autophagosome maturation / 核膜孔 / オートファジー / オートファジー / protein transport / midbody / エンドソーム / 小胞体 / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Han H / Fulcher JM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Structure of Vps4 with circular peptides and implications for translocation of two polypeptide chains by AAA+ ATPases. 著者: Han Han / James M Fulcher / Venkata P Dandey / Janet H Iwasa / Wesley I Sundquist / Michael S Kay / Peter S Shen / Christopher P Hill / 要旨: Many AAA+ ATPases form hexamers that unfold protein substrates by translocating them through their central pore. Multiple structures have shown how a helical assembly of subunits binds a single ...Many AAA+ ATPases form hexamers that unfold protein substrates by translocating them through their central pore. Multiple structures have shown how a helical assembly of subunits binds a single strand of substrate, and indicate that translocation results from the ATP-driven movement of subunits from one end of the helical assembly to the other end. To understand how more complex substrates are bound and translocated, we demonstrated that linear and cyclic versions of peptides bind to the AAA+ ATPase Vps4 with similar affinities, and determined cryo-EM structures of cyclic peptide complexes. The peptides bind in a hairpin conformation, with one primary strand equivalent to the single chain peptide ligands, while the second strand returns through the translocation pore without making intimate contacts with Vps4. These observations indicate a general mechanism by which AAA+ ATPases may translocate a variety of substrates that include extended chains, hairpins, and crosslinked polypeptide chains. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0443.map.gz | 5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0443-v30.xml emd-0443.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0443.png | 74.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0443.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0443 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0443 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Vps4 with Cyclic Peptide Bound in the Central Pore | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Vps4p-Cyclic Peptide complex
全体 | 名称: Vps4p-Cyclic Peptide complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Vps4p-Cyclic Peptide complex
超分子 | 名称: Vps4p-Cyclic Peptide complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 4
分子 | 名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 37.12075 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: QEEGEDNGGE DNKKLRGALS SAILSEKPNV KWEDVAGLEG AKEALKEAVI LPVKFPHLFK GNRKPTSGIL LYGPPGTGKS YLAKAVATE ANSTFFSVSS SDLVSKWMGE SEKLVKQLFA MARENKPSII FIDEVDALTG TRGEGESEAS RRIKTELLVQ M NGVGNDSQ ...文字列: QEEGEDNGGE DNKKLRGALS SAILSEKPNV KWEDVAGLEG AKEALKEAVI LPVKFPHLFK GNRKPTSGIL LYGPPGTGKS YLAKAVATE ANSTFFSVSS SDLVSKWMGE SEKLVKQLFA MARENKPSII FIDEVDALTG TRGEGESEAS RRIKTELLVQ M NGVGNDSQ GVLVLGATNI PWQLDSAIRR RFERRIYIPL PDLAARTTMF EINVGDTPCV LTKEDYRTLG AMTEGYSGSD IA VVVKDAL MQPIRKIQSA THFKDVSTED DETRKLTPCS PGDDGAIEMS WTDIEADELK EPDLTIKDFL KAIKSTRPTV NED DLLKQE QFTRDFGQEG N UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 4 |
-分子 #2: Designed Cyclic Peptide
分子 | 名称: Designed Cyclic Peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 2.66004 KDa |
配列 | 文字列: GGDEIVNKVL GGSSGG(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)GGKGCK |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子 | 名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: BEF |
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分子量 | 理論値: 66.007 Da |
Chemical component information | ChemComp-BEF: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: SPOTITON |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-50 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.5336 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 237480 |