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万見
- EMDB-0205: Cryo-EM structure of the hydrazine dehydrogenase from Kuenia stut... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0205
タイトルCryo-EM structure of the hydrazine dehydrogenase from Kuenia stuttgartiensis in the octameric state
マップデータ
試料
  • 複合体: Hydrazine dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Hydrazine dehydrogenase
生物種Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Parey K / Barends TRM / Prinz S / Mohd A / Dietl A
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: A 192-heme electron transfer network in the hydrazine dehydrogenase complex.
著者: M Akram / A Dietl / U Mersdorf / S Prinz / W Maalcke / J Keltjens / C Ferousi / N M de Almeida / J Reimann / B Kartal / M S M Jetten / K Parey / T R M Barends /
要旨: Anaerobic ammonium oxidation (anammox) is a major process in the biogeochemical nitrogen cycle in which nitrite and ammonium are converted to dinitrogen gas and water through the highly reactive ...Anaerobic ammonium oxidation (anammox) is a major process in the biogeochemical nitrogen cycle in which nitrite and ammonium are converted to dinitrogen gas and water through the highly reactive intermediate hydrazine. So far, it is unknown how anammox organisms convert the toxic hydrazine into nitrogen and harvest the extremely low potential electrons (-750 mV) released in this process. We report the crystal structure and cryo electron microscopy structures of the responsible enzyme, hydrazine dehydrogenase, which is a 1.7 MDa multiprotein complex containing an extended electron transfer network of 192 heme groups spanning the entire complex. This unique molecular arrangement suggests a way in which the protein stores and releases the electrons obtained from hydrazine conversion, the final step in the globally important anammox process.
履歴
登録2018年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月5日-
マップ公開2019年4月10日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0205.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0205.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 350 pix.
= 381.5 Å		1.09 Å/pix.
x 350 pix.
= 381.5 Å		1.09 Å/pix.
x 350 pix.
= 381.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.033 / ムービー #1: 0.033
最小 - 最大-0.040386546 - 0.1987661
平均 (標準偏差)0.0012390238 (±0.008599118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 381.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.500381.500381.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.0400.1990.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hydrazine dehydrogenase

全体名称: Hydrazine dehydrogenase
要素
  • 複合体: Hydrazine dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Hydrazine dehydrogenase

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超分子 #1: Hydrazine dehydrogenase

超分子名称: Hydrazine dehydrogenase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
分子量理論値: 1.6 MDa

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分子 #1: Hydrazine dehydrogenase

分子名称: Hydrazine dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: hydrazine dehydrogenase
由来(天然)生物種: Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
配列文字列: MRKFLKVTLA SALIGCGVIG TVSSLMVKEA KAVEIITHWV PHEVYGMPGE PDNSGKVFFS GLKAKYMGY PKDAQRSPYP GKYSKFWKTL PAYRYYIPDY MYNRDEVRPS NPIKGTFKLE Q CVACHSVM TPGIVRDYNK SAHSKAEPAP TGCDTCHGNN HQKLTMPSSK ...文字列:
MRKFLKVTLA SALIGCGVIG TVSSLMVKEA KAVEIITHWV PHEVYGMPGE PDNSGKVFFS GLKAKYMGY PKDAQRSPYP GKYSKFWKTL PAYRYYIPDY MYNRDEVRPS NPIKGTFKLE Q CVACHSVM TPGIVRDYNK SAHSKAEPAP TGCDTCHGNN HQKLTMPSSK ACGTAECHET QY NEQGQGG IGSHASCSSF AQVECAWSIE RPPGDTAGCT FCHTSPEERC STCHQRHQFD PAV ARRSEQ CKTCHWGKDH RDWEAYDIGL HGTVYQVNKW DTEQFDFSKK LSDADYVGPT CQYC HMRGG HHNVQRASIV YTSMGMSMAD RGAPLWKEKR DRWVSICDDC HSPRFARENL QAMDE SVKD ASLKYRETFK VAEDLLIDGV LDPMPKDLCP DWSGQHIWSL KIGAYHDGEA YGGTTG ESG EFRMSNCTDV ERLCFESVGY FQTYIYKGMA HGSWNDATYS DGSFGMDRWL VNVKQNA SR ARRLAALEKK VGISWQPEQF WKTGEWLDQL TGPYIVKNHP GKTIFDLCPD PGWLDTHH A PAEEVEYIER KLKELGITAG SHSAHHHESG HDPAARSMKE H

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 25.0 mM / 構成要素 - 式: HEPES / 詳細: 25 mM HEPES/KOH, pH 7.5, 25 mM KCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Glutaraldehyde cross-linked particles

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 452 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 45872 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.75 µm / 倍率（公称値）: 200000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10332
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 4235
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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