[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトル DEV phage exploits the essential LptD outer membrane protein as receptor for adsorption.
ジャーナル・号・ページmBio, Vol. 17, Issue 2, Page e0356125, Year 2026
掲載日2026年2月11日
著者Jimena Nieto Noblecia / Nathan F Bellis / Cristian A Antichi / Shirin Aminian / Francesca Forti / Federica A Falchi / Davide Sposato / Francesco Imperi / Gino Cingolani / Federica Briani /
PubMed 要旨 bacteriophage (phage) DEV is a podovirus of the family, related to the prototypical phage N4. N4 uses the novel glycan receptor (NGR) surface glycan, presumably bound by the gp66 appendages, and ... bacteriophage (phage) DEV is a podovirus of the family, related to the prototypical phage N4. N4 uses the novel glycan receptor (NGR) surface glycan, presumably bound by the gp66 appendages, and the NGR transporter NfrA, recognized by the phage gp65 tail sheath, as receptors for adsorption. In contrast, DEV relies on the O-antigen moiety of lipopolysaccharide (LPS) as the primary receptor recognized by the gp53 long tail fibers. However, DEV can infect deep-rough strains that lack the O-antigen moiety by using another, still unknown receptor. Here, we provide evidence that the essential LPS transporter LptD serves as the DEV secondary receptor and that DEV gp54 is its cognate receptor-binding protein. gp54 is encoded within the essential operon, which also includes , the short tail fiber gene. Using cryogenic electron microscopy, AlphaFold modeling, and genetic analysis, we show that DEV gp56, gp55, and gp54 assemble into a receptor-binding fiber (RBF) positioned laterally to a previously uncharacterized tail plug protein, gp74. The DEV RBF is functionally equivalent to the N4 sheath protein gp65, which associates with the tail plug gp53. Thus, DEV and N4 both use a glycan and its surface-exposing transporter as receptors for adsorption. To our knowledge, this is the first example of a phage using an essential outer membrane protein as a receptor, with implications for phage therapy.
IMPORTANCE: phage DEV uses the O-antigen of lipopolysaccharide as its primary receptor. In this study, we found that LptD, an essential and highly conserved outer membrane protein, serves as the secondary receptor for DEV. This interaction is mediated by a specialized receptor-binding fiber composed of the DEV proteins , , and . We posit that the genes form a functional module, possibly disseminated via horizontal gene transfer among distantly related phages, involved in tail sealing and the regulated unplugging of the tail upon interaction with the bacterial receptor. Given the high conservation of receptor-binding proteins among phages in the DEV genus, we anticipate that other members of this genus may also use LptD as their receptor. Since are actively explored for phage therapy, insights into the interaction between DEV and its receptors could help develop more effective and targeted phage-based treatments.
リンクmBio / PubMed:41568963 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 8.5 Å
構造データ

74075

9zdw

EMDB-74075, PDB-9zdw:
Pseudomonas phage DEV delta-gp53 mutant neck and tail (portal, head-to-tail and tail tube proteins)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

74091

9ze4

EMDB-74091, PDB-9ze4:
Asymmetric Tail Gating Complex of Pseudomonas Phage DEV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

由来
  • pseudomonas phage vb_paep_dev (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN / bacteriophage / virus / receptor-binding protein

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る