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タイトルMechanisms of HSV-1 helicase-primase inhibition and replication fork complex assembly.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 189, Issue 2, Page 478-494.e18, Year 2026
掲載日2026年1月22日
著者Zishuo Yu / Pradeep Sathyanarayana / Cong Liu / Joel M J Tan / Pan Yang / Biswajit Das / Side Hu / Xiaoyi Fan / Chenggong Ji / Sandra K Weller / Mrinal Shekhar / Donald M Coen / Philip J Kranzusch / Joseph J Loparo / Jonathan Abraham /
PubMed 要旨Herpesviruses are widespread double-stranded DNA viruses that establish lifelong latency and cause various diseases. Although DNA-polymerase-targeting antivirals are effective, increasing drug ...Herpesviruses are widespread double-stranded DNA viruses that establish lifelong latency and cause various diseases. Although DNA-polymerase-targeting antivirals are effective, increasing drug resistance underscores the need for alternatives. Helicase-primase inhibitors (HPIs) are promising antivirals, but their mechanisms of action are poorly defined. Furthermore, how the helicase-primase (H/P) complex and DNA polymerase coordinate genome replication is not well understood for herpesviruses. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the herpes simplex virus 1 H/P complex bound to HPIs, showing that these lock the H/P complex in an inactive state. Single-molecule assays reveal that HPIs cause H/P complexes to pause in unwinding activity on DNA. The structure of an HPI-bound replication fork complex, comprising the H/P complex (UL5, UL52, and UL8) and the polymerase holoenzyme (UL30 and UL42), reveals a previously uncharacterized interface bridging these complexes. These findings provide a structural framework for understanding herpesvirus replisome assembly and advancing inhibitor development.
リンクCell / PubMed:41468884 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.55 - 6.6 Å
構造データ

EMDB-72754: Local refinement of HSV UL5 in HSV replication fork complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-72755: Local refinement of HSV UL30 in HSV replication fork complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-72757: Low resolution map of HSV replication fork complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-72758: Local refinement of interface of HSV UL5 and UL30 in the replication fork
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-72764, PDB-9yc9:
HSV replication fork complex bound to pritelivir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-72780: Local refinement of HSV UL5 in IM-250 bound H/P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-72781, PDB-9ycp:
HSV Helicase-primase complex bound to IM-250
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-72784: Local refinment of HSV UL5 in pritelivir-bound H/P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

EMDB-72785: Local refinement of HSV UL8 in pritelivir-bound H/P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-72786, PDB-9yct:
HSV helicase-primase complex bound to pritelivir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-72787: Local refinement of HSV UL5 in amenamevir-bound H/P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.55 Å

EMDB-72788: Local refinement of HSV UL8 in amenamevir-bound H/P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-72789, PDB-9ycv:
HSV Helicase-primase complex bound to amenamevir
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

PDB-1bxb:
XYLOSE ISOMERASE FROM THERMUS THERMOPHILUS

PDB-1bxd:
NMR STRUCTURE OF THE HISTIDINE KINASE DOMAIN OF THE E. COLI OSMOSENSOR ENVZ

由来
  • human alphaherpesvirus 1 strain r-15 (ヘルペスウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / HSV / replisome / replication / helicase-primase complex / helicase-primase / pritelivir / HPI

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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