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Structure paper

タイトルLocking Spike Domain 0 Conformation Impairs Fusion and Neutralizes Porcine Epidemic Diarrhea Virus
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2025年11月13日 (構造データの登録日)
著者Wang S / Liu JB / Wang JJ / Su MZ / Li ZM / Wang ZC / Ma Y / Li Y / Liu BH / Zou JH ...Wang S / Liu JB / Wang JJ / Su MZ / Li ZM / Wang ZC / Ma Y / Li Y / Liu BH / Zou JH / Zhu XR / Habib G / Cheng YQ / Li HY / Zhou M / Li M / Liu YT / He J / Xiao SB / Li WT / Chen XW / Zhou HB / Xiong XL
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手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 3.8 Å
構造データ

67062

9xnx

EMDB-67062, PDB-9xnx:
Focus refinement of PEDV HNXX spike monomer with D0 up
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

67063

9xny

EMDB-67063, PDB-9xny:
Focus refinement of PEDV HNXX spike monomer with D0 down in complex with N19 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

67066

9xo1

EMDB-67066, PDB-9xo1:
PEDV HNXX spike trimer with two D0 down in complex with two N19 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

67067

9xo2

EMDB-67067, PDB-9xo2:
PEDV HNXX spike trimer with one D0 Down in complex with one N19 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

67068

9xo3

EMDB-67068, PDB-9xo3:
PEDV HNXX spike trimer with one D0 down
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

67069

9xo4

EMDB-67069, PDB-9xo4:
PEDV HNXX spike trimer with two D0 down
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

67070

9xo5

EMDB-67070, PDB-9xo5:
PEDV HNXX S trimer with three D0 down
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

82402

43yy

EMDB-82402, PDB-43yy:
Cryo-EM structure of N19 Fab : D0D-S1A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID

由来
  • porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / N19 Fab / D0D-S1A / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN / PEDV-S protein / Antibody Fab fragment / Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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