[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis for the transport mechanism and cholesterol modulation of the human proline transporter.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年5月6日
著者Yue Zhou / Ningqin Wang / Jiaqi Wang / Xinrui Meng / Jing-Xiang Wu /
PubMed 要旨L-proline, an amino acid, acts as a potent neuromodulator in the central nervous system, with its synaptic concentrations finely regulated by the high-affinity L-proline transporter (PROT). ...L-proline, an amino acid, acts as a potent neuromodulator in the central nervous system, with its synaptic concentrations finely regulated by the high-affinity L-proline transporter (PROT). Dysregulation of PROT function is implicated in neuropsychiatric disorders, yet its regulatory mechanisms remain poorly characterized. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of human PROT in L-proline-free consensus and L-proline-bound states. The L-proline-bound structure reveals an occluded conformation, detailing the coordination of substrate and ions. Strikingly, our L-proline-free consensus structures capture an inward-open conformation with a cholesterol molecule bound directly within the substrate-binding site. Transport kinetics studies demonstrate that partial cholesterol depletion increases PROT's apparent affinity for L-proline, confirming that cholesterol inhibits L-proline uptake. Furthermore, we identify a conformationally sensitive site (CHOL1') present only in the inward-open conformation. This work elucidates PROT's transport cycle and demonstrates how cholesterol directly modulates neurotransmitter uptake, offering potential therapeutic strategies for brain disorders.
リンクNat Commun / PubMed:42091899 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.57 - 3.01 Å
構造データ

EMDB-66096, PDB-9wml:
Structural mechanism of substrate binding of the human Proline Transporter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

EMDB-66097, PDB-9wmm:
Structure of the cholesterol-bound human proline transporter purified in DDM/CHS buffer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-66098, PDB-9wmn:
Structure of the apo-state human proline transporter purified in DDM/CHS buffer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-66099, PDB-9wmo:
Structure of the apo-state human proline transporter purified in DDM buffer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

EMDB-66100, PDB-9wmp:
Structure of the cholesterol-bound human proline transporter purified in DDM buffer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-66332, PDB-9wx7:
Structure of the L-proline-free human proline transporter purified in DDM/CHS buffer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

EMDB-66339, PDB-9wx9:
Structure of the L-proline-free human proline transporter purified in DDM buffer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry

ChemComp-8LJ:
(2S)-2,3-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / L-PROLINE / human proline transporter purified / 12 transmembrane helices

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る