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タイトルCryo-EM structures of prevalent gut phage PD491P1 uncover extensive disulfide stabilization and distinct structural adaptations.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 34, Issue 6, Page 942-954.e2, Year 2026
掲載日2026年6月4日
著者Can Cai / Aohan Wang / Qianqian Shao / Jieqiong Zhang / Yueting Wang / Hongli Hu / Ke Yuan / Lin Li / Xiaofang Wang / Qianglin Fang / Yingfei Ma /
PubMed 要旨Bacteriophages play crucial roles in modulating the human gut microbiome, yet structural characterization of prevalent gut phages remains limited. Here, we present high-resolution cryo-EM structures ...Bacteriophages play crucial roles in modulating the human gut microbiome, yet structural characterization of prevalent gut phages remains limited. Here, we present high-resolution cryo-EM structures of Parabacteroides phage PD491P1, which is one of the most abundant bacteriophages in the human gut. The structures reveal its mature virion organization, including the capsid, head-to-tail interface, and tail tip regions. Strikingly, PD491P1 exhibits an exceptionally extensive disulfide bond network that covalently stabilizes nearly the entire virion. Unique structural features include an elaborate portal-adaptor-terminator interface and distinctive, upward-pointing and flexible tail fibers with multiple putative host recognition domains. These structural adaptations may enable phage PD491P1 to achieve survival and robust infection in the challenging gut environment. These findings expand our understanding of gut phage structural diversity, reveal mechanistic insights into phage stability and infection, and provide a foundation for future development of phage-based microbiome therapeutics.
リンクStructure / PubMed:42086047
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 4.5 Å
構造データ

66305

9ww9

EMDB-66305, PDB-9ww9:
Cryo-EM Structure of Parabacteroide phage PD491P1 Capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

66306

9wwa

EMDB-66306, PDB-9wwa:
Cryo-EM Structure of Parabacteroide phage PD491P1 head-to-tail interface
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

66307

9wwb

EMDB-66307, PDB-9wwb:
Cryo-EM structure of the tail tip region of Parabacteroide phage PD491P1 (imposed with C6 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

66308

9wwc

EMDB-66308, PDB-9wwc:
Cryo-EM structure of the tail tip region of Parabacteroide phage PD491P1 (imposed with C3 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

由来
  • parabacteroides phage pd491p1 (ファージ)
キーワードVIRUS / capsid / Parabacteroides phage / VIRAL PROTEIN / neck / tail / Parabacteroide phage / tail tube / hub / distal tail protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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