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Structure paper

タイトルStructural insight into the assembly and D antigenicity of polio type 1 stabilized virus-like particles.
ジャーナル・号・ページNPJ Vaccines, Vol. 11, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年2月24日
著者Qin Hong / Tian Chen / Wenyu Han / Shuxia Wang / Chaoyang Lian / Yujie Zhang / Lizhu Ruan / Tingfeng Wang / Cheng Lin / Congcong Song / Qingwei Liu / Xiaoli Wang / Yao Cong / Zhong Huang /
PubMed 要旨The inherent instability of poliovirus capsids presents a formidable challenge for developing next-generation vaccines suitable for a post-eradication world. Here, we address this by engineering a ...The inherent instability of poliovirus capsids presents a formidable challenge for developing next-generation vaccines suitable for a post-eradication world. Here, we address this by engineering a thermally stabilized virus-like particle (sVLP) derived from the poliovirus serotype 1 (PV1) Mahoney-SC7 mutant and elucidating its atomic-level structure. Produced at remarkably high yields in Pichia pastoris yeast, our engineered sVLP maintains a native, D-antigenic conformation and elicits a potent neutralizing antibody response in mice, in sharp contrast to unstable wild-type VLP (wtVLP) which adopts an expanded, non-immunogenic form. Our 2.43 Å resolution cryo-EM structure reveals precisely how seven stabilizing mutations cooperatively enhance inter-protomer contacts and rigidify surface loops to lock the particle in its immunogenic state. We further define a critical D-antigenic epitope by determining the 2.60 Å structure of the sVLP in complex with a novel D-antigen-specific, neutralizing monoclonal antibody, 3G10, elucidating the structural mechanisms of D-antigen recognition and virus neutralization by 3G10. These findings provide a definitive structural blueprint for engineering stable, immunogenic vaccines for PVs and other enteroviruses and also deliver a vital reagent for ensuring vaccine quality control.
リンクNPJ Vaccines / PubMed:41735326 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.43 - 2.95 Å
構造データ

65817

9wag

EMDB-65817, PDB-9wag:
Yeast-expressed polio type 1 expanded virus-like particles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

65818

9wah

EMDB-65818, PDB-9wah:
Yeast-expressed polio type 1 stabilized virus-like particles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.43 Å

65819

9wai

EMDB-65819, PDB-9wai:
Yeast-expressed polio type 1 stablized virus-like particles with 3G10 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • poliovirus 1 (ポリオウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Poliovirus type 1 / virus-like particles / expanded state / VIRAL PROTEIN / compact state / VIRUS LIKE PARTICLE/IMMUNE SYSTEM / antibody / VIRUS LIKE PARTICLE-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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