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タイトルDynamic structures of dengue virus serotype 2 secreted NS1 and their interactions with heparan sulfate.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年4月15日
著者Qunfei Zhou / Thiam-Seng Ng / G Suthershinii / Aaron Wai Kit Tan / Victor A Kostyuchenko / Guntur Fibriansah / Shee-Mei Lok /
PubMed 要旨Dengue secreted non-structural protein 1 (sNS1) contributes to the vascular permeability symptom of severe dengue hemorrhagic fever. Previous flavivirus sNS1 structures suggest that they ...Dengue secreted non-structural protein 1 (sNS1) contributes to the vascular permeability symptom of severe dengue hemorrhagic fever. Previous flavivirus sNS1 structures suggest that they predominantly exist as loose tetramers. Here, we report two stable tetramer structures (3.1-3.6 Å) together with loose tetramers. Formation of the stable tetramers involves a dramatic rearrangement of their N-terminal regions compared to the loose tetramers. We observe a higher molecular weight complex (HMWC) comprising dimeric sNS1 and heat shock proteins, which exhibits much lower endothelial hyperpermeability activity than the tetramer-enriched samples. We also determine high-resolution structures of the sNS1 complex with heparin, an analogue of the attachment factor heparan sulfate, showing that heparin binds to a conserved basic groove on the outer surface of the dimer, at the intra-dimer interface. Pre-incubation of sNS1 with heparin reduces its endothelial hyperpermeability activity. Our findings provide important structural information for future sNS1-based drug or vaccine design.
リンクNat Commun / PubMed:41986350 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.12 - 6.1 Å
構造データ

65558

9w1x

EMDB-65558, PDB-9w1x:
DENV2 non-structural protein 1 (NS1) Loose Tetramer Conformation 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

65559

9w1y

EMDB-65559, PDB-9w1y:
DENV2 non-structural protein 1 (NS1) with C-terminal mVenus Conformation 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

65560

9w1z

EMDB-65560, PDB-9w1z:
DENV2 non-structural protein 1 (NS1) Stable Tetramer Conformation 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

65561

9w20

EMDB-65561, PDB-9w20:
DENV2 non-structural protein 1 (NS1) Stable Tetramer Conformation 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

65562

9w21

EMDB-65562, PDB-9w21:
DENV2 non-structural protein 1 (NS1) Loose Tetramer Conformation 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

65563

9w22

EMDB-65563, PDB-9w22:
DENV2 non-structural protein 1 (NS1) Dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

65564

9w23

EMDB-65564, PDB-9w23:
DENV2 non-structural protein 1 (NS1) Stable Tetramer complexed with Heparin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

65565

9w24

EMDB-65565, PDB-9w24:
DENV2 non-structural protein 1 (NS1) with C-terminal mVenus fusion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

65566

9w25

EMDB-65566, PDB-9w25:
DENV2 non-structural protein 1 (NS1) with C-terminal mVenus Conformation 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

由来
  • dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
  • aequorea victoria (オワンクラゲ)
キーワードVIRAL PROTEIN / Dengue virus; non-structural protein 1; flavivirus; NS1 / Dengue virus; non-structural protein 1; flavivirus; mVenus / Dengue virus; non-structural protein 1; NS1; flavivirus / Dengue virus; non-structural protein 1; recombinant; dimer / Dengue virus; non-structural protein 1; flavivirus; heparin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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