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Structure paper

タイトルThe Mycobacterium abscessus F-ATP synthase structure reveals mechanistic elements enabling rational drug design to combat NTM lung disease.
ジャーナル・号・ページStructure, Year 2025
掲載日2025年12月30日
著者Tuck Choy Fong / Wuan-Geok Saw / Vikneswaran Mathiyazakan / Chui Fann Wong / Gerhard Grüber /
PubMed 要旨The increasing global incidence rate of nontuberculous mycobacteria pulmonary infections is an emerging public health crisis, with Mycobacterium abscessus (Mab) being one of the most virulent and ...The increasing global incidence rate of nontuberculous mycobacteria pulmonary infections is an emerging public health crisis, with Mycobacterium abscessus (Mab) being one of the most virulent and treatment-refractory of these pathogens. Mab exhibits extensive intrinsic and acquired drug resistance mechanisms that neutralize most antimicrobials against this pathogen, causing a clinical conundrum. As Mab relies on oxidative phosphorylation as its main energy source, its essential F-ATP synthase is a promising drug target but remains poorly understood due to a lack of host expression systems. Here, we present the expression, isolation, and structural characterization of Mab's F-ATP synthase. Cryo-EM reveals three nucleotide-driven rotational states at atomic resolution, highlighting key catalytic centers, a mycobacteria-specific α-subunit extension involved in the inhibition of ATP hydrolysis, energy transmission via the γε-stalk, and mechanochemical coupling by the δ-subunit. The structural blueprint allows precise target engagement and optimization of hits-to-leads and existing anti-Mab inhibitors targeting the engine.
リンクStructure / PubMed:41475343
手法EM (単粒子)
解像度2.79 - 5.61 Å
構造データ

65138

9vkp

EMDB-65138, PDB-9vkp:
Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycobacteroides abscessus (Rotational State 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

65139

9vkq

EMDB-65139, PDB-9vkq:
Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycobacteroides abscessus (Rotational State 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

65140

9vkr

EMDB-65140, PDB-9vkr:
Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycobacteroides abscessus (Rotational State 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

65141

9vks

EMDB-65141, PDB-9vks:
Cryo-EM structure of F-ATP synthase c-ring from Mycobacteroides abscessus (Backbone)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.61 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • mycobacteroides abscessus subsp. abscessus (バクテリア)
キーワードHYDROLASE / ATP synthase / membrane protein / mycobacterium abscessus / mycobacterial / nontuberculous mycobacteria / c-ring

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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