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タイトルCryo-EM structure of the Rift Valley fever virus envelope protein in complex with a potent neutralization antibody.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 51, Page e2514862122, Year 2025
掲載日2025年12月23日
著者Linjing Zhang / Kaiwen Meng / Ye Xiang /
PubMed 要旨Entry of Rift Valley fever virus (RVFV) into host cells is mediated by the viral glycoproteins Gn and Gc. Structural details and assembly mechanism of Gn and Gc on the surface of RVFV remain unclear. ...Entry of Rift Valley fever virus (RVFV) into host cells is mediated by the viral glycoproteins Gn and Gc. Structural details and assembly mechanism of Gn and Gc on the surface of RVFV remain unclear. Here, we stabilized the GnGc with the neutralizing monoclonal antibody RVFV-140 and determined a near-atomic resolution structure of the GnGc hexamer in complex with the fragment antigen binding (Fab) domain of RVFV-140 (Fab140). Our structure showed that RVFV-140 recognizes a ternary epitope and crosslinks two adjacent Gn heads within the hexamer, thus preventing the prefusion to postfusion transition of the glycoproteins. The intraglycoprotein and interglycoprotein interactions within the GnGc hexamer involve van der Waals forces and hydrogen bonds, which are mainly located between Gn heads, and Gn domain C and Gc domain III. Assembly of the GnGc hexamer requires dramatic conformational changes in the loops L231-L244, D280-Q286, Q380-D386, and A427-Y429 of Gn and the hinge region between domains I and II of Gc. The construction of viral capsomeres with the hexameric structure of recombinant GnGc shows that the capsomeres interact primarily through residues 693 to 713 in domain I of Gc. These interactions vary depending on the local environment of each capsomere.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:41401007 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.4 Å
構造データ

64803

9v6n

EMDB-64803, PDB-9v6n:
Block based reconstruction of RVFV GnGc-Fab140 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

64805

9v6r

EMDB-64805, PDB-9v6r:
Hexameric RVFV GnGc-Fab140 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / RVFV / block based reconstruction / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / complex / hexamer / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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