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タイトルThree cryo-EM structures of complement C3d-bound alpha M beta 2 reveal an unexpected layer of dynamics for alpha I-containing integrin receptors.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Page eaea7241-eaea7241, Year 2026
掲載日2024年8月29日 (構造データの登録日)
著者Josefine Lorentzen / Marlene Uglebjerg Fruergaard / Szilvia Lukácsi / Martin Høgholm Jørgensen / Timo Lambertus Gerardus van Veghel / Rasmus Kjeldsen Jensen / Krzysztof Jakub Pietrzak-Lichwa / Zsuzsa Bajtay / Václav Hořejší / Rasmus Kock Flygaard / Daan Vorselen / Simon Arnold Mortensen / Gregers Rom Andersen /
PubMed 要旨Integrins are heterodimeric membrane proteins acting as mechanosensing receptors. Nine human α-subunits contain a ligand binding αI domain, but how ligands activate αI integrins are not understood. ...Integrins are heterodimeric membrane proteins acting as mechanosensing receptors. Nine human α-subunits contain a ligand binding αI domain, but how ligands activate αI integrins are not understood. We present cryo-EM structures of the αI integrin αβ in complex with the C3d ligand. The ligand-bound αI domain appears to have two major opposite orientations relative to the β subunit. Ligand binding induces an ordered conformation of the α internal ligand region that is tightly packed between the α β-propeller and the β βI-domain. Recognition of the internal ligand induces an open βI conformation practically identical to that of ligand-bound αI-less integrins confirming that ligand binding and signaling are coupled by a universal mechanism across all integrins. Integration of our findings with prior data allows us to propose a model for C3dg/iC3b-bound αβ in the phagocytotic cup and outline mechanistic models for external ligand-induced activation of αβ.
リンクSci Adv / PubMed:42102216 / PubMed Central
手法X線回折 / EM (単粒子)
解像度2.17 - 3.94 Å
構造データ

PDB-9gmu:
Structure ofhuman aM ligand binding domain in complex with the aCR3 nanobody
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.8 Å

PDB-9hll:
murine aM I-domain in complex with nanobody aCR3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.17 Å

PDB-9rm9:
Cryo-EM structure of alphaM/beta2 headpiece complex without alphaM I-domain - the consensus map from alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 2.6 Å

PDB-9rma:
Cryo-EM structure of alphaM I-domain:C3d-anti-CR3-Nb complex focused refinement from the alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 3.94 Å

PDB-9t3y:
Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO2 3D class reconstruction)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 3.44 Å

PDB-9t5v:
Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO1 3D class reconstruction)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 3.06 Å

PDB-9t5w:
Cryo-EM structure of mutant R61H alphaM/beta2 headpiece complex
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 2.74 Å

PDB-9t5z:
Cryo-EM structure of alphaM/beta2:MEM148-Fab headpiece complex (without alphaM I-domain)
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-MN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードIMMUNE SYSTEM / integrin receptor / ligand binding domain / antibody / VHH / complement / phagocytosis / integrin / opsonisation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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