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Structure paper

タイトルStructural elucidation of the hexameric MmpS4-MmpL4 complex from .
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2026
掲載日2026年1月7日
著者Jennifer C Earp / Nicolas P Lichti / Alisa A Garaeva / Virginia Meikle / Michael Niederweis / Markus A Seeger /
PubMed 要旨 contains thirteen Mycobacterial membrane protein Large (MmpL) transporters, which belong to the family of secondary active RND transporters. MmpL4 and MmpL5, together with their operon partners ... contains thirteen Mycobacterial membrane protein Large (MmpL) transporters, which belong to the family of secondary active RND transporters. MmpL4 and MmpL5, together with their operon partners MmpS4 and MmpS5, export the mycobacterial siderophore mycobactin and the last resort TB drug bedaquiline. Recently, we determined a structure of the MmpL4 monomer in complex with desferrated mycobactin, which lacked a functionally essential coiled-coil domain predicted to extend far into the periplasm. Here, we present a cryo-EM structure of the hexameric (MmpS4)-(MmpL4) complex, which was enabled by rational disulfide cross-links based on AlphaFold predictions. We observed density for the coiled-coil domain, which protrudes into the periplasmic space at an angle of around 60° relative to the symmetry axis of the MmpL4 trimer. In the context of the hexameric complex, MmpL4's conformation differs strikingly from the one observed for monomeric MmpL4, which includes formation of a large cavity in the periplasmic domain and rearrangements of conserved proton coupling residues at the transmembrane domain. Our work provides an experimental workflow to obtain single particle cryo-EM structures of labile multiprotein complexes by AlphaFold-informed stabilization of predicted protein interfaces.
リンクbioRxiv / PubMed:41542548 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.22 Å
構造データ

55350

9syj

EMDB-55350, PDB-9syj:
Asymmetric hexameric MmpS4-MmpL4 complex from Mycobacterium tuberculosis with "short" coiled-coil domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

55353

9syt

EMDB-55353, PDB-9syt:
Asymmetric hexameric MmpS4-MmpL4 complex from Mycobacterium tuberculosis with "long" coiled-coil domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

55355

9syv

EMDB-55355, PDB-9syv:
Symmetric hexameric MmpS4-MmpL4 complex from Mycobacterium tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

化合物

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RND superfamily / MmpL family / siderophore export / drug resistance

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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