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Structure paper

タイトルStructure and mechanism of antiphage retron Eco2.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 33, Issue 2, Page 330-340, Year 2026
掲載日2026年2月18日
著者M Jasnauskaitė / J Juozapaitis / T Liegutė / R Grigaitis / A Skorupskaitė / W Steinchen / A Mikšys / L Truncaitė / K Kazlauskaitė / M F Torres Jiménez / S Khochare / G Dudas / G Bange / L Malinauskaitė / I Songailienė / P Pausch /
PubMed 要旨Retrons are prokaryotic reverse transcriptase systems that produce multicopy single-stranded DNA (msDNA), yet the principles by which they mediate antiviral defense remain largely unresolved. Here we ...Retrons are prokaryotic reverse transcriptase systems that produce multicopy single-stranded DNA (msDNA), yet the principles by which they mediate antiviral defense remain largely unresolved. Here we investigate the mechanism of Escherichia coli Eco2, a minimal retron composed of a single reverse transcriptase-nuclease fusion protein. Cryogenic electron microscopy and hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry reveal the structures and dynamics of a trimeric nucleoprotein complex assembled within a branched msDNA scaffold, which cages the TOPRIM nucleases. We show that the phage-encoded endonuclease DenB initiates msDNA degradation, thereby unblocking the nuclease active sites. Activated Eco2 cuts transfer RNAs, resulting in translational shutdown for antiphage defense. We further identify ribosomal protein S1 as a putative RNA chaperone that associates with the msDNA precursor. These findings provide insights into the molecular mechanisms of minimal retrons and establish a structural basis for engineering of Eco2.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:41709047 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.0 Å
構造データ

52583

9i2f

EMDB-52583, PDB-9i2f:
Cryo-EM structure of retron Eco2 (Ec67)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

52584

9i2g

EMDB-52584, PDB-9i2g:
Cryo-EM structure of retron Eco2 (Ec67) in presence of Mg ions
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

54448

9s1f

EMDB-54448, PDB-9s1f:
Cryo-EM structure of activated retron Eco2 (Ec67)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli nctc 86 (大腸菌)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Retron / Reverse transcriptase / DNA / RNA / TOPRIM / RNaseH / msDNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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