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タイトルStructure of the MIWI endoribonuclease bound to pachytene piRNAs from mouse testes.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 45, Issue 1, Page 116804, Year 2026
掲載日2026年1月12日
著者Nicole Raad / Carmen Fernandez-Rodriguez / Radha Raman Pandey / Inayathulla Mohammed / Emiko Uchikawa / Fabienne Burger / David Homolka / Ramesh S Pillai /
PubMed 要旨PIWI-interacting RNAs (piRNAs) guide PIWI endoribonucleases to destroy transposon transcripts, ensuring animal fertility. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the MIWI-pachytene ...PIWI-interacting RNAs (piRNAs) guide PIWI endoribonucleases to destroy transposon transcripts, ensuring animal fertility. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the MIWI-pachytene piRNA complex isolated from mouse testes. The piRNA is held via non-specific charge-based interactions with the RNA backbone and by specific recognition of the first nucleotide uridine by residues within the MID and PIWI domains. The first six nucleotides of the guide RNA take up the A-form conformation to facilitate pairing with the target. The RNA channel is wider than that observed in insect PIWI proteins, explaining the tolerance for piRNA seed:target mismatches. The PIWI endonuclease domain is in an inactive "un-plugged" state, with the loop containing a catalytic residue (E671) requiring structural re-orientation for activity. Furthermore, the PIWI domain reveals a conserved pre-formed pocket that may serve to accommodate a conserved tryptophan from the interacting factor GTSF1 to promote small RNA-guided endoribonuclease activity.
リンクCell Rep / PubMed:41528842
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 4.2 Å
構造データ

54428

9s0z

EMDB-54428, PDB-9s0z:
Cryo-EM structure of the endogeneous MIWI in complex with pachytene piRNA at 3A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

54446

9s1e

EMDB-54446, PDB-9s1e:
Cryo-EM structure of the endogeneous MIWI in complex with pachytene piRNA at 2.8A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

54907

9shp

EMDB-54907, PDB-9shp:
Cryo-EM structure of the endogeneous MIWI in complex with pachytene piRNA at 3.3A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

54908

9shq

EMDB-54908, PDB-9shq:
Cryo-EM structure of the endogeneous MIWI in complex with pachytene piRNA at 4.2A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / MIWI / PIWIL1 / piRNA / slicer / pachytene piRNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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