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タイトル(-)-Englerin A binding to human TRPC5 exposes an aromatic interaction network in channel activation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年4月29日
著者Sebastian A Porav / Alexandra Ptakova / Claudia C Bauer / Kasia L R Hammond / David J Beech / Viktorie Vlachova / Stephen P Muench / Robin S Bon /
PubMed 要旨TRPC4/5 cation channels are polymodal cellular sensors and emerging drug targets in various human pathologies. The plant natural product (-)-englerin A (EA) is a potent, selective TRPC4/5 agonist ...TRPC4/5 cation channels are polymodal cellular sensors and emerging drug targets in various human pathologies. The plant natural product (-)-englerin A (EA) is a potent, selective TRPC4/5 agonist that has transformed TRPC4/5 research. However, the structural basis of EA-mediated TRPC4/5 activation has remained elusive, limiting our ability to understand and exploit EA's pharmacology. Here, we present nine high-resolution cryo-EM structures of human TRPC5, representing different states and ligand occupancies, which show that EA occupies a conserved lipid binding site between channel subunits. Conformational changes of residues surrounding this binding site - most notably in the aromatic interaction network around Phe520 - result in rearrangement of the pore helices into a pre-open state. Our structural models are consistent with the effects of mutagenesis on EA's potency, efficacy and activation kinetics, and allow us to rationalise competitive inhibition by other TRPC4/5 modulators as well as EA's selectivity profile within the TRPC family. Our structural insights into the mode-of-action of a widely used TRPC4/5 agonist will underpin fundamental TRPC4/5 research and ongoing drug discovery programmes.
リンクNat Commun / PubMed:42056091 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 3.2 Å
構造データ

EMDB-54186, PDB-9rrf:
TRPC5 apo cryoEM map in the presence of pluronic acid (PA), state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-54187, PDB-9rrm:
Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, full occupancy, state 1, on 290 nm gold foil holes (HexAuFoil)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-54188, PDB-9rrn:
Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, full occupancy, state 2, on 290 nm gold foil holes (HexAuFoil)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-54189, PDB-9rro:
Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, full occupancy, intermediary desensitized state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-54193, PDB-9rrq:
Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, partial occupancy (2EA:2LIP stoichiometry) state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-54204, PDB-9rru:
Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, mixed occupancy, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-54218, PDB-9rsg:
Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, mixed occupancy_2, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-54219, PDB-9rsh:
Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, mixed occupancy, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-54291, PDB-9rvv:
Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, partial occupancy (2EA:2LIP stoichiometry) state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-YZY:
(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

ChemComp-CA:
Unknown entry

PDB-1l55:
ANALYSIS OF THE INTERACTION BETWEEN CHARGED SIDE CHAINS AND THE ALPHA-HELIX DIPOLE USING DESIGNED THERMOSTABLE MUTANTS OF PHAGE T4 LYSOZYME

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / apo / TRPC5 / (-) englerin A / agonist

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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