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タイトルMolecular insights into the capsular polysaccharide transporter Wza-Wzc complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Page 1436, Year 2026
掲載日2026年2月5日
著者Biao Yuan / Christian Sieben / Prateek Raj / Tina Rietschel / Rory Hennell James / Anja Gatzemeier / Lothar Jänsch / Thomas C Marlovits / Dirk W Heinz /
PubMed 要旨Capsular polysaccharides (CPS) are key virulence determinants, constituting the protective capsule that surrounds bacterial pathogens. Here, we present the complete cryo-EM structure of Gram-negative ...Capsular polysaccharides (CPS) are key virulence determinants, constituting the protective capsule that surrounds bacterial pathogens. Here, we present the complete cryo-EM structure of Gram-negative bacterial CPS secretion machinery formed by the E. coli K12 Wza-Wzc complex. The structure reveals an elongated, continuous channel spanning the entire envelope that facilitates CPS secretion. Multiple structural snapshots of the ADP-bound Wza-Wzc complex capture intermediate conformations of the double membrane assembly, highlighting its remarkable intrinsic dynamics. In-depth analysis of the isolated Wza translocon and Wzc co-polymerase, reveals mechanistic details of both complex formation and CPS transport. We further uncover the jellyroll domain of Wzc as a CPS-binding module, likely guiding CPS repeat units into a proposed Wzc-Wzy polymerization platform. Collectively, this work provides structural and functional insights into CPS synthesis and transport, advancing our understanding of bacterial capsule formation and virulence mechanisms.
リンクNat Commun / PubMed:41644548 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 6.7 Å
構造データ

EMDB-53598, PDB-9r60:
CPS translocon Wza_C1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-53599, PDB-9r61:
CPS translocon Wza_C8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-53600, PDB-9r62:
CPS co-polymerase Wzc_C1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-53601, PDB-9r63:
CPS co-polymerase Wzc_C4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-53602, PDB-9r64:
CPS secretion pathway Wza-Wzc_C1 (Conf 0)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-53603, PDB-9r65:
CPS secretion pathway Wza-Wzc_C8 (Conf 0)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-53604, PDB-9r66:
CPS secretion pathway Wza-Wzc_C1 (Conf 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-53605, PDB-9r67:
CPS secretion pathway Wza-Wzc_C8 (Conf 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-53606, PDB-9r68:
CPS secretion pathway Wza-Wzc_C1 (Conf 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-53607, PDB-9r69:
CPS secretion pathway Wza-Wzc_C8 (Conf 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-53608, PDB-9r6a:
CPS secretion pathway Wza-Wzc (Conf 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-53609, PDB-9r6b:
CPS secretion pathway Wza-Wzc (Conf 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-53610, PDB-9r6c:
CPS secretion pathway Wza-Wzc (Conf 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / capsular polysaccharide / Capsular polysaccharide co-polymerase / Capsular polysaccharide secretion pathway / CPS transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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