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タイトルStructural basis for transcriptional regulation by the cell division regulator MraZ in Mycoplasma genitalium.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年1月29日
著者Lucía Sánchez-Alba / Nathalia Varejão / Alexandre Durand / Javier García-Pardo / Maria Carreras-Caballé / Virginia Amador / Jaume Pinyol / David Reverter /
PubMed 要旨Cell division is a central process in all living organisms and requires the coordinated action of many proteins and regulatory elements. In most bacteria, the division and cell wall (dcw) gene ...Cell division is a central process in all living organisms and requires the coordinated action of many proteins and regulatory elements. In most bacteria, the division and cell wall (dcw) gene cluster is regulated by the first gene of the dcw operon, mraZ, a highly conserved DNA-binding transcriptional regulator. Here we report the structural basis of MraZ transcriptional regulation by the resolution of three different cryo-EM structures of MraZ in complex with the upstream promoter region of the dcw cluster from Mycoplasma genitalium at 3.36, 3.57 and 3.87 Å resolution. The structures reveal the specific interactions between MraZ DNA-binding motif and nucleobases of the binding boxes, which induces distortion in the MraZ octamer to enable the interaction with the four repetitive binding boxes of the promoter DNA. The "cradle-like" DNA-binding motif of MraZ exposes three highly conserved basic residues, Lys13, Arg15 and Arg86, which are essential for binding to the consensus sequence of its cognate promoter. Ultimately, the mechanism behind MraZ's DNA binding and regulation of the dcw operon could be translated to other species, working as a general mechanism for the regulation of dcw gene cluster in bacteria.
リンクNat Commun / PubMed:41611686 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.96 - 3.87 Å
構造データ

53569

9r4j

EMDB-53569, PDB-9r4j:
CryoEM structure of MraZ in complex with its promoter from Mycoplasma genitalium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

55332

9sx6

EMDB-55332, PDB-9sx6:
CryoEM structure of the octamer MraZ in complex with 1 box promoter from Mycoplasma genitalium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

55361

9sz7

EMDB-55361, PDB-9sz7:
CryoEM structure of MraZ in complex with 4 box promoter from Mycoplasma genitalium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.87 Å

PDB-9qlg:
Crystal structure of the transcription factor MraZ from Mycoplasma genitalium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-9qlr:
Nonamer crystal structure of the transcription factor MraZ from Mycoplasma genitalium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.85 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • mycoplasmoides genitalium (バクテリア)
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / octameric / nonamer / DNA BINDING PROTEIN / MraZ

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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