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タイトルA nanobody specific to prefusion glycoprotein B neutralizes HSV-1 and HSV-2.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 646, Issue 8084, Page 433-441, Year 2025
掲載日2025年9月3日
著者Benjamin Vollmer / Henriette Ebel / Renate Rees / Julia Nentwig / Thomas Mulvaney / Jürgen Schünemann / Jens Krull / Maya Topf / Dirk Görlich / Kay Grünewald /
PubMed 要旨The nine human herpesviruses, including herpes simplex virus 1 and 2, human cytomegalovirus and Epstein-Barr virus, present a significant burden to global public health. Their envelopes contain at ...The nine human herpesviruses, including herpes simplex virus 1 and 2, human cytomegalovirus and Epstein-Barr virus, present a significant burden to global public health. Their envelopes contain at least ten different glycoproteins, which are necessary for host cell tropism, attachment and entry. The best conserved among them, glycoprotein B (gB), is essential as it performs membrane fusion by undergoing extensive rearrangements from a prefusion to postfusion conformation. At present, there are no antiviral drugs targeting gB or neutralizing antibodies directed against its prefusion form, because of the difficulty in structurally determining and using this metastable conformation. Here we show the isolation of prefusion-specific nanobodies, one of which exhibits strong neutralizing and cross-species activity. By mutational stabilization we solved the herpes simplex virus 1 gB full-length prefusion structure, which allowed the bound epitope to be determined. Our analyses show the membrane-embedded regions of gB and previously unresolved structural features, including a new fusion loop arrangement, providing insights into the initial conformational changes required for membrane fusion. Binding an epitope spanning three domains, proximal only in the prefusion state, the nanobody keeps wild-type HSV-2 gB in this conformation and enabled its native prefusion structure to be determined. This also indicates the mode of neutralization and an attractive avenue for antiviral interventions.
リンクNature / PubMed:40903574 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.21 - 3.0 Å
構造データ

52863

9ih8

EMDB-52863, PDB-9ih8:
HSV-2 postfusion glycoprotein B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.21 Å

52963

9ih8

9q9l

EMDB-52963, PDB-9q9l:
HSV-1 prefusion glycoprotein B
PDB-9ih8: HSV-2 postfusion glycoprotein B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

52965

9ih8

9q9n

EMDB-52965, PDB-9q9n:
HSV-1 prefusion glycoprotein B bound by Nb1_gbHSV
PDB-9ih8: HSV-2 postfusion glycoprotein B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

52966

9ih8

9q9s

EMDB-52966, PDB-9q9s:
HSV-2 prefusion glycoprotein B bound by Nb1_gbHSV
PDB-9ih8: HSV-2 postfusion glycoprotein B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

由来
  • human herpesvirus 2 strain 333 (ヘルペスウイルス)
  • human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
  • vicugna pacos (アルパカ)
キーワードVIRAL PROTEIN / Glycoprotein B / viral membrane fusion protein / Herpes simplex virus 2 / HSV-2 / gB / Herpes simplex virus 1 / HSV-1 / nanobody / nanobody complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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