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タイトルCryo-EM analysis of the Staphylococcus aureus phenol-soluble modulin exporter PmtCD apo form in detergent micelles, nanodiscs and peptidiscs.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 1576, Year 2025
掲載日2025年11月17日
著者Jinhong Hu / Aleksander C Lazarski / Franco K K Li / Liam J Worrall / Dylan J Burgin / Natalie Zeytuni / Seth W Dickey / Michael Otto / Natalie C J Strynadka /
PubMed 要旨Staphylococci secrete amphipathic peptides known as phenol soluble modulins (PSMs) that play a variety of pathogenic roles including host cell membrane destruction, biofilm development, and the ...Staphylococci secrete amphipathic peptides known as phenol soluble modulins (PSMs) that play a variety of pathogenic roles including host cell membrane destruction, biofilm development, and the triggering of inflammatory responses. PSM export is facilitated by the essential ATP-binding cassette (ABC) transporter PmtCD, which also provides producer immunity toward the membrane-damaging PSMs. Here, we report cryo-EM structures of PmtCD in a nucleotide-free state using different membrane mimetics - detergent, nanodisc and peptidisc - all featuring the transmembrane domains in an open state with a remarkably expansive intervening lumen. The consistently sized lumen suggests the possibility for two α-helical amphipathic PSMs to pack and passage within. A continuous hydrophobic surface with no apparent single high affinity site is in keeping with the ability of PmtCD to export a variety of hydrophobic PSM peptide substrates. The ATP driven collapse of the PmtD lumen is consistent with the lateral access and extrusion mechanisms of related ABC transporters that translocate membrane embedded substrates. Along with a new ADP product complex and prior ATPγS-bound form, these structures provide insights into the export of PSMs and a foundation for design of trojan horse antimicrobials that target MRSA strains from within by blocking membranolytic PSM export.
リンクCommun Biol / PubMed:41249510 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 4.3 Å
構造データ

72145

9q1y

EMDB-72145, PDB-9q1y:
Nucleotide-free structure of PmtCD in detergent LMNG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

72169

9q2n

EMDB-72169, PDB-9q2n:
Nucleotide-free structure of PmtCD in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

72172

9q2q

EMDB-72172, PDB-9q2q:
Nucleotide-free structure of PmtCD in peptidisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

72173

9q2r

EMDB-72173, PDB-9q2r:
ADP-bound structure of PmtCD in peptidisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ABC transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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