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タイトルStructures of human telomerase with BIBR1532 reveal novel mechanism of inhibition.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Year 2026
掲載日2026年6月2日
著者Yuqing Wang / Baocheng Liu / Yao He / Juli Feigon /
PubMed 要旨Human telomerase processively adds telomeric repeats (dGGTTAG) to chromosome 3'-ends to maintain telomere length. While mostly absent in somatic cells, telomerase is aberrantly upregulated in most ...Human telomerase processively adds telomeric repeats (dGGTTAG) to chromosome 3'-ends to maintain telomere length. While mostly absent in somatic cells, telomerase is aberrantly upregulated in most tumor cells to sustain cellular immortality, making it a promising oncology target. However, to date there are no reported structures of human telomerase with inhibitor, impeding structure-based drug design and optimization. We report nine cryo-electron microscopy structures of human telomerase with and without BIBR1532, a highly selective small-molecule telomerase inhibitor. Unexpectedly, BIBR1532 binds a previously unknown pocket between TERT finger and palm. BIBR1532 inhibits each step but disproportionately affects the rate-limiting first step of telomere repeat nucleotide addition. The structures reveal a rigid finger that explains telomerase's slow rate and low fidelity. Our study provides insights into telomerase catalytic mechanism and its inhibition by BIBR1532, explains why prior BIBR derivatives did not improve potency and suggests a rational approach for design of small-molecule telomerase inhibitors.
リンクNat Chem Biol / PubMed:42230822
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.4 Å
構造データ

EMDB-72111, PDB-9q0z:
Human telomerase catalytic core with shelterin protein TPP1, BIBR1532 and DNA primer ending in AGGG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-72112, PDB-9q10:
Human telomerase catalytic core with shelterin protein TPP1, dTpNHpp and DNA primer ending in AGGG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-72113, PDB-9q11:
Human telomerase catalytic core with shelterin protein TPP1, BIBR1532, dTpNHpp and DNA primer ending in AGGG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-72114, PDB-9q12:
Human telomerase catalytic core with shelterin protein TPP1 and DNA primer ending in TTAG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-72115, PDB-9q14:
Human telomerase catalytic core with shelterin protein TPP1, BIBR1532 and DNA primer ending in TTAG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-72117, PDB-9q16:
Human telomerase catalytic core with shelterin protein TPP1, dGpNHpp and DNA primer ending in TTAG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-72118, PDB-9q17:
Class I (T1D0+) of Human telomerase catalytic core with shelterin protein TPP1, BIBR1532, dGpNHpp and DNA primer ending in TTAG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-72119, PDB-9q18:
Class II ("T0D0") of Human telomerase catalytic core with shelterin protein TPP1, BIBR1532, dGpNHpp and DNA primer ending in TTAG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-72120, PDB-9q19:
Class III (T1D0) of Human telomerase catalytic core with shelterin protein TPP1, BIBR1532, dGpNHpp and DNA primer ending in TTAG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-55C:
2-{[(2E)-3-(naphthalen-2-yl)but-2-enoyl]amino}benzoic acid

ChemComp-1FZ:
5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine

ChemComp-XG4:
2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / DNA polymerase / Reverse Transcriptase / Ribonucleoprotein / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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