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Structure paper

タイトルCapsid Structure of the Fish Pathogen Syngnathus Scovelli Chapparvovirus Offers a New Perspective on Parvovirus Structural Biology.
ジャーナル・号・ページViruses, Vol. 17, Issue 5, Year 2025
掲載日2025年5月6日
著者Judit J Penzes / Jason T Kaelber /
PubMed 要旨Chapparvoviruses (ChPVs) comprise a divergent lineage of the ssDNA virus family and evolved to infect vertebrate animals independently from the subfamily. Despite being pathogenic and widespread in ...Chapparvoviruses (ChPVs) comprise a divergent lineage of the ssDNA virus family and evolved to infect vertebrate animals independently from the subfamily. Despite being pathogenic and widespread in environmental samples and metagenomic assemblies, their structural characterization has proven challenging. Here, we report the first structural analysis of a ChPV, represented by the fish pathogen, Syngnathus scovelli chapparvovirus (SsChPV). We show through the SsChPV structure that the lineage harbors a surface morphology, subunit structure, and multimer interactions that are unique among parvoviruses. The SsChPV capsid evolved a threefold-related depression of α-helices that is analogous to the β-annulus pore of denso- and hamaparvoviruses and may play a role in monomer oligomerization during assembly. As interacting β-strands are absent from the twofold symmetry axis, the viral particle lacks the typical stability and resilience of parvovirus capsids. Although all parvoviruses thus far rely on the threading of large, flexible N-terminal domains to the capsid surface for their intracellular trafficking, our results show that ChPVs completely lack any such N-terminal sequences. This led to the subsequent degradation of their fivefold channel, the site of N-terminus externalization. These findings suggest that ChPVs harbor an infectious pathway that significantly deviates from the rest of the .
リンクViruses / PubMed:40431691 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.93 Å
構造データ

49314

9nek

EMDB-49314, PDB-9nek:
Capsid structure of the Syngnathus scovelli chapparvovirus virus-like particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

由来
  • syngnathus scovelli chapparvovirus (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / parvovirus / fish virus / virus capsid / T=1 / icosahedral virus particle / chapparvovirus / chaphamaparvovirus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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